PDB-6eeh: Bioreductive 4-hydroxy-3-nitro-5-ureido-benzenesulfonamides selec...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6eeh

タイトル

Bioreductive 4-hydroxy-3-nitro-5-ureido-benzenesulfonamides selectively target the tumor-associated carbonic anhydrase isoforms IX and XII and show hypoxia-enhanced cytotoxicity against human cancer cell lines.

要素

Carbonic anhydrase 2

キーワード

LYASE/LYASE inhibitor / Hypoxia / carbonic anhydrase IX / carbonic anhydrase XII / inhibition / anti-proliferative. / LYASE / LYASE-LYASE inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase activity / cyanamide hydratase / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / morphogenesis of an epithelium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.629 Å

データ登録者

Singh, S. / McKenna, R. / Supuran, C.T. / Nocentini, A. / Lomelino, C. / Lucarini, E. / Bartolucci, G. / Mannelli, L.D.C. / Ghelardini, C. / Gratteri, P.

引用

ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2018
タイトル: 4-Hydroxy-3-nitro-5-ureido-benzenesulfonamides Selectively Target the Tumor-Associated Carbonic Anhydrase Isoforms IX and XII Showing Hypoxia-Enhanced Antiproliferative Profiles.
著者: Nocentini, A. / Trallori, E. / Singh, S. / Lomelino, C.L. / Bartolucci, G. / Di Cesare Mannelli, L. / Ghelardini, C. / McKenna, R. / Gratteri, P. / Supuran, C.T.

履歴

登録	2018年8月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年11月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年5月1日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.0	2024年5月1日	Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / pdbx_entity_nonpoly Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.name / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6eeh.cif.gz	123.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6eeh.ent.gz	93.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6eeh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6eeh_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6eeh_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	6eeh_validation.xml.gz	12.8 KB	表示
CIF形式データ	6eeh_validation.cif.gz	17.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ee/6eeh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ee/6eeh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ebeC 6eczC 6edaC 6eeaC 6eeoC 3ks3S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4q9y-d 6eea-d 3t84-d 2x7s-d 3p4v-d 6b5a-d 1kwq-d 3m40-d 3t85-d 1ydd-d 6wq4-d 1bnt-d 6syb-d 3dd0-d 4q7p-d 4ilx-d 5fnj-d 5wex-d 1okl-d 5llh-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (1) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

30.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.571, 41.795, 72.889
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.130, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Carbonic anhydrase 2 / Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II 分子量: 28844.465 Da / 分子数: 1 / 変異: A65S, N67Q, E69T, I91L, F131V, K170E, L204A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-J4D / N-[2-hydroxy-3-nitro-5-(nitrosulfonyl)phenyl]-N'-(pentafluorophenyl)urea 分子量: 472.258 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₅F₅N₄O₈S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.58 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 / 詳細: 1.6 M Sodium citrate, 50 mM Tris-HCl

-
データ収集

回折

平均測定温度: 298 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2017年8月4日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.63→50 Å / Num. obs: 29132 / % possible obs: 93 % / 冗長度: 2.7 % / B_iso Wilson estimate: 14.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.064 / R_pim(I) all: 0.045 / R_rim(I) all: 0.079 / Χ²: 0.84 / Net I/σ(I): 11.5 / Num. measured all: 77621

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.63-1.66	2.5	0.585	1387	0.582	0.451	0.743	1.008	88.1
1.66-1.69	2.6	0.504	1352	0.623	0.386	0.638	0.837	89.2
1.69-1.72	2.7	0.441	1401	0.72	0.333	0.555	0.87	89.9
1.72-1.76	2.7	0.368	1442	0.788	0.277	0.463	0.875	91.6
1.76-1.79	2.7	0.302	1390	0.839	0.227	0.38	0.892	90.7
1.79-1.84	2.7	0.255	1427	0.873	0.191	0.32	0.843	91.3
1.84-1.88	2.7	0.193	1433	0.912	0.145	0.243	0.837	92.8
1.88-1.93	2.7	0.159	1435	0.939	0.12	0.201	0.816	91.3
1.93-1.99	2.7	0.134	1477	0.955	0.1	0.168	0.867	94.1
1.99-2.05	2.7	0.11	1428	0.969	0.081	0.137	0.852	92.5
2.05-2.13	2.7	0.093	1473	0.978	0.069	0.117	0.889	93.6
2.13-2.21	2.7	0.08	1492	0.983	0.058	0.1	0.797	94.6
2.21-2.31	2.7	0.072	1460	0.985	0.052	0.089	0.835	94.8
2.31-2.43	2.7	0.066	1487	0.987	0.047	0.081	0.834	95.6
2.43-2.59	2.7	0.062	1509	0.99	0.043	0.076	0.846	95.9
2.59-2.79	2.7	0.051	1517	0.99	0.035	0.062	0.772	96
2.79-3.07	2.7	0.046	1501	0.993	0.03	0.055	0.784	96.3
3.07-3.51	2.7	0.042	1553	0.992	0.028	0.051	0.79	97.4
3.51-4.42	2.7	0.039	1500	0.994	0.025	0.047	0.772	94.6
4.42-50	2.8	0.04	1468	0.993	0.026	0.048	0.82	89.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10pre_2097	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3KS3

3ks3

解像度: 1.629→29.371 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.64 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1871	1427	4.93 %
R_work	0.1595	27511	-
obs	0.1609	28938	92.25 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 95.29 Å² / B_iso mean: 20.7556 Å² / B_iso min: 4.79 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.629→29.371 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2042	0	88	81	2211
B_iso mean	-	-	43.89	27.82	-
残基数	-	-	-	-	257

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	2192
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.234	2993
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.066	300
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	383
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.673	1711

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.6289-1.6871	0.3128	134	0.2862	2480	2614	84
1.6871-1.7546	0.2106	136	0.2031	2645	2781	89
1.7546-1.8344	0.2187	139	0.1811	2659	2798	90
1.8344-1.9311	0.2308	140	0.1634	2729	2869	92
1.9311-2.0521	0.1837	149	0.1442	2755	2904	93
2.0521-2.2105	0.1746	135	0.149	2827	2962	94
2.2105-2.4329	0.1613	148	0.1574	2804	2952	95
2.4329-2.7847	0.1976	151	0.1723	2883	3034	96
2.7847-3.5075	0.2082	151	0.1633	2904	3055	97
3.5075-29.3757	0.1479	144	0.1313	2825	2969	92

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -9.1124 Å / Origin y: -1.1946 Å / Origin z: 16.0265 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0538 Å²	-0.002 Å²	-0 Å²	-	0.0494 Å²	0.0045 Å²	-	-	0.0554 Å²
L	0.87 °²	-0.0708 °²	-0.0417 °²	-	0.6381 °²	-0.0555 °²	-	-	0.7696 °²
S	-0.0048 Å °	0.0001 Å °	0.0529 Å °	-0.0207 Å °	0.0043 Å °	-0.022 Å °	-0.0013 Å °	0.0086 Å °	-0 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	4 - 261
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	262
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	2 - 36
4	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	39 - 89
5	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	99 - 100
6	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	105 - 144
7	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	146 - 161
8	X-RAY DIFFRACTION	1	all	D	2 - 4

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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