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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6emq | ||||||
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タイトル | Solution structure of the LEDGF/p75 IBD - MLL1 (aa 111-160) complex | ||||||
要素 | PC4 and SFRS1-interacting protein,Histone-lysine N-methyltransferase 2A | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION / protein-protein complex / epigenetics / leukemia | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein-cysteine methyltransferase activity / response to potassium ion / [histone H3]-lysine4 N-methyltransferase / histone H3K4 monomethyltransferase activity / unmethylated CpG binding / histone H3K4 trimethyltransferase activity / negative regulation of DNA methylation-dependent heterochromatin formation / regulation of short-term neuronal synaptic plasticity / T-helper 2 cell differentiation / definitive hemopoiesis ...protein-cysteine methyltransferase activity / response to potassium ion / [histone H3]-lysine4 N-methyltransferase / histone H3K4 monomethyltransferase activity / unmethylated CpG binding / histone H3K4 trimethyltransferase activity / negative regulation of DNA methylation-dependent heterochromatin formation / regulation of short-term neuronal synaptic plasticity / T-helper 2 cell differentiation / definitive hemopoiesis / histone H3K4 methyltransferase activity / supercoiled DNA binding / embryonic hemopoiesis / exploration behavior / anterior/posterior pattern specification / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / histone methyltransferase complex / 2-LTR circle formation / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / Vpr-mediated nuclear import of PICs / Integration of provirus / minor groove of adenine-thymine-rich DNA binding / membrane depolarization / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / mRNA 5'-splice site recognition / MLL1 complex / heterochromatin / negative regulation of fibroblast proliferation / homeostasis of number of cells within a tissue / spleen development / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / nuclear periphery / post-embryonic development / circadian regulation of gene expression / euchromatin / lysine-acetylated histone binding / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / visual learning / protein modification process / PKMTs methylate histone lysines / Transcriptional regulation of granulopoiesis / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / fibroblast proliferation / response to heat / methylation / protein-containing complex assembly / DNA-binding transcription factor binding / response to oxidative stress / transcription coactivator activity / chromatin remodeling / apoptotic process / chromatin binding / positive regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
データ登録者 | Veverka, V. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018 タイトル: Affinity switching of the LEDGF/p75 IBD interactome is governed by kinase-dependent phosphorylation. 著者: Sharma, S. / Cermakova, K. / De Rijck, J. / Demeulemeester, J. / Fabry, M. / El Ashkar, S. / Van Belle, S. / Lepsik, M. / Tesina, P. / Duchoslav, V. / Novak, P. / Hubalek, M. / Srb, P. / ...著者: Sharma, S. / Cermakova, K. / De Rijck, J. / Demeulemeester, J. / Fabry, M. / El Ashkar, S. / Van Belle, S. / Lepsik, M. / Tesina, P. / Duchoslav, V. / Novak, P. / Hubalek, M. / Srb, P. / Christ, F. / Rezacova, P. / Hodges, H.C. / Debyser, Z. / Veverka, V. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6emq.cif.gz | 1.9 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6emq.ent.gz | 1.6 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6emq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6emq_validation.pdf.gz | 564.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6emq_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6emq_validation.xml.gz | 140.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6emq_validation.cif.gz | 182.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/6emq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/6emq | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 5yi9C 6emoC 6empC 6emrC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17963.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 遺伝子: PSIP1, DFS70, LEDGF, PSIP2, KMT2A, ALL1, CXXC7, HRX, HTRX, MLL, MLL1, TRX1 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O75475, UniProt: Q03164, histone-lysine N-methyltransferase |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | タイプ: solution 内容: 0.5 mM [U-13C; U-15N] LEDGF/p75 IBD-MLL1, 50 mM TRIS, 150 mM sodium chloride, 95% H2O/5% D2O Label: s1 / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O | ||||||||||||||||
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: 200 mM / Label: c1 / pH: 7 / 圧: arbitrary Pa / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 850 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 | |||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | |||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 40 |