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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6eez | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the thiol-disulfide exchange protein alpha-DsbA2 from Wolbachia pipientis | ||||||
要素 | DsbA-like disulfide oxidoreductase | ||||||
キーワード | ISOMERASE / Thiol-disulfide exchange protein | ||||||
機能・相同性 | Thioredoxin / Thioredoxin-like fold / Thioredoxin-like superfamily / DsbA-like disulfide oxidoreductase 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å | ||||||
データ登録者 | Walden, P.M. / Lakshmanane, P. / King, G.J. / Martin, J.L. | ||||||
資金援助 | オーストラリア, 1件
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引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019 タイトル: The atypical thiol-disulfide exchange protein alpha-DsbA2 from Wolbachia pipientis is a homotrimeric disulfide isomerase. 著者: Walden, P.M. / Whitten, A.E. / Premkumar, L. / Halili, M.A. / Heras, B. / King, G.J. / Martin, J.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6eez.cif.gz | 420.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6eez.ent.gz | 365.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6eez.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6eez_validation.pdf.gz | 452.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6eez_full_validation.pdf.gz | 459.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6eez_validation.xml.gz | 28.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6eez_validation.cif.gz | 40.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ee/6eez ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ee/6eez | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21122.807 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster (バクテリア) 遺伝子: WD_1312 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q73FL6 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.8 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 100 mM Tris pH 7.5, 200 mM NaCl and 20% w/v PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 1.543 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.543 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.25→19.77 Å / Num. obs: 35424 / % possible obs: 99.04 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 58 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rpim(I) all: 0.038 / Net I/σ(I): 13.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.25→2.32 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.265 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique obs: 3209 / Rsym value: 0.187 / % possible all: 97.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.25→19.768 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.65
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.25→19.768 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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