ソフトウェア 名称 バージョン 分類 PHENIX(dev_3112: ???)精密化 HKL-2000v715データ削減 HKL-2000v715データスケーリング PHASER2.8.2位相決定
精密化 構造決定の手法 : 分子置換開始モデル : Computational design model
解像度 : 1.74→22.52 Å / SU ML : 0.24 / 交差検証法 : FREE R-VALUE / σ(F) : 0 / 位相誤差 : 32.84 詳細 : Iterative rounds of model building in Coot and refinement in Phenix.Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.2658 1461 9.57 % Rwork 0.2266 - - obs 0.2304 15269 92.07 %
溶媒の処理 減衰半径 : 0.9 Å / VDWプローブ半径 : 1.11 Å原子変位パラメータ Biso mean : 58.9 Å2 精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 1.74→22.52 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 1128 0 0 47 1175
拘束条件 Refine-ID タイプ Dev ideal 数 X-RAY DIFFRACTION f_bond_d0.019 1135 X-RAY DIFFRACTION f_angle_d1.448 1522 X-RAY DIFFRACTION f_dihedral_angle_d14.404 735 X-RAY DIFFRACTION f_chiral_restr0.072 185 X-RAY DIFFRACTION f_plane_restr0.008 199
LS精密化 シェル 解像度 (Å)Rfactor Rfree Num. reflection Rfree Rfactor Rwork Num. reflection Rwork Refine-ID % reflection obs (%)1.7401-1.8022 0.4204 121 0.3869 1120 X-RAY DIFFRACTION 76 1.8022-1.8743 0.3603 126 0.3235 1204 X-RAY DIFFRACTION 80 1.8743-1.9596 0.3414 133 0.2751 1271 X-RAY DIFFRACTION 86 1.9596-2.0629 0.2851 153 0.2535 1395 X-RAY DIFFRACTION 94 2.0629-2.192 0.3179 150 0.2237 1448 X-RAY DIFFRACTION 97 2.192-2.3611 0.2619 149 0.2186 1478 X-RAY DIFFRACTION 99 2.3611-2.5984 0.26 162 0.2179 1490 X-RAY DIFFRACTION 99 2.5984-2.9736 0.2527 162 0.2321 1493 X-RAY DIFFRACTION 100 2.9736-3.7437 0.2738 159 0.2193 1506 X-RAY DIFFRACTION 100 3.7437-22.5219 0.2435 146 0.2178 1403 X-RAY DIFFRACTION 91
精密化 TLS 手法 : refined / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION
大きな表を表示 (25 x 4) 大きな表を隠す ID L11 (°2 )L12 (°2 )L13 (°2 )L22 (°2 )L23 (°2 )L33 (°2 )S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2 )T12 (Å2 )T13 (Å2 )T22 (Å2 )T23 (Å2 )T33 (Å2 )Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)1 4.0929 -0.7142 -1.8816 0.8143 1.3192 8.2398 0.3304 0.7844 0.2886 -0.2647 -0.3466 0.1158 -0.5885 -0.8759 -0.1795 0.4004 0.0513 -0.0659 0.4075 -0.0046 0.3999 7.2772 26.111 1.7753 2 8.5869 0.467 -2.89 1.9029 -0.547 4.7551 -0.0177 -0.6264 -0.4976 0.163 -0.192 0.2237 0.1743 -0.2752 0.438 0.3319 -0.0432 -0.0267 0.3528 -0.0535 0.3611 6.7535 18.7613 6.6441 3 3.7449 1.0898 -2.2556 2.0943 -1.6744 7.1105 0.6286 -1.4834 -0.57 0.5114 -0.7572 -0.3195 -0.2002 1.04 0.176 0.3925 -0.0381 -0.0704 0.4456 0.0514 0.3478 15.7223 21.7843 12.5267 4 5.9563 -0.1048 -3.9078 1.8233 0.182 7.72 0.3056 -0.3518 0.3726 0.2587 -0.1946 0.0775 -0.3192 -0.2349 -0.2005 0.3614 -0.0407 -0.0373 0.3528 -0.0507 0.3129 11.5684 29.3496 11.0825
精密化 TLSグループ ID Refine-ID Refine TLS-ID Selection details 1 X-RAY DIFFRACTION 1 chain 'A' and (resid 1 through 35 )2 X-RAY DIFFRACTION 2 chain 'A' and (resid 36 through 73 )3 X-RAY DIFFRACTION 3 chain 'A' and (resid 79 through 112 )4 X-RAY DIFFRACTION 4 chain 'A' and (resid 113 through 151 )