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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6eg9 | ||||||
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タイトル | IRAK4 in complex with Ponatinib | ||||||
要素 | Interleukin-1 receptor-associated kinase 4 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Inhibitor / complex / TRANSFERASE / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 IRAK4 deficiency (TLR5) / MyD88 dependent cascade initiated on endosome / TRAF6 mediated induction of NFkB and MAP kinases upon TLR7/8 or 9 activation / MyD88 cascade initiated on plasma membrane / Toll signaling pathway / neutrophil migration / interleukin-33-mediated signaling pathway / toll-like receptor 9 signaling pathway / neutrophil mediated immunity / interleukin-1 receptor binding ...IRAK4 deficiency (TLR5) / MyD88 dependent cascade initiated on endosome / TRAF6 mediated induction of NFkB and MAP kinases upon TLR7/8 or 9 activation / MyD88 cascade initiated on plasma membrane / Toll signaling pathway / neutrophil migration / interleukin-33-mediated signaling pathway / toll-like receptor 9 signaling pathway / neutrophil mediated immunity / interleukin-1 receptor binding / MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / interleukin-1-mediated signaling pathway / IRAK4 deficiency (TLR2/4) / MyD88:MAL(TIRAP) cascade initiated on plasma membrane / toll-like receptor 4 signaling pathway / toll-like receptor signaling pathway / extrinsic component of plasma membrane / JNK cascade / TRAF6 mediated IRF7 activation in TLR7/8 or 9 signaling / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / cytokine-mediated signaling pathway / Interleukin-1 signaling / PIP3 activates AKT signaling / kinase activity / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / cellular response to lipopolysaccharide / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / endosome membrane / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / phosphorylation / innate immune response / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / protein kinase binding / cell surface / magnesium ion binding / extracellular space / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.414 Å | ||||||
データ登録者 | Wang, L. / Wu, H. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019 タイトル: Conformational flexibility and inhibitor binding to unphosphorylated interleukin-1 receptor-associated kinase 4 (IRAK4). 著者: Wang, L. / Ferrao, R. / Li, Q. / Hatcher, J.M. / Choi, H.G. / Buhrlage, S.J. / Gray, N.S. / Wu, H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6eg9.cif.gz | 127.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6eg9.ent.gz | 97.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6eg9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6eg9_validation.pdf.gz | 940.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6eg9_full_validation.pdf.gz | 927 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6eg9_validation.xml.gz | 23.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6eg9_validation.cif.gz | 32.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eg/6eg9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eg/6eg9 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34821.453 Da / 分子数: 2 / 断片: Protein kinase domain residues 154-460 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IRAK4 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q9NWZ3, non-specific serine/threonine protein kinase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-CO / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.21 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8 詳細: 0.1M Tris-Hcl pH 8.0 1.5M-1.6M ammonium sulfate 20mM Cobalt chloride |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→144.77 Å / Num. obs: 36908 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 18.1 % / Net I/σ(I): 35.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.414→2.47 Å |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.414→72.608 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.59
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.414→72.608 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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