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万見
- PDB-6eg7: BbvCI B2 dimer with I3C clusters -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6eg7
タイトルBbvCI B2 dimer with I3C clusters
要素BbvCI endonuclease subunit 2
キーワードHYDROLASE / endonuclease / DNA binding protein / Type IIT restriction enzyme
機能・相同性Restriction endonuclease, type II, Bpu10I / Bpu10I restriction endonuclease / endonuclease activity / Chem-I3C / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / BbvCI endonuclease subunit 2
機能・相同性情報
生物種Brevibacillus brevis (バクテリア)
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 3 Å
データ登録者Shen, B.W. / Stoddard, B.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)R01 GM105691 to BLS 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2019
タイトル: Structure, subunit organization and behavior of the asymmetric Type IIT restriction endonuclease BbvCI.
著者: Shen, B.W. / Doyle, L. / Bradley, P. / Heiter, D.F. / Lunnen, K.D. / Wilson, G.G. / Stoddard, B.L.
履歴
登録2018年8月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年11月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22019年1月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BbvCI endonuclease subunit 2
B: BbvCI endonuclease subunit 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,18715
ポリマ－65,3182
非ポリマー4,86913
水1629
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3580 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area29180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.888, 168.245, 106.477
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Refine code: _ / Auth seq-ID: 7 - 281 / Label seq-ID: 7 - 281

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 BbvCI endonuclease subunit 2


分子量: 32659.137 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Brevibacillus brevis (バクテリア)
遺伝子: bbvCIR-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566 / 参照: UniProt: Q5D6Y4
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C4H10O3
#4: 化合物
ChemComp-I3C / 5-amino-2,4,6-triiodobenzene-1,3-dicarboxylic acid / 5-Amino-2,4,6-triiodoisophthalic acid / 5-アミノ-2,4,6-トリヨ-ドイソフタル酸


分子量: 558.835 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H4I3NO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.79 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 / 詳細: 0.8 M (NH4)2SO4, 100 mM NaOAc pH4.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: Cu FINE FOCUS / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 70 / 検出器: CCD / 日付: 2017年8月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→84 Å / Num. obs: 15456 / % possible obs: 93.91 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 13.7 % / Biso Wilson estimate: 21.89 Å2 / CC1/2: 0.94 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.131 / Rsym value: 0.126 / Χ2: 1.432 / Net I/σ(I): 20.4
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 10.9 % / Mean I/σ(I) obs: 6 / Num. unique obs: 1124 / CC1/2: 0.964 / Rpim(I) all: 0.13 / Rrim(I) all: 0.439 / Rsym value: 0.418 / Χ2: 1.441 / % possible all: 65.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0230精密化
HKL-2000v 714データ削減
HKL-2000v 714データスケーリング
SHELXDEv1位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3→30.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.903 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.838 / SU B: 17.285 / SU ML: 0.312 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.445 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26197 821 5 %RANDOM
Rwork0.21338 ---
obs0.21586 15456 93.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.39 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.49 Å20 Å20 Å2
2---3.87 Å20 Å2
3---2.38 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3→30.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4463 0 154 9 4626
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0124694
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7531.6796371
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.7455553
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.47222.669251
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.44615806
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.1591529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1350.2582
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023606
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.4423.6462218
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.3755.4512769
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.5364.1332476
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined13.91165.7519221
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 8361 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.16 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.997→3.074 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.63 24 -
Rwork0.342 761 -
obs--62.6 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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