PDB-6eor: DPP9 - 1G244

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6eor

タイトル

DPP9 - 1G244

要素

Dipeptidyl peptidase 9

キーワード

HYDROLASE / DPP9

機能・相同性

機能・相同性情報

dipeptidyl-peptidase IV / dipeptidyl-peptidase activity / negative regulation of programmed cell death / pyroptotic inflammatory response / cell leading edge / aminopeptidase activity / serine-type peptidase activity / microtubule / proteolysis / identical protein binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Ross, B.R. / Huber, R.

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Structures and mechanism of dipeptidyl peptidases 8 and 9, important players in cellular homeostasis and cancer.
著者: Ross, B. / Krapp, S. / Augustin, M. / Kierfersauer, R. / Arciniega, M. / Geiss-Friedlander, R. / Huber, R.

履歴

登録	2017年10月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年2月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年2月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2018年2月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6eor.cif.gz	652.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6eor.ent.gz	534.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6eor.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6eor_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6eor_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	6eor_validation.xml.gz	108.3 KB	表示
CIF形式データ	6eor_validation.cif.gz	147.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eo/6eor ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eo/6eor	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6eooC 6eopC 6eoqC 6eosC 6eotC 1orvS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6qzv-2 6qzv-1 6eop-1 4wgk-d 6trx-2 1h18-d 2yku-d 6trx-1 6qzw-1 6w0p-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#202 - 2016年10月ジペプチジルペプチダーゼ4 (Dipeptidyl Peptidase 4) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Dipeptidyl peptidase 9

B: Dipeptidyl peptidase 9

C: Dipeptidyl peptidase 9

D: Dipeptidyl peptidase 9

ヘテロ分子

399 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Dipeptidyl peptidase 9

B: Dipeptidyl peptidase 9

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
199 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Dipeptidyl peptidase 9

D: Dipeptidyl peptidase 9

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
199 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	119.357, 117.212, 163.396
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 105.57, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Dipeptidyl peptidase 9 / DP9 / Dipeptidyl peptidase IV-related protein 2 / DPRP-2 / Dipeptidyl peptidase IX / DPP IX / ...DP9 / Dipeptidyl peptidase IV-related protein 2 / DPRP-2 / Dipeptidyl peptidase IX / DPP IX / Dipeptidyl peptidase-like protein 9 / DPLP9 分子量: 99213.211 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DPP9, DPRP2 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q86TI2, dipeptidyl-peptidase IV
#2: 化合物	ChemComp-9XH / (2~{S})-2-azanyl-4-[4-[bis(4-fluorophenyl)methyl]piperazin-1-yl]-1-(1,3-dihydroisoindol-2-yl)butane-1,4-dione 分子量: 504.571 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₉H₃₀F₂N₄O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 231 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.67 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 10% PEG 8000, 25% Glycerol, 0.16M Calcium Acetate, 0.08M Cacodilate pH 6.25

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.99997 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99997 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→43.5 Å / Num. obs: 95096 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4.28 % / R_sym value: 0.16 / Net I/σ(I): 9.5
反射シェル	解像度: 2.9→3.09 Å / 冗長度: 4.38 % / Mean I/σ(I) obs: 4.98 / Num. unique obs: 16260 / CC_1/2: 0.94 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0155	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1ORV

1orv

解像度: 2.9→43.52 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.91 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.842 / SU B: 23.591 / SU ML: 0.445 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.534 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.33173	4755	5 %	RANDOM
R_work	0.26523	-	-	-
obs	0.26852	90340	99.02 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.595 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.15 Å²	-0 Å²	-0.07 Å²
2-	-	3.76 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.5 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.9→43.52 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	26248	0	148	231	26627

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.019	27189
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	25138
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.335	1.95	36876
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.985	3	57907
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.538	5	3196
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.439	23.54	1336
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.44	15	4413
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.501	15	160
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	3841
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	30572
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	6672
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.531	3.827	12895
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.531	3.827	12894
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.705	5.727	16054
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.705	5.727	16055
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.273	3.964	14294
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.273	3.964	14295
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.272	5.883	20823
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.858	42.137	28925
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	4.858	42.138	28926
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.903→2.978 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.405	345	-
R_work	0.354	6560	-
obs	-	-	97.79 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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