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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6eoq | ||||||
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タイトル | DPP9 - Apo | ||||||
要素 | Dipeptidyl peptidase 9 | ||||||
キーワード | HYDROLASE / DPP9 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 dipeptidyl-peptidase IV / dipeptidyl-peptidase activity / negative regulation of programmed cell death / pyroptotic inflammatory response / cell leading edge / aminopeptidase activity / serine-type peptidase activity / microtubule / proteolysis / identical protein binding ...dipeptidyl-peptidase IV / dipeptidyl-peptidase activity / negative regulation of programmed cell death / pyroptotic inflammatory response / cell leading edge / aminopeptidase activity / serine-type peptidase activity / microtubule / proteolysis / identical protein binding / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Ross, B.R. / Huber, R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018 タイトル: Structures and mechanism of dipeptidyl peptidases 8 and 9, important players in cellular homeostasis and cancer. 著者: Ross, B. / Krapp, S. / Augustin, M. / Kierfersauer, R. / Arciniega, M. / Geiss-Friedlander, R. / Huber, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6eoq.cif.gz | 612.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6eoq.ent.gz | 502.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6eoq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eo/6eoq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eo/6eoq | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 99213.211 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DPP9, DPRP2 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q86TI2, dipeptidyl-peptidase IV #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.64 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 10%PEG 8000, 25% Glycerol, 0.16M Calcium Acetate, 0.08M Caodilate pH6.25, |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.99997 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.99997 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→49.26 Å / Num. obs: 88848 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13.57 % / Rsym value: 0.55 / Net I/σ(I): 5.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1ORV 解像度: 3→49.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.913 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.87 / SU B: 31.069 / SU ML: 0.549 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.555 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 54.544 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 3→49.26 Å
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拘束条件 |
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