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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6eby
タイトルCrystal structure of the MbtH-like protein FscK bound to the interface forming region of FscH adenylation domain from Thermobifida fusca
要素
  • Amino acid adenylation
  • Conserved protein MbtH
キーワードPROTEIN BINDING / MbtH-like protein / adenylation domain / domain activation
機能・相同性
機能・相同性情報


siderophore biosynthetic process / amino acid activation for nonribosomal peptide biosynthetic process / secondary metabolite biosynthetic process / lipid biosynthetic process / catalytic activity / phosphopantetheine binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Rubredoxin-like / Structural Genomics, Unknown Function 30-nov-00 1gh9 Mol_id / MbtH-like protein / MbtH-like domain / MbtH-like domain superfamily / MbtH-like protein / MbtH-like protein / Luciferase; domain 3 / Luciferase; Domain 3 / Condensation domain ...Rubredoxin-like / Structural Genomics, Unknown Function 30-nov-00 1gh9 Mol_id / MbtH-like protein / MbtH-like domain / MbtH-like domain superfamily / MbtH-like protein / MbtH-like protein / Luciferase; domain 3 / Luciferase; Domain 3 / Condensation domain / Condensation domain / Amino acid adenylation domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Roll / Alpha-Beta Complex / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Amino acid adenylation / Putative conserved protein MbtH
類似検索 - 構成要素
生物種Thermobifida fusca (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Bruner, S.D. / Zagulyaeva, A.A.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Comprehensive analysis of protein-protein interactions between MbtH-like protein FscK and adenylation domains in nonribosomal biosynthesis of Fuscachelins.
著者: Bruner, S.D. / Zagulyaeva, A.A.
履歴
登録2018年8月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月29日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop
Item: _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Conserved protein MbtH
B: Amino acid adenylation
C: Conserved protein MbtH
D: Amino acid adenylation


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,7734
ポリマ-34,7734
非ポリマー00
3,513195
1
A: Conserved protein MbtH
B: Amino acid adenylation


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,3862
ポリマ-17,3862
非ポリマー00
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1780 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area7390 Å2
手法PISA
2
C: Conserved protein MbtH
D: Amino acid adenylation


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,3862
ポリマ-17,3862
非ポリマー00
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1770 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area7340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.450, 58.290, 58.700
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.210, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Conserved protein MbtH


分子量: 9094.947 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermobifida fusca (strain YX) (バクテリア)
: YX / 遺伝子: Tfu_1863 / プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q47NS3
#2: タンパク質 Amino acid adenylation


分子量: 8291.432 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermobifida fusca (strain YX) (バクテリア)
: YX / 遺伝子: Tfu_1866 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q47NS0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 195 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.77 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: PEG 3350, sodium chloride, BisTris

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月16日
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→58.29 Å / Num. obs: 23530 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 7.7 % / Biso Wilson estimate: 16.89 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.077 / Net I/σ(I): 17.9 / Num. measured all: 180172 / Scaling rejects: 249
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.85-1.897.70.22614630.980.0870.24296.9
9.06-58.296.40.0532230.9950.0220.05798.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6EA3
解像度: 1.85→29.452 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 22.73
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2346 3909 8.49 %
Rwork0.2003 --
obs0.2031 46031 97.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 78.4 Å2 / Biso mean: 21.0742 Å2 / Biso min: 4.29 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.85→29.452 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2054 0 0 195 2249
Biso mean---26.5 -
残基数----262
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0022110
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.582880
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043304
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004384
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.745756
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 28

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.85-1.87260.24541510.22691530168196
1.8726-1.89630.26211520.21411431158397
1.8963-1.92120.22471580.21241472163097
1.9212-1.94750.2811230.21611501162497
1.9475-1.97540.25921120.20651603171597
1.9754-2.00480.24261490.19921395154497
2.0048-2.03620.21361190.20161504162398
2.0362-2.06950.23391660.20331562172897
2.0695-2.10520.23971430.19661425156898
2.1052-2.14350.27071310.19541480161197
2.1435-2.18470.22471310.19631570170198
2.1847-2.22930.29311400.20121456159697
2.2293-2.27770.20911350.19381535167098
2.2777-2.33070.22111360.20071472160898
2.3307-2.38890.27071200.20131489160998
2.3889-2.45350.27871710.22181512168398
2.4535-2.52570.22371250.20611514163998
2.5257-2.60710.23191560.20881477163398
2.6071-2.70030.27581430.21481538168198
2.7003-2.80830.23911360.20011537167398
2.8083-2.9360.23581380.21451486162499
2.936-3.09060.23211350.20761540167599
3.0906-3.2840.19921320.20851501163399
3.284-3.53720.2371470.19611495164299
3.5372-3.89250.23241390.18941544168399
3.8925-4.4540.17921320.16771517164999
4.454-5.60530.2011470.18361520166799
5.6053-29.45590.28131420.21991516165899
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0161-0.03220.02620.0937-0.12160.1316-0.03670.18150.1339-0.13490.10420.2535-0.1344-0.13160.03820.1023-0.0448-0.01220.1487-0.01350.1363-68.211944.049778.452
20.1025-0.00470.07020.11160.16190.23970.1096-0.2204-0.16710.05290.0137-0.08330.2754-0.30120.03740.1241-0.0399-0.02750.13810.0340.1156-67.96842.600687.8148
30.09930.0401-0.20330.0531-0.17810.63230.0225-0.15050.11450.45870.3003-0.412-0.2519-0.01960.04360.13780.0002-0.06010.1127-0.05810.198-55.151551.562795.3633
40.0009-0.00630.03570.0136-0.05120.2841-0.0223-0.3869-0.302-0.08610.0883-0.0784-0.0936-0.32120.02480.067-0.0094-0.0050.11650.00090.082-62.980245.510688.0814
50.2130.29380.15410.72160.65760.88640.1525-0.2122-0.58880.04160.2634-0.16380.21020.1660.10430.1678-0.00490.00550.06290.07760.1679-62.249335.879286.989
60.0670.158-0.00910.5187-0.0460.01270.1045-0.426-0.0010.0747-0.0561-0.4948-0.1619-0.11030.0155-0.13130.1907-0.27010.01370.12770.0088-55.653642.910793.3243
70.1256-0.04880.00550.02590.03780.03060.2969-0.1112-0.43010.233-0.16460.14260.2283-0.2736-0.00550.1508-0.0428-0.02520.13880.07830.1076-69.648942.798993.3349
80.01640.01050.00050.0223-0.00310.02180.0122-0.09520.14910.11860.06120.1314-0.2965-0.0807-00.12940.00050.01080.21830.03470.1711-72.540749.308687.3077
90.72350.04490.42450.01270.0340.2634-0.0201-0.32970.21650.1113-0.06890.1738-0.1432-0.377-0.08230.162-0.0010.03480.1206-0.01220.0575-67.188154.354193.9415
100.04520.06710.14320.31080.24070.6064-0.0973-0.4240.22740.12280.2077-0.16110.15590.20450.05390.0540.04130.01080.2001-0.06510.171-46.753147.147676.8453
110.0143-0.0254-0.00740.02890.01570.02440.0553-0.0313-0.1708-0.0105-0.0326-0.03050.6392-0.00250.00520.159-0.0044-0.0010.08360.00120.0763-58.195738.107975.6647
120.06810.01460.07080.00850.03930.1720.07520.06880.0649-0.0287-0.1382-0.10640.0759-0.2056-0.00240.14920.01090.01550.0641-0.00250.1252-54.007635.690470.1372
130.1036-0.0516-0.04990.0551-0.02950.0366-0.0679-0.2121-0.22050.03550.0304-0.0914-0.23770.0370.00160.0807-0.0157-0.00630.0659-0.01090.0872-53.876147.690976.5408
140.07130.0232-0.02650.14550.05880.2968-0.3307-0.50170.09530.343-0.0585-0.24880.12460.2141-0.35710.2199-0.0317-0.16180.1384-0.01570.2637-53.660560.243189.1975
150.03750.0053-0.01820.01320.02230.03170.0376-0.06720.125-0.20420.11830.13130.0015-0.13540.00470.1390.0214-0.00550.17410.02520.1177-65.218358.700485.8653
160.02850.01040.05440.1795-0.15750.34840.0329-0.0897-0.07820.19050.0246-0.0086-0.0850.03750.02490.0634-0.0049-0.01140.0722-0.00190.1277-57.636447.840283.0783
170.10240.053-0.10040.07430.00190.18340.32420.0519-0.00340.03730.04630.086-0.00450.33260.07940.05960.0256-0.01260.1422-0.00150.1008-52.341947.986785.0728
180.05430.012-0.00910.01810.03630.02430.0368-0.09370.0568-0.08940.140.01790.2295-0.09810.01110.1214-0.0005-0.01360.08380.00520.0935-58.813447.559171.0643
19-0.0034-0.0048-0.00940.202-0.27370.3259-0.14510.0905-0.0225-0.0612-0.1526-0.03780.28330.3596-0.07840.18070.0921-0.01560.1668-0.01130.1259-47.310140.006764.5108
200.07740.047-0.02360.0738-0.07460.07030.0422-0.0078-0.20210.1089-0.03850.0763-0.17390.12940.01830.16020.0018-0.00240.1214-0.03260.1184-55.951247.176864.7522
210.03350.06170.10420.42180.23590.34230.2321-0.2124-0.00350.0157-0.09070.3001-0.0684-0.3293-0.01490.16280.01260.01550.13610.05480.119-61.884763.722462.4295
220.0844-0.033-0.01260.34480.09930.0170.0150.0516-0.00850.03060.0482-0.04640.005-0.23530.03850.152-0.02070.00530.16060.05810.0912-59.96865.246354.4688
230.0152-0.0098-0.0048-0.00040.00770.0229-0.05760.2212-0.3444-0.1177-0.3292-0.20560.3531-0.0082-0.0050.14850.04550.05270.28110.01260.222-42.719156.789554.1995
240.19410.15720.0950.11390.08770.045-0.08860.37710.08730.08350.1085-0.0504-0.14760.34970.00620.1240.02280.01510.18660.01940.0887-52.51362.411356.2377
250.5434-0.1293-0.06610.06890.15850.3819-0.09280.10110.20040.1143-0.0568-0.2676-0.44960.3721-0.03540.2013-0.05880.01760.13860.07430.2299-49.006570.301959.2461
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370.17870.0089-0.150.113-0.09350.14150.2703-0.19170.14890.019-0.11040.0416-0.05030.21640.02730.0741-0.0331-0.01440.15020.00250.0958-49.353759.219666.1607
380.00340.0021-0.02630.0383-0.07330.28630.08320.027-0.0543-0.02920.2092-0.26940.00620.31010.0150.0553-0.00830.0130.0637-0.02420.098-58.13364.190279.2501
390.05250.035-0.03660.0435-0.07990.22080.197-0.12630.04470.1998-0.23740.0686-0.35480.273-0.00960.1197-0.0303-0.01860.0913-0.03740.1671-53.401365.621585.7933
400.0139-0.01240.01480.00030.0103-0.0088-0.0546-0.013-0.0008-0.1641-0.06030.1295-0.062-0.0631-0.00480.111-0.0081-0.03450.0775-0.0310.124-63.251958.918577.4115
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 3:8)A3 - 8
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 9:16)A9 - 16
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 17:21)A17 - 21
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 22:26)A22 - 26
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 27:31)A27 - 31
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 32:36)A32 - 36
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 37:43)A37 - 43
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 44:49)A44 - 49
9X-RAY DIFFRACTION9(chain A and resid 50:56)A50 - 56
10X-RAY DIFFRACTION10(chain B and resid 378:382)B378 - 382
11X-RAY DIFFRACTION11(chain B and resid 383:388)B383 - 388
12X-RAY DIFFRACTION12(chain B and resid 389:397)B389 - 397
13X-RAY DIFFRACTION13(chain B and resid 398:404)B398 - 404
14X-RAY DIFFRACTION14(chain B and resid 405:410)B405 - 410
15X-RAY DIFFRACTION15(chain B and resid 411:416)B411 - 416
16X-RAY DIFFRACTION16(chain B and resid 417:426)B417 - 426
17X-RAY DIFFRACTION17(chain B and resid 427:434)B427 - 434
18X-RAY DIFFRACTION18(chain B and resid 435:440)B435 - 440
19X-RAY DIFFRACTION19(chain B and resid 441:446)B441 - 446
20X-RAY DIFFRACTION20(chain B and resid 447:454)B447 - 454
21X-RAY DIFFRACTION21(chain C and resid 3:7)C3 - 7
22X-RAY DIFFRACTION22(chain C and resid 8:15)C8 - 15
23X-RAY DIFFRACTION23(chain C and resid 16:20)C16 - 20
24X-RAY DIFFRACTION24(chain C and resid 21:27)C21 - 27
25X-RAY DIFFRACTION25(chain C and resid 28:33)C28 - 33
26X-RAY DIFFRACTION26(chain C and resid 34:38)C34 - 38
27X-RAY DIFFRACTION27(chain C and resid 39:44)C39 - 44
28X-RAY DIFFRACTION28(chain C and resid 45:50)C45 - 50
29X-RAY DIFFRACTION29(chain C and resid 51:56)C51 - 56
30X-RAY DIFFRACTION30(chain D and resid 378:383)D378 - 383
31X-RAY DIFFRACTION31(chain D and resid 384:389)D384 - 389
32X-RAY DIFFRACTION32(chain D and resid 390:400)D390 - 400
33X-RAY DIFFRACTION33(chain D and resid 401:406)D401 - 406
34X-RAY DIFFRACTION34(chain D and resid 407:414)D407 - 414
35X-RAY DIFFRACTION35(chain D and resid 415:420)D415 - 420
36X-RAY DIFFRACTION36(chain D and resid 421:426)D421 - 426
37X-RAY DIFFRACTION37(chain D and resid 427:437)D427 - 437
38X-RAY DIFFRACTION38(chain D and resid 438:442)D438 - 442
39X-RAY DIFFRACTION39(chain D and resid 443:449)D443 - 449
40X-RAY DIFFRACTION40(chain D and resid 450:454)D450 - 454

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る