PDB-6ege: Crystal structure of the unphosphorylated IRAK4 kinase domain Bou...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ege

タイトル

Crystal structure of the unphosphorylated IRAK4 kinase domain Bound to a type I inhibitor

要素

Interleukin-1 receptor-associated kinase 4

キーワード

TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Kinase / Unphosphorylated / Inactive / SIGNALING PROTEIN / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

IRAK4 deficiency (TLR5) / MyD88 dependent cascade initiated on endosome / TRAF6 mediated induction of NFkB and MAP kinases upon TLR7/8 or 9 activation / MyD88 cascade initiated on plasma membrane / Toll signaling pathway / neutrophil migration / interleukin-33-mediated signaling pathway / toll-like receptor 9 signaling pathway / neutrophil mediated immunity / interleukin-1 receptor binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.401 Å

データ登録者

Ferrao, R. / Liu, Q. / Wu, H.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: Conformational flexibility and inhibitor binding to unphosphorylated interleukin-1 receptor-associated kinase 4 (IRAK4).
著者: Wang, L. / Ferrao, R. / Li, Q. / Hatcher, J.M. / Choi, H.G. / Buhrlage, S.J. / Gray, N.S. / Wu, H.

履歴

登録	2018年8月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年2月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年8月28日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2019年12月18日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2024年3月13日	Group: Advisory / Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ege.cif.gz	344.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ege.ent.gz	285.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ege.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6ege_validation.pdf.gz	1006.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ege_full_validation.pdf.gz	1011.9 KB	表示
XML形式データ	6ege_validation.xml.gz	29.4 KB	表示
CIF形式データ	6ege_validation.cif.gz	45.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eg/6ege ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eg/6ege	HTTPS FTP

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関連構造データ

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類似構造データ	2qua-d 2z8z-d 2znp-d 5u3z-d 4kuj-3 2qub-5 6ikk-d 4u97-d 5u42-d 2znq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (4)
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フィブリン (Fibrin)
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インテグリン (Integrin)
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エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (2)
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カスパーゼ (Caspases)
類似性 (1)
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MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#224 - 2018年8月
レグマイン (Legumain)
類似性 (1)
#68 - 2005年8月
神経栄養因子 (Neurotrophins)
類似性 (1)

登録構造単位

D: Interleukin-1 receptor-associated kinase 4

A: Interleukin-1 receptor-associated kinase 4

ヘテロ分子

68.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation, light scattering

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.888, 58.553, 76.101
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 112.78, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Interleukin-1 receptor-associated kinase 4 / IRAK-4 / Renal carcinoma antigen NY-REN-64 分子量: 33716.324 Da / 分子数: 2 / 断片: Protein kinase domain residues 164-460 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IRAK4 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) 参照: UniProt: Q9NWZ3, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物	ChemComp-DL1 / N-[2-methoxy-4-(morpholin-4-yl)phenyl]-6-(1H-pyrazol-5-yl)pyridine-2-carboxamide 分子量: 379.412 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₁N₅O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 672 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.04 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 150 mM DL-Malic acid and 20% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2013年8月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→37.559 Å / Num. obs: 110700 / % possible obs: 98.07 % / 冗長度: 7.5 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 17.78
反射シェル	解像度: 1.4→1.45 Å / 冗長度: 7.4 % / R_merge(I) obs: 0.92 / Mean I/σ(I) obs: 2.38 / Num. unique obs: 10742 / CC_1/2: 0.85 / % possible all: 94.94

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 1.401→37.559 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.31

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2014	5562	5.02 %
R_work	0.1777	-	-
obs	0.1789	110693	98.06 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.401→37.559 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4366	0	56	672	5094

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	4503
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.167	6064
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.904	1711
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.064	668
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	783

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4012-1.4171	0.3326	165	0.3171	3254	X-RAY DIFFRACTION	91
1.4171-1.4338	0.302	189	0.2955	3466	X-RAY DIFFRACTION	97
1.4338-1.4513	0.3263	184	0.2867	3406	X-RAY DIFFRACTION	97
1.4513-1.4696	0.3004	183	0.277	3459	X-RAY DIFFRACTION	97
1.4696-1.489	0.3021	195	0.2684	3407	X-RAY DIFFRACTION	97
1.489-1.5094	0.3017	193	0.2632	3481	X-RAY DIFFRACTION	97
1.5094-1.5309	0.2882	185	0.2491	3440	X-RAY DIFFRACTION	97
1.5309-1.5538	0.2944	198	0.2447	3468	X-RAY DIFFRACTION	97
1.5538-1.5781	0.2349	185	0.2406	3450	X-RAY DIFFRACTION	98
1.5781-1.6039	0.269	192	0.2355	3447	X-RAY DIFFRACTION	98
1.6039-1.6316	0.2459	178	0.2233	3510	X-RAY DIFFRACTION	97
1.6316-1.6613	0.2645	176	0.2292	3462	X-RAY DIFFRACTION	98
1.6613-1.6932	0.2461	182	0.2237	3483	X-RAY DIFFRACTION	98
1.6932-1.7278	0.2549	183	0.2252	3506	X-RAY DIFFRACTION	98
1.7278-1.7653	0.2541	192	0.2185	3483	X-RAY DIFFRACTION	98
1.7653-1.8064	0.2631	183	0.2191	3502	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8064-1.8516	0.2568	171	0.2133	3516	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8516-1.9016	0.2368	193	0.1958	3508	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9016-1.9576	0.2197	183	0.1864	3548	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9576-2.0208	0.1876	184	0.1767	3505	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0208-2.093	0.2029	209	0.1744	3528	X-RAY DIFFRACTION	99
2.093-2.1768	0.1893	196	0.166	3526	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1768-2.2758	0.185	174	0.1638	3535	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2758-2.3958	0.1879	191	0.1599	3557	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3958-2.5459	0.1912	172	0.1623	3594	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5459-2.7424	0.1817	190	0.1607	3544	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7424-3.0183	0.1932	179	0.161	3597	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0183-3.4548	0.1726	161	0.1555	3635	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4548-4.3516	0.1527	180	0.1454	3633	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3516-37.5725	0.1871	216	0.17	3681	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.9851	-1.5224	0.4675	1.7454	0.4453	0.7734	0.0656	0.1493	-0.352	-0.0359	-0.058	0.0723	0.0793	0.0235	0.0039	0.1365	-0.0041	-0.0151	0.1259	0.0177	0.1698	-13.8092	-22.7225	-5.2139
2	5.1802	3.1815	3.3014	8.7986	2.421	8.9956	0.0816	1.0576	-0.1063	-0.6371	-0.0188	-0.3641	-0.0541	-0.092	0.0181	0.2281	0.0874	0.0461	0.3551	-0.0212	0.2247	0.9677	-22.5192	-14.5406
3	0.7988	-0.0914	0.052	2.1081	-0.567	0.9421	0.1218	0.0904	-0.1064	-0.0382	-0.1526	0.0159	0.0244	0.0104	0.0271	0.1149	0.0295	-0.0006	0.1386	-0.0053	0.117	-5.0298	-8.4645	-8.5164
4	2.0256	-0.2581	-0.4791	1.621	0.086	2.8088	0.0767	0.3038	0.0562	-0.2714	-0.1329	0.0403	-0.1122	-0.032	0.0462	0.2018	0.0765	0.0051	0.1953	0.037	0.1175	-3.562	3.0091	-22.7867
5	7.014	1.0489	-1.2264	2.4288	1.7956	4.0617	0.1807	-0.0907	0.0155	0.277	-0.6097	0.5314	0.263	-0.5451	0.3966	0.2431	-0.1084	0.0132	0.341	-0.139	0.4191	-9.7805	-28.4647	-64.9509
6	2.8826	4.7601	1.6215	8.4634	0.5631	8.4983	0.4247	-0.6356	-1.1589	0.3232	-0.4984	-0.1408	0.2636	-0.2151	0.1368	0.2608	-0.0486	-0.0104	0.2626	0.0333	0.3665	4.0745	-29.7657	-60.5672
7	8.773	-1.4558	-4.8498	4.7572	1.7358	8.9653	-0.1978	-0.9317	-0.2247	0.6212	-0.163	0.2142	0.0358	0.6215	0.3609	0.3099	-0.0566	0.025	0.2787	0.0346	0.2003	4.9109	-22.3484	-57.9657
8	3.2044	-0.858	-1.0839	2.6543	0.3328	2.4265	-0.0205	0.0323	-0.2339	0.3227	-0.2312	0.3267	0.5513	-0.3428	0.2643	0.237	-0.115	0.0256	0.2335	-0.027	0.2395	-3.1875	-22.9501	-62.9711
9	5.622	0.9524	-0.0535	0.7208	-0.5526	4.8428	-0.4889	0.052	-0.1191	0.3207	-0.6015	0.6794	0.3948	-0.227	-0.6151	0.1584	-0.3036	0.4189	0.4642	-0.3455	1.064	-15.8537	-16.4031	-52.9582
10	7.0919	0.9764	1.8837	4.4352	3.9728	4.4668	0.0564	0.4396	-0.5854	-0.5756	-0.1956	1.2939	0.1178	-0.8251	0.276	0.2635	-0.0132	-0.0915	0.2479	-0.0655	0.382	-11.2852	-6.5716	-62.7211
11	2.8556	1.9585	0.6783	3.6282	1.2201	1.8849	0.0116	-0.0449	-0.0978	0.08	-0.081	0.2739	0.1821	-0.0225	0.0971	0.1587	-0.0109	0.0367	0.1277	-0.0356	0.1974	1.6869	-13.138	-61.6806
12	8.1674	-1.6161	-1.5778	2.555	0.2718	2.3632	0.0708	0.2503	0.0944	-0.1971	0.0443	0.0565	-0.2043	-0.0657	-0.1076	0.179	-0.0034	-0.0207	0.1167	0.0022	0.0983	-3.1782	2.1486	-59.0147
13	5.9304	-1.3937	-0.0881	4.4516	-0.5708	5.4271	-0.277	-0.1597	-0.3701	0.2306	0.2831	0.7039	0.2639	-0.4887	-0.0305	0.1625	-0.0085	0.0429	0.1655	0.0411	0.2174	-10.8364	-5.9975	-49.7346
14	4.7962	-0.9721	0.5975	4.9537	-1.234	5.1377	-0.053	0.1428	-0.1525	-0.2694	0.0079	0.1921	0.0236	-0.3008	0.0465	0.1837	-0.0155	0.0093	0.1308	-0.0277	0.1689	-0.3194	-6.7027	-62.4102
15	6.9119	-1.0947	-0.9088	3.8753	-0.1228	3.2714	-0.1119	-0.3952	-0.4494	0.7133	0.2115	0.4077	0.7235	-0.7619	0.0237	0.376	-0.1103	0.081	0.3284	0.0632	0.2993	-11.2205	-11.2554	-50.1375
16	6.4544	-2.5988	-3.4578	4.486	0.3092	2.2224	-0.325	-0.2473	-0.4326	0.3001	0.214	0.4323	0.2938	-0.3432	0.1045	0.2318	0.0497	0.0355	0.3268	0.0431	0.159	-5.9695	-6.6958	-39.2186
17	3.1902	0.66	0.1135	2.4246	0.1966	2.4877	-0.1766	-0.5784	-0.2245	0.1363	0.154	-0.2544	-0.0809	0.2203	-0.0474	0.1472	0.0344	-0.0025	0.2322	0.0043	0.1349	5.7837	-2.7281	-45.8319
18	1.6565	0.8453	0.4025	2.4373	0.7365	1.682	0.0261	-0.8214	0.3846	0.2049	0.0269	-0.0704	-0.4599	0.429	-0.1293	0.3028	-0.077	-0.0309	0.4875	-0.1359	0.2764	13.1189	6.1294	-41.8135
19	3.3159	-0.5844	0.3028	3.4123	0.8385	2.1743	-0.1219	-0.0651	0.6755	-0.2614	0.2673	-0.5095	-0.3863	0.3234	-0.158	0.2398	-0.0707	-0.0214	0.1966	-0.0602	0.2822	9.7207	7.8342	-53.9875
20	2.2363	1.3997	-2.2539	3.1909	2.0394	7.4219	-0.3202	-0.8306	0.1971	0.7452	0.4834	0.0597	-0.3261	-0.0029	-0.1577	0.3093	0.1412	-0.0157	0.338	-0.0741	0.1896	-5.5512	6.7729	-40.5452
21	9.2551	3.8671	-5.5366	1.9803	-1.9779	7.9376	-0.0051	0.1798	0.9521	0.0605	0.1463	0.1283	-0.4665	-0.1703	-0.2901	0.2504	0.0216	-0.0493	0.1435	0.0153	0.2821	-3.8773	11.0297	-56.5245

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'D' and (resid 162 through 224 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'D' and (resid 225 through 239 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'D' and (resid 240 through 332 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'D' and (resid 333 through 457 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 165 through 177 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 178 through 184 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 185 through 197 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 198 through 226 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 227 through 239 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 240 through 247 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 248 through 284 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 285 through 304 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'A' and (resid 305 through 313 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'A' and (resid 314 through 327 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'A' and (resid 328 through 335 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'A' and (resid 347 through 365 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'A' and (resid 366 through 395 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'A' and (resid 396 through 413 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'A' and (resid 414 through 436 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'A' and (resid 437 through 446 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'A' and (resid 447 through 459 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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