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- PDB-6eku: Vibrio cholerae neuraminidase complexed with zanamivir -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6eku
タイトルVibrio cholerae neuraminidase complexed with zanamivir
要素Sialidase
キーワードHYDROLASE / sialidase / bacterial protein / infection
機能・相同性
機能・相同性情報


sialic acid binding / ganglioside catabolic process / exo-alpha-sialidase activity / oligosaccharide catabolic process / : / : / : / exo-alpha-sialidase / intracellular membrane-bounded organelle / extracellular region ...sialic acid binding / ganglioside catabolic process / exo-alpha-sialidase activity / oligosaccharide catabolic process / : / : / : / exo-alpha-sialidase / intracellular membrane-bounded organelle / extracellular region / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Vibrio cholerae neuraminidase, lectin-like domain / Vibrio cholerae sialidase, lectin insertion / BNR repeat-like domain / Sialidase family / Sialidase / Neuraminidase - #10 / Sialidase superfamily / 6 Propeller / Neuraminidase / Jelly Rolls - #200 ...Vibrio cholerae neuraminidase, lectin-like domain / Vibrio cholerae sialidase, lectin insertion / BNR repeat-like domain / Sialidase family / Sialidase / Neuraminidase - #10 / Sialidase superfamily / 6 Propeller / Neuraminidase / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ZANAMIVIR / Sialidase
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae serotype O1 (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Schuetz, A. / Heinemann, U.
引用ジャーナル: Molecules / 年: 2017
タイトル: Different Inhibitory Potencies of Oseltamivir Carboxylate, Zanamivir, and Several Tannins on Bacterial and Viral Neuraminidases as Assessed in a Cell-Free Fluorescence-Based Enzyme Inhibition Assay.
著者: Quosdorf, S. / Schuetz, A. / Kolodziej, H.
履歴
登録2017年9月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年11月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: chem_comp / struct_site / struct_site_gen / Item: _chem_comp.type / 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sialidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,93210
ポリマ－83,0391
非ポリマー8939
水11,890660
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2200 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area28340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)190.553, 50.344, 86.087
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.24, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1321-

HOH

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 Sialidase / Neuraminidase / NANase


分子量: 83039.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio cholerae serotype O1 (コレラ菌)
株: ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961 / 遺伝子: nanH, VC_1784 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0C6E9, exo-alpha-sialidase
#2: 糖 ChemComp-ZMR / ZANAMIVIR / 4-GUANIDINO-2-DEOXY-2,3-DEHYDRO-N-ACETYL-NEURAMINIC ACID / 4-guanidino-Neu5Ac2en / MODIFIED SIALIC ACID / ザナミビル


タイプ: D-saccharide / 分子量: 332.310 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H20N4O7 / コメント: 薬剤, 阻害剤*YM

-
非ポリマー , 5種, 668分子

#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 660 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% (w/v) PEG 3350, 0.2 M sodium fluoride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918409 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918409 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→46 Å / Num. obs: 77459 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 14.66
反射 シェル解像度: 1.75→1.81 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.478 / Mean I/σ(I) obs: 1.78 / Num. unique obs: 7630 / % possible all: 96.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1KIT

1kit


解像度: 1.75→46 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.84
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2029 3872 5 %
Rwork0.1669 --
obs0.1687 77422 97.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5841 0 57 660 6558
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0076031
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0498206
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0292188
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047904
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051084
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7492-1.77050.33771300.32992472X-RAY DIFFRACTION94
1.7705-1.79290.33661410.31362679X-RAY DIFFRACTION98
1.7929-1.81650.32021370.29642596X-RAY DIFFRACTION98
1.8165-1.84140.32681380.28162623X-RAY DIFFRACTION99
1.8414-1.86770.30611380.26022625X-RAY DIFFRACTION98
1.8677-1.89560.24081370.24182587X-RAY DIFFRACTION98
1.8956-1.92520.2831380.23832640X-RAY DIFFRACTION97
1.9252-1.95680.22481360.21362596X-RAY DIFFRACTION98
1.9568-1.99050.2821370.20052604X-RAY DIFFRACTION98
1.9905-2.02670.2561410.19232664X-RAY DIFFRACTION99
2.0267-2.06570.25411350.19022575X-RAY DIFFRACTION98
2.0657-2.10790.20871360.18752589X-RAY DIFFRACTION96
2.1079-2.15370.23251380.19192618X-RAY DIFFRACTION98
2.1537-2.20380.23041390.18622635X-RAY DIFFRACTION98
2.2038-2.25890.24231350.18382571X-RAY DIFFRACTION97
2.2589-2.320.20131400.18522655X-RAY DIFFRACTION98
2.32-2.38830.22281400.17172646X-RAY DIFFRACTION98
2.3883-2.46530.23381370.17182606X-RAY DIFFRACTION98
2.4653-2.55350.23011390.16932637X-RAY DIFFRACTION99
2.5535-2.65570.21011390.16522656X-RAY DIFFRACTION98
2.6557-2.77650.23531380.16882616X-RAY DIFFRACTION97
2.7765-2.92290.20881410.16642673X-RAY DIFFRACTION99
2.9229-3.1060.19381390.15592635X-RAY DIFFRACTION98
3.106-3.34570.191400.15432677X-RAY DIFFRACTION99
3.3457-3.68230.19831400.14612644X-RAY DIFFRACTION97
3.6823-4.21480.14471390.12982643X-RAY DIFFRACTION97
4.2148-5.3090.1321410.11192687X-RAY DIFFRACTION98
5.309-46.0170.16031430.1462701X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.7424-0.7747-0.02741.5325-0.73363.4291-0.0004-0.029-0.064-0.0319-0.0798-0.18030.34360.39450.0710.22930.0599-0.01310.4224-0.02290.203218.8651-0.392332.4456
21.9966-0.06570.56090.1499-0.03041.1350.1490.5671-0.1182-0.0656-0.0911-0.04080.11640.4096-0.06690.20520.0583-0.01590.4196-0.06520.1852-13.70851.93986.2321
32.13370.01520.13751.174-0.60191.87450.0349-0.12090.15930.12620.04590.2355-0.045-0.1883-0.07090.16470.01670.01990.1413-0.00890.2398-51.801312.42639.8242
42.188-0.00790.59590.5268-0.02251.3428-0.0115-0.03690.10570.0469-0.0231-0.0222-0.02850.15740.03450.1502-0.0012-0.00270.2094-0.01170.1178-16.59111.890922.9272
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 51 through 240 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 241 through 380 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 381 through 567 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 568 through 804 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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