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- PDB-6eaf: CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN RESPIRATORY SYNCYTIAL VIRUS FUSION GLY... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6eaf
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN RESPIRATORY SYNCYTIAL VIRUS FUSION GLYCOPROTEIN INHIBITOR ESCAPE VARIANT G143S STABILIZED IN THE PREFUSION STATE
要素Fusion glycoprotein F0
キーワードVIRAL PROTEIN / CLASS I VIRAL FUSION PROTEIN / FUSION / RESPIRATORY SYNCYTIAL VIRUS / PREFUSION / FUSION INHIBITOR
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of syncytium formation by virus / Translation of respiratory syncytial virus mRNAs / RSV-host interactions / Maturation of hRSV A proteins / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / host cell Golgi membrane / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane ...positive regulation of syncytium formation by virus / Translation of respiratory syncytial virus mRNAs / RSV-host interactions / Maturation of hRSV A proteins / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / host cell Golgi membrane / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Precursor fusion glycoprotein F0, Paramyxoviridae / Fusion glycoprotein F0
類似検索 - ドメイン・相同性
Fusion glycoprotein F0 / Fusion glycoprotein F0
類似検索 - 構成要素
生物種Human respiratory syncytial virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Battles, M.B. / McLellan, J.S.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)5T32AI007519-18 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P20GM113132 米国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Structural Basis for Respiratory Syncytial Virus Fusion Inhibitor Resistance
著者: Battles, M.B. / McLellan, J.S.
履歴
登録2018年8月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fusion glycoprotein F0
B: Fusion glycoprotein F0
C: Fusion glycoprotein F0
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)193,03529
ポリマ－189,7453
非ポリマー3,29026
水1629
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18720 Å2
ΔGint-242 kcal/mol
Surface area49420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)167.249, 167.249, 173.309
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 26 through 207 or resid 217 through 506))
21(chain B and (resid 26 through 64 or resid 73 through 101 or resid 137 through 506))
31(chain C and (resid 26 through 64 or resid 73 through 207 or resid 217 through 506))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLNGLNLEULEU(chain A and (resid 26 through 207 or resid 217 through 506))AA26 - 20726 - 207
12ILEILEILEILE(chain A and (resid 26 through 207 or resid 217 through 506))AA217 - 506217 - 506
21GLNGLNILEILE(chain B and (resid 26 through 64 or resid 73 through 101 or resid 137 through 506))BB26 - 6426 - 64
22ASPASPPROPRO(chain B and (resid 26 through 64 or resid 73 through 101 or resid 137 through 506))BB73 - 10173 - 101
23PHEPHEILEILE(chain B and (resid 26 through 64 or resid 73 through 101 or resid 137 through 506))BB137 - 506137 - 506
31GLNGLNILEILE(chain C and (resid 26 through 64 or resid 73 through 207 or resid 217 through 506))CC26 - 6426 - 64
32ASPASPLEULEU(chain C and (resid 26 through 64 or resid 73 through 207 or resid 217 through 506))CC73 - 20773 - 207
33ILEILEILEILE(chain C and (resid 26 through 64 or resid 73 through 207 or resid 217 through 506))CC217 - 506217 - 506

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要素

#1: タンパク質 Fusion glycoprotein F0


分子量: 63248.367 Da / 分子数: 3 / 断片: RSV F ectodomain / 変異: S155C, S290C, S190F, V207L, G143S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human respiratory syncytial virus (ウイルス)
プラスミド: P(ALPHA)H / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 株 (発現宿主): HEK293 FREESTYLE / 参照: UniProt: W8RJF9, UniProt: P03420*PLUS
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-NHE / 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID / N-CYCLOHEXYLTAURINE / CHES / 2-(シクロヘキシルアミノ)エタンスルホン酸


分子量: 207.290 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H17NO3S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.49 % / Mosaicity: 0.27 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5 / 詳細: 1.60M K/Na tartrate, 0.2M LiSO4, 0.1M CHES pH 9.5

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月20日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→46.88 Å / Num. obs: 49667 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 67.85 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.194 / Rpim(I) all: 0.079 / Rrim(I) all: 0.21 / Net I/σ(I): 7.2 / Num. measured all: 335941 / Scaling rejects: 915
反射 シェル解像度: 3→3.1 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 1.265 / Num. unique obs: 4510 / CC1/2: 0.581 / Rpim(I) all: 0.501 / Rrim(I) all: 1.363 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
Aimless0.5.27データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
MOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5EA4

5ea4


解像度: 3→46.88 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.19
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2289 2522 5.08 %
Rwork0.1975 --
obs0.1991 49606 99.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 185.33 Å2 / Biso mean: 74.9791 Å2 / Biso min: 25.41 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3→46.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10063 0 187 9 10259
Biso mean--111.51 50.35 -
残基数----1298
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A6241X-RAY DIFFRACTION5.685TORSIONAL
12B6241X-RAY DIFFRACTION5.685TORSIONAL
13C6241X-RAY DIFFRACTION5.685TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 18

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3-3.05770.34241290.292225882717100
3.0577-3.12010.32871510.281125622713100
3.1201-3.18790.29631360.272725822718100
3.1879-3.26210.33831300.262325822712100
3.2621-3.34360.29031470.244925692716100
3.3436-3.4340.26371340.216225892723100
3.434-3.5350.2391380.217125972735100
3.535-3.64910.23991440.204825852729100
3.6491-3.77940.261480.210725862734100
3.7794-3.93070.221480.197225832731100
3.9307-4.10950.25421180.18826212739100
4.1095-4.3260.18661440.165626002744100
4.326-4.59680.18791190.15426312750100
4.5968-4.95140.17221640.150526192783100
4.9514-5.4490.19281620.170826172779100
5.449-6.23590.23581280.19726692797100
6.2359-7.85060.22051390.20326942833100
7.8506-46.89050.21731430.19552810295398

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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