PDB-6eel: Crystal Structure of Myoferlin C2A with divalent cation

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6eel

タイトル

Crystal Structure of Myoferlin C2A with divalent cation

要素

Myoferlin

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / ferlin / C2 domain / calcium-binding

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of neurotransmitter secretion / plasma membrane repair / blood circulation / muscle contraction / caveola / phospholipid binding / centriolar satellite / synaptic vesicle membrane / nuclear envelope / cytoplasmic vesicle ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.93 Å

データ登録者

Sutton, R.B. / Harsini, F.M. / Rice, A.M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2019
タイトル: Structural Basis for the Distinct Membrane Binding Activity of the Homologous C2A Domains of Myoferlin and Dysferlin.
著者: Harsini, F.M. / Bui, A.A. / Rice, A.M. / Chebrolu, S. / Fuson, K.L. / Turtoi, A. / Bradberry, M. / Chapman, E.R. / Sutton, R.B.

履歴

登録	2018年8月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年5月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年6月5日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2019年12月11日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6eel.cif.gz	179.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6eel.ent.gz	141.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6eel.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ee/6eel ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ee/6eel	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2dmhS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4tyl-d 4icx-2 4qqd-1 4icx-1 4qsr-d 5v3s-2 6hi8-d 2cm6-2 6epv-d 6osx-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (5) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (5) #239 - 2019年11月ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2) 類似性 (5) #167 - 2013年11月 SNAREタンパク質 (SNARE Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Myoferlin

B: Myoferlin

C: Myoferlin

ヘテロ分子

43.3 kDa, 3 ポリマー
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1

A: Myoferlin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
14.4 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Myoferlin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
14.4 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Myoferlin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
14.4 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	47.350, 83.110, 94.280
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	B
2	3	C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: ASP / End label comp-ID: ASP / Refine code: _ / Auth seq-ID: 4 - 132 / Label seq-ID: 1 - 129

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	1	B	B
1	2	A	A
2	2	C	C
1	3	B	B
2	3	C	C

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	Myoferlin / Fer-1-like protein 3 分子量: 14260.422 Da / 分子数: 3 / 断片: residues 1-125 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MYOF, FER1L3, KIAA1207 / プラスミド: p202 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NZM1
#2: 化合物	ChemComp-SR / STRONTIUM ION / ストロンチウムジカチオン分子量: 87.620 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Sr
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 473 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.27 %
結晶化	温度: 310 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: orthorhombic shaped crystals

-
データ収集

回折

平均測定温度: 90 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.1271 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月8日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.1271 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.929→62.345 Å / Num. obs: 28742 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.8 % / R_merge(I) obs: 0.109 / R_pim(I) all: 0.06 / R_rim(I) all: 0.135 / R_sym value: 0.112 / Net I/av σ(I): 5.6 / Net I/σ(I): 9.5

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	R_pim(I) all	R_rim(I) all	R_sym value	% possible all
1.93-2.03	4.9	0.645	1.1	4165	0.348	0.777	0.645	99.9
2.03-2.16	4.9	0.402	1.7	3897	0.214	0.48	0.402	99.9
2.16-2.31	4.9	0.376	1.6	3670	0.198	0.444	0.376	99.9
2.31-2.49	4.9	0.222	3.2	3452	0.117	0.265	0.222	99.9
2.49-2.73	4.9	0.16	4.4	3161	0.085	0.191	0.16	99.9
2.73-3.05	4.9	0.099	7.2	2897	0.052	0.118	0.099	99.9
3.05-3.52	4.8	0.059	11.4	2567	0.032	0.072	0.059	99.6
3.52-4.31	4.7	0.054	11.2	2194	0.03	0.066	0.054	99.6
4.31-6.1	4.5	0.047	12.6	1720	0.025	0.055	0.047	99.6
6.1-62.345	4.5	0.034	13.7	1019	0.019	0.041	0.034	99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALA	3.3.22	データスケーリング
REFMAC	5.8.0155	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2DMH

2dmh

解像度: 1.93→62.34 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.924 / SU B: 7.953 / SU ML: 0.128 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.196 / ESU R Free: 0.171
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.232	2793	9.8 %	RANDOM
R_work	0.1807	-	-	-
obs	0.1857	25836	99.52 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 120.94 Å² / B_iso mean: 29.21 Å² / B_iso min: 9.11 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.58 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.53 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.11 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.93→62.34 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3009	0	6	473	3488
B_iso mean	-	-	29.93	32.02	-
残基数	-	-	-	-	387

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.02	3068
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	3106
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.853	1.996	4152
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.956	3	7206
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.204	5	390
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.378	26.154	117
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.727	15	595
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.921	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.107	0.2	502
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	3351
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	588

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	7416	0.1
1	2	B	7416	0.1
2	1	A	7442	0.09
2	2	C	7442	0.09
3	1	B	7440	0.11
3	2	C	7440	0.11

LS精密化シェル

解像度: 1.929→1.979 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.324	190	-
R_work	0.266	1922	-
all	-	2112	-
obs	-	-	99.76 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.4471	3.4595	-1.5943	5.6638	-2.6321	6.0695	-0.7131	0.0763	-0.3012	-0.5394	0.0989	-0.8486	0.4504	0.6829	0.6142	0.1854	0.0337	0.0579	0.1264	0.0214	0.1663	0.126	5.913	-31.45
2	3.4423	0.7166	0.7637	1.4114	0.4866	2.2817	-0.1051	-0.1023	0.2032	-0.0996	0.0072	0.0533	-0.0726	-0.1469	0.098	0.1181	0.0081	-0.019	0.0607	-0.0134	0.0235	-11.561	8.662	-26.693
3	14.8729	0.425	1.273	4.9474	-0.2732	15.8003	-0.0133	0.5072	1.3728	-0.7625	-0.0077	1.3674	-1.3936	-1.2383	0.0211	0.3921	0.1442	-0.2148	0.4391	-0.032	0.5015	-25.725	14.518	-29.159
4	4.6285	0.7966	-0.3287	3.6898	0.2164	3.1393	0.0635	-0.1838	0.0766	0.135	-0.0486	-0.1971	0.0793	0.172	-0.0149	0.1495	-0.0097	-0.0343	0.1039	0.0187	0.0274	-4.796	6.951	-20.016
5	8.1946	-4.6304	-1.2789	3.6741	0.9896	1.0863	-0.1714	-0.1723	0.0059	0.187	0.1857	-0.1803	0.0754	0.2104	-0.0143	0.195	-0.0031	-0.0075	0.179	0.0031	0.1491	0.596	0.179	-43.4
6	1.219	0.682	0.6454	3.7124	-1.3424	1.7482	-0.0591	0.0821	0.1668	0.0832	0.2503	0.4896	-0.018	-0.3101	-0.1912	0.0815	-0.0023	-0.0141	0.1525	0.0614	0.0868	-16.496	4.812	-47.487
7	5.9957	-2.1902	-1.0298	2.1365	-0.4197	0.9952	0.021	0.3581	0.296	-0.2034	-0.0126	-0.2275	0.1423	0.1146	-0.0084	0.1727	-0.012	0.0188	0.2168	-0.0118	0.057	-0.892	0.119	-50.844
8	7.1981	4.3889	-2.2686	19.9632	-1.2586	18.0167	-0.2713	1.2163	-0.3749	-0.2053	0.0125	0.9312	1.245	-1.6181	0.2588	0.3062	-0.1951	-0.0038	0.5546	-0.0994	0.3376	-24.285	-1.265	-53.52
9	19.0211	-1.0486	0.0865	0.8616	0.0612	0.325	-0.1224	0.1008	0.3288	-0.1518	0.0992	-0.012	-0.0409	-0.0769	0.0232	0.1896	0.0281	0.0002	0.208	0.0425	0.1763	-9.904	8.31	-55.049
10	6.2603	-1.6512	-4.6379	1.5925	1.6736	8.259	0.0133	0.0405	0.2294	0.0875	0.0897	-0.7804	0.2945	0.8954	-0.103	0.1448	-0.0114	-0.0192	0.2292	-0.003	0.4847	7.67	7.697	-46.18
11	6.8655	-2.5482	3.7753	2.9012	-1.2874	7.9338	0.0743	0.1809	0.3079	-0.1598	-0.0795	-0.2065	-0.2617	-0.0201	0.0052	0.1609	-0.009	0.036	0.0562	0.0773	0.1462	-8.235	11.643	-51.083
12	9.0894	2.0394	4.6954	4.6503	1.8071	7.3691	-0.4184	0.2738	0.2796	0.0746	0.2473	-0.6655	-0.5719	0.7451	0.1711	0.1557	-0.017	-0.0315	0.1094	0.0005	0.1552	0.157	-7.414	-32.497
13	5.1694	0.755	2.8071	2.9992	1.2978	4.9881	-0.0514	-0.1576	-0.1237	-0.0093	0.0027	0.345	0.0134	-0.4494	0.0487	0.0835	-0.006	0.0019	0.0673	0.0161	0.0794	-16.493	-14.998	-34.146
14	1.233	-0.8233	0.3458	2.444	-0.3223	1.2826	-0.0448	-0.0573	0.0075	0.027	0.0153	0.0172	-0.0189	-0.0502	0.0295	0.1066	0.0155	0.0028	0.0593	0.0034	0.0097	-7.816	-11.664	-32.542
15	10.6882	0.9159	-8.3399	1.6278	0.6319	10.7636	0.1457	-0.1938	-0.1634	0.5	-0.1367	0.7331	-0.3285	-0.8062	-0.009	0.4627	0.1004	0.2757	0.4293	0.0955	0.6888	-25.663	-13.252	-27.976
16	12.3521	0.4627	-1.9156	3.1952	-0.065	1.8595	0.3137	0.115	-0.3874	-0.1389	-0.1551	0.1958	0.1708	-0.1546	-0.1586	0.1717	-0.0156	-0.0443	0.1292	0.0081	0.1033	-13.111	-20.891	-34.073
17	8.2173	-4.9955	7.3288	8.0978	-5.3146	12.0322	-0.306	0.8044	0.5533	-0.1007	0.0172	-1.5967	-0.2574	1.601	0.2888	0.1892	-0.0532	0.0579	0.4624	-0.1222	0.4604	7.464	-14.117	-36.413
18	6.0391	3.6404	-0.6625	8.0723	0.28	1.2549	0.2566	-0.1413	-0.1852	-0.0023	-0.2114	-0.1086	0.2285	0.1112	-0.0451	0.1671	0.0187	-0.0444	0.1073	-0.0097	0.0161	-8.541	-19.697	-38.878

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	4 - 17
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	18 - 78
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	79 - 85
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	86 - 132
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	4 - 17
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	18 - 54
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	55 - 78
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	79 - 86
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	87 - 94
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	95 - 108
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	109 - 132
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	4 - 17
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	18 - 41
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	42 - 78
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	79 - 85
16	X-RAY DIFFRACTION	16	C	86 - 94
17	X-RAY DIFFRACTION	17	C	95 - 108
18	X-RAY DIFFRACTION	18	C	109 - 132

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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