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万見
- PDB-6em0: Crystal Structure of 2-hydroxybiphenyl 3-monooxygenase M321A from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6em0
タイトルCrystal Structure of 2-hydroxybiphenyl 3-monooxygenase M321A from Pseudomonas azelaica
要素2-hydroxybiphenyl-3-monooxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / 2-Hydroxybiphenyl 3-monooxygenase (HbpA) / Flavin monooxygenases2-Hydroxybiphenyl / Site-specific mutagenesis
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, NAD(P)H as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / FAD binding
類似検索 - 分子機能
Glutaredoxin - #120 / Aromatic-ring hydroxylase, C-terminal / : / FAD-binding domain / FAD binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / Glutaredoxin / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily ...Glutaredoxin - #120 / Aromatic-ring hydroxylase, C-terminal / : / FAD-binding domain / FAD binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / Glutaredoxin / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / 2-hydroxybiphenyl-3-monooxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas nitroreducens (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.78 Å
データ登録者Deri, B. / Bregman-Cohen, A. / Pazy Benhar, Y. / Fishman, A.
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2018
タイトル: Altering 2-Hydroxybiphenyl 3-Monooxygenase Regioselectivity by Protein Engineering for the Production of a New Antioxidant.
著者: Bregman-Cohen, A. / Deri, B. / Maimon, S. / Pazy, Y. / Fishman, A.
履歴
登録2017年10月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年1月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月17日Group: Derived calculations / カテゴリ: pdbx_struct_oper_list
改定 1.22018年4月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-hydroxybiphenyl-3-monooxygenase
B: 2-hydroxybiphenyl-3-monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,1424
ポリマ－126,5712
非ポリマー1,5712
水3,171176
1
A: 2-hydroxybiphenyl-3-monooxygenase
ヘテロ分子

A: 2-hydroxybiphenyl-3-monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,1424
ポリマ－126,5712
非ポリマー1,5712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area4970 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area45040 Å2
手法PISA
2
B: 2-hydroxybiphenyl-3-monooxygenase
ヘテロ分子

B: 2-hydroxybiphenyl-3-monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,1424
ポリマ－126,5712
非ポリマー1,5712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
Buried area4890 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area45150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)154.570, 130.960, 79.080
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.96, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-787-

HOH

21A-798-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 2-hydroxybiphenyl-3-monooxygenase


分子量: 63285.684 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas nitroreducens (バクテリア)
遺伝子: hbpA / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: O06647
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 176 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.58 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M sodium citrate 25% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.56 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2017年2月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.56 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.78→50.77 Å / Num. obs: 34717 / % possible obs: 88.9 % / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.108 / Rpim(I) all: 0.082 / Rrim(I) all: 0.136 / Net I/σ(I): 6
反射 シェル解像度: 2.78→2.93 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.308 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 4810 / Rpim(I) all: 0.246 / Rrim(I) all: 0.397 / % possible all: 84.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4Z2R

4z2r


解像度: 2.78→50.182 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.72 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2529 1716 4.94 %
Rwork0.2264 --
obs0.2277 34702 88.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.78→50.182 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8681 0 106 176 8963
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0238987
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.90812202
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.5193260
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1291330
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0131575
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.78-2.86180.32621260.27232538X-RAY DIFFRACTION82
2.8618-2.95420.33981230.26382743X-RAY DIFFRACTION88
2.9542-3.05980.28311570.26612783X-RAY DIFFRACTION90
3.0598-3.18230.32531480.26592813X-RAY DIFFRACTION91
3.1823-3.32710.29971550.24692809X-RAY DIFFRACTION92
3.3271-3.50240.24971380.23992838X-RAY DIFFRACTION92
3.5024-3.72180.25941440.2372813X-RAY DIFFRACTION91
3.7218-4.00910.25431360.22442800X-RAY DIFFRACTION90
4.0091-4.41230.21631510.19092785X-RAY DIFFRACTION89
4.4123-5.05020.19911470.18712741X-RAY DIFFRACTION88
5.0502-6.36080.2461430.21622703X-RAY DIFFRACTION87
6.3608-50.18970.21491480.21192620X-RAY DIFFRACTION83

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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