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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6eam | |||||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN RESPIRATORY SYNCYTIAL VIRUS FUSION GLYCOPROTEIN INHIBITOR ESCAPE VARIANT E487D STABILIZED IN THE PREFUSION STATE | |||||||||
![]() | Fusion glycoprotein F0 | |||||||||
![]() | VIRAL PROTEIN / CLASS I VIRAL FUSION PROTEIN / FUSION / RESPIRATORY SYNCYTIAL VIRUS / PREFUSION / FUSION INHIBITOR | |||||||||
機能・相同性 | ![]() positive regulation of syncytium formation by virus / Translation of respiratory syncytial virus mRNAs / RSV-host interactions / Maturation of hRSV A proteins / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / host cell Golgi membrane / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane ...positive regulation of syncytium formation by virus / Translation of respiratory syncytial virus mRNAs / RSV-host interactions / Maturation of hRSV A proteins / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / host cell Golgi membrane / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Battles, M.B. / McLellan, J.S. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural Basis for Respiratory Syncytial Virus Fusion Inhibitor Resistance 著者: Battles, M.B. / McLellan, J.S. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 108 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 78.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 491.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 494.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 24.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 F![](data/chem/img/NAG.gif)
![](data/chem/img/NAG.gif)
#1: タンパク質 | 分子量: 63204.312 Da / 分子数: 1 / 断片: RSV F ectodomain / 変異: S155C, S290C, S190F, V207L, E487D / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() プラスミド: P(ALPHA)H / 発現宿主: ![]() |
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#2: 糖 | ChemComp-NAG / |
-非ポリマー , 4種, 50分子 ![](data/chem/img/NHE.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/TAR.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/TAR.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-SO4 / #5: 化合物 | ChemComp-TAR / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.99 % / Mosaicity: 0.86 ° |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5 / 詳細: 1.44M K/Na tartrate, 0.2M LiSO4, 0.1M CHES pH 9.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月15日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.181 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.739→46.73 Å / Num. obs: 22146 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 59.92 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Rpim(I) all: 0.046 / Rrim(I) all: 0.129 / Net I/σ(I): 11.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.739→2.87 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 1.024 / Num. unique obs: 2889 / CC1/2: 0.644 / Rpim(I) all: 0.419 / Rrim(I) all: 1.109 / % possible all: 99.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5EA4 解像度: 2.739→46.728 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.12
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 153.24 Å2 / Biso mean: 63.9074 Å2 / Biso min: 28.62 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.739→46.728 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8 / % reflection obs: 100 %
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