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- PDB-6eig: Crystal structure of N24Q/C128T mutant of Channelrhodopsin 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6eig
タイトルCrystal structure of N24Q/C128T mutant of Channelrhodopsin 2
要素Archaeal-type opsin 2
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Retinal protein / Ion transport
機能・相同性
機能・相同性情報


photoreceptor activity / phototransduction / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Bacteriorhodopsin-like protein / Archaeal/bacterial/fungal rhodopsins / Bacteriorhodopsin-like protein
類似検索 - ドメイン・相同性
EICOSANE / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / PHOSPHATE ION / Archaeal-type opsin 2
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Kovalev, K. / Borshchevskiy, V. / Volkov, O. / Polovinkin, V. / Marin, E. / Balandin, T. / Astashkin, R. / Bamann, C. / Bueldt, G. / Willlbold, D. ...Kovalev, K. / Borshchevskiy, V. / Volkov, O. / Polovinkin, V. / Marin, E. / Balandin, T. / Astashkin, R. / Bamann, C. / Bueldt, G. / Willlbold, D. / Popov, A. / Bamberg, E. / Gordeliy, V.
資金援助 フランス, ドイツ, ロシア, 7件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR-15-CE11-0029-02 フランス
German Research FoundationCEA(IBS)-HGF(FZJ) STC 5.1 ドイツ
German Research FoundationSFB 807 ドイツ
ERA.Net RUS PlusID 323 ロシア
Russian Science Foundation16-15-00242 ロシア
FRISBIANR-10-INSB-05-02 フランス
GRALANR-10-LABX-49-01 フランス
引用ジャーナル: Science / 年: 2017
タイトル: Structural insights into ion conduction by channelrhodopsin 2.
著者: Volkov, O. / Kovalev, K. / Polovinkin, V. / Borshchevskiy, V. / Bamann, C. / Astashkin, R. / Marin, E. / Popov, A. / Balandin, T. / Willbold, D. / Buldt, G. / Bamberg, E. / Gordeliy, V.
履歴
登録2017年9月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Archaeal-type opsin 2
B: Archaeal-type opsin 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,67313
ポリマ－70,4222
非ポリマー3,25111
水59433
1
A: Archaeal-type opsin 2
ヘテロ分子

A: Archaeal-type opsin 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,59416
ポリマ－70,4222
非ポリマー4,17214
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area6350 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area21020 Å2
手法PISA
2
B: Archaeal-type opsin 2
ヘテロ分子

B: Archaeal-type opsin 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,75110
ポリマ－70,4222
非ポリマー2,3298
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area4460 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area21010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.510, 134.060, 78.470
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.220, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Archaeal-type opsin 2 / Chlamyopsin 4 light-gated ion channel / Retinal binding protein / Sensory opsin B


分子量: 35210.898 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
遺伝子: cop4, acop2, COP4, CSOB, CHLREDRAFT_182032 / 発現宿主: Leishmania tarentolae (真核生物) / 参照: UniProt: Q8RUT8
#2: 化合物
ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-LFA / EICOSANE / LIPID FRAGMENT / イコサン


分子量: 282.547 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H42
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.87 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / 詳細: Sodium-potassium phosphates

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 17600 / % possible obs: 96.01 % / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.183 / Rpim(I) all: 0.142 / Net I/σ(I): 3.5
反射 シェル解像度: 2.7→2.97 Å / Rmerge(I) obs: 0.937 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / CC1/2: 0.223 / Rpim(I) all: 0.724

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.8.0158精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSdata processing
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6EID

6eid


解像度: 2.7→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.924 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.893 / SU B: 34.544 / SU ML: 0.603 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 2.862 / ESU R Free: 0.411
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2975 860 4.9 %RANDOM
Rwork0.2645 ---
obs0.2662 16688 95.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 270.26 Å2 / Biso mean: 62.915 Å2 / Biso min: 17.09 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.61 Å20 Å2-0.51 Å2
2---5.36 Å2-0 Å2
3----0.25 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3938 0 133 33 4104
Biso mean--102.28 44.07 -
残基数----500
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.0194179
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023886
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.4321.9625651
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.40638927
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg2.7285496
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.41222.628156
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.86115594
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.4491512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.030.2620
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0010.024520
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other00.02950
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.769 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.386 55 -
Rwork0.43 1231 -
all-1286 -
obs--96.62 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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