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- PDB-6eac: Pseudomonas syringae SelO -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6eac
タイトルPseudomonas syringae SelO
要素SelO
キーワードTRANSFERASE / ampylation / selenoprotein / pseudokinase / flipped ATP / atypical kinase fold / adenylylation / oxidative stress / selenocysteine
機能・相同性
機能・相同性情報


AMPylase activity / protein adenylyltransferase / magnesium ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Protein adenylyltransferase SelO / Protein adenylyltransferase SelO
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Protein adenylyltransferase SelO
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas syringae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.269 Å
データ登録者Tomchick, D.R. / Tagliabracci, V.S. / Sreelatha, A.
資金援助 米国, 9件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)R00DK099254 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM094575 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM115188 米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)T32DK007257-37 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32GM008203-29 米国
Robert A. Welch FoundationI-1911 米国
Robert A. Welch FoundationI-1505 米国
Robert A. Welch FoundationI-1561 米国
Other governmentRP170674 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2018
タイトル: Protein AMPylation by an Evolutionarily Conserved Pseudokinase.
著者: Sreelatha, A. / Yee, S.S. / Lopez, V.A. / Park, B.C. / Kinch, L.N. / Pilch, S. / Servage, K.A. / Zhang, J. / Jiou, J. / Karasiewicz-Urbanska, M. / Lobocka, M. / Grishin, N.V. / Orth, K. / ...著者: Sreelatha, A. / Yee, S.S. / Lopez, V.A. / Park, B.C. / Kinch, L.N. / Pilch, S. / Servage, K.A. / Zhang, J. / Jiou, J. / Karasiewicz-Urbanska, M. / Lobocka, M. / Grishin, N.V. / Orth, K. / Kucharczyk, R. / Pawlowski, K. / Tomchick, D.R. / Tagliabracci, V.S.
履歴
登録2018年8月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月10日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / entity
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year / _entity.formula_weight
改定 1.22018年10月17日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / entity
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _entity.formula_weight
改定 1.32018年10月31日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.42019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52020年3月4日Group: Data collection / カテゴリ: reflns / reflns_shell
Item: _reflns.pdbx_Rpim_I_all / _reflns_shell.pdbx_Rpim_I_all
改定 1.62024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SelO
B: SelO
C: SelO
D: SelO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)226,33260
ポリマ－221,4374
非ポリマー4,89556
水10,629590
1
A: SelO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,86820
ポリマ－55,3591
非ポリマー1,50919
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: SelO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,62316
ポリマ－55,3591
非ポリマー1,26415
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: SelO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,44112
ポリマ－55,3591
非ポリマー1,08211
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: SelO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,40012
ポリマ－55,3591
非ポリマー1,04111
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)136.174, 158.056, 227.248
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
SelO


分子量: 55359.340 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas syringae (バクテリア)
プラスミド: ppSumo / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3)
参照: UniProt: Q87VB1, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの

-
非ポリマー , 8種, 646分子

#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物
ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#6: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#8: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 590 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.45 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.017 M Tris-HCl, 0.2 M calcium acetate, 0.1 M sodium chloride, 1 mM TCEP, 1 mM AMP-PNP, 22% PEG 3350, 30% ethylene glycol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97914 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月17日 / 詳細: monochromator
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97914 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.269→49.14 Å / Num. obs: 112381 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 9.1 % / Biso Wilson estimate: 31.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.177 / Rpim(I) all: 0.063 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 2.269→2.31 Å / 冗長度: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 0.774 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 5208 / Rpim(I) all: 0.292 / % possible all: 93.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIXモデル構築
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.269→49.136 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.56
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2117 1999 1.82 %
Rwork0.1817 --
obs0.1822 110034 97.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 172.34 Å2 / Biso mean: 42.0551 Å2 / Biso min: 10.83 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.269→49.136 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15216 0 521 590 16327
Biso mean--55.42 32.81 -
残基数----1902
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d015854
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4921476
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.89389
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.032264
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr02826
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2689-2.32560.29481210.22046562668384
2.3256-2.38850.22941310.21757089722091
2.3885-2.45880.30751370.22057401753894
2.4588-2.53810.26461430.21377679782297
2.5381-2.62880.27141440.20777780792499
2.6288-2.73410.25181450.20757825797099
2.7341-2.85850.26331460.207579058051100
2.8585-3.00920.22811460.201978838029100
3.0092-3.19770.22091460.193178878033100
3.1977-3.44450.23481460.191279158061100
3.4445-3.79110.18111460.165179578103100
3.7911-4.33940.16331470.150479368083100
4.3394-5.4660.16781490.142280338182100
5.466-49.14750.18831520.18158183833599
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9077-0.6130.07361.1939-0.17430.59820.0161-0.10230.09210.15380.03070.2752-0.0571-0.0891-0.04930.2011-0.02090.01860.2774-0.02990.28810.547367.646363.9728
20.6098-0.2858-0.43560.96350.03830.8280.0029-0.0344-0.05580.0934-0.02430.2522-0.0495-0.14580.02410.20960.00260.00040.22010.00110.303212.391865.039860.0998
30.9899-0.07360.44680.7735-0.31770.89610.2439-0.1257-0.18060.1266-0.10030.12430.1839-0.113-0.09340.218-0.0026-0.0120.2048-0.01220.295318.326855.554959.8859
40.77810.1727-0.07350.3559-0.15850.94940.0123-0.0459-0.0089-0.0067-0.03340.036-0.02250.0556-0.00310.20750.013-0.03170.1809-0.02110.224516.913965.321351.3455
50.8766-0.22960.41610.5769-0.27590.7727-0.0250.105-0.11620.06890.0504-0.0579-0.03280.0326-0.01330.21410.0046-0.00730.2383-0.00740.246931.451460.648349.6702
61.17920.17760.85820.4569-0.11021.0960.0040.087-0.1251-0.08760.0292-0.10870.0120.1419-0.02660.21260.01040.02220.2525-0.04260.241342.091365.330147.961
70.7365-0.178-0.02582.11090.21850.82250.0409-0.1209-0.06570.1044-0.0723-0.33810.1530.20310.05320.22050.0304-0.05670.30020.01380.419760.591358.755459.0445
81.34810.6252-0.61261.1646-0.13280.59610.1123-0.0509-0.11970.1633-0.0415-0.07060.087-0.0072-0.0260.2426-0.0122-0.06360.2140.02680.241339.026459.819270.6436
90.70690.14970.1271.3159-0.20470.7328-0.01210.0763-0.0152-0.3503-0.01770.2360.1049-0.04820.02660.26630.0084-0.0620.21690.0090.280111.334716.308747.0324
100.4342-0.09380.37021.05330.04370.28830.0085-0.02020.0045-0.0268-0.02070.30430.01390.00150.00620.2271-0.00830.01690.23270.00650.326312.613718.529858.6748
110.97450.1697-0.11580.3612-0.22210.21140.05160.03910.0468-0.0346-0.04710.0899-0.06260.0193-0.02410.21590.00460.00620.1743-0.00990.281320.163325.859553.9128
120.7879-0.56780.00290.5408-0.06251.14710.0458-0.0149-0.05220.1243-0.01530.1809-0.00880.1325-0.03540.2283-0.03480.01950.2366-0.01630.259316.433718.072963.4887
130.9171-0.0279-0.45820.733-0.40530.843-0.01610.01770.1494-0.03930.0693-0.05820.0148-0.0094-0.03520.21540.0061-0.00570.2453-0.02680.259531.94422.610964.0831
140.98010.1614-0.54331.1769-0.08690.8049-0.0326-0.18510.03590.19270.0339-0.14620.0512-0.01670.00620.21290.0125-0.0420.2229-0.00890.1834.748215.083772.4118
151.2304-0.2525-0.19122.39720.40650.93230.0281-0.09870.46970.0326-0.0634-0.6434-0.08480.13170.01210.26170.01620.01830.2805-0.03910.503252.469321.628557.0518
160.8906-0.20820.50761.0575-0.26811.01550.01540.08110.39-0.1103-0.0249-0.5617-0.05010.1930.01520.25990.00410.07140.30070.00990.488751.393222.750750.0839
171.0596-0.58750.10711.4364-0.42241.20050.07940.45030.1838-0.4365-0.1281-0.1586-0.00390.02570.00330.3410.03240.06210.29020.06220.32234.743926.197639.3691
180.5602-0.1292-0.05930.78380.06430.9319-0.00060.0264-0.0655-0.1032-0.0632-0.07230.06720.0044-0.06520.28990.05520.04340.35270.01230.218511.220640.619595.9125
190.67150.329-0.15891.3764-0.59911.88710.01610.0180.0340.22470.0172-0.0554-0.5622-0.1143-0.04460.41930.10290.01890.3036-0.00120.23225.428668.894494.9285
200.6320.09950.37650.6643-0.07340.78210.0323-0.08620.00620.1003-0.01320.0215-0.1855-0.0062-0.00870.32090.0052-0.07540.3124-0.0250.25362.770451.302126.7268
210.53920.06830.16190.48640.15330.85430.01110.00560.0817-0.0314-0.01710.029-0.1721-0.0559-0.02230.35220.0017-0.09490.3086-0.02290.28864.752849.858922.6669
220.63280.47550.21030.35220.03040.6627-0.04580.04820.0818-0.04430.01640.0361-0.0926-0.11820.02870.3330.0083-0.08580.2948-0.00380.24533.555644.909214.4521
230.7411-0.0356-0.11440.94610.19471.23470.0055-0.2485-0.04020.3907-0.1836-0.4741-0.06350.45220.02740.3947-0.0748-0.13120.48350.00250.361927.594448.707224.329
240.61240.4651-0.03640.77970.21740.73850.00110.05660.05860.02620.0103-0.01850.10430.1528-0.02060.34210.0319-0.08350.3431-0.00340.295414.355132.539312.2083
250.88520.50350.24341.28830.20210.27220.08960.0524-0.1060.2-0.0559-0.32610.11880.3433-0.04040.31690.0427-0.06520.4106-0.00850.282825.790231.767113.5729
260.81530.0741-0.14411.2731-0.23771.91990.05410.1219-0.2199-0.2950.038-0.03630.52070.2259-0.04150.52360.046-0.11680.3469-0.03960.335313.11310.898715.7361
270.1480.2390.0680.70630.21872.15370.03010.1873-0.2388-0.15080.02230.04190.7194-0.0804-0.04770.71550.0634-0.08890.3212-0.06250.386610.88221.936214.1254
280.1918-0.0145-0.35951.26190.28640.99440.17050.1565-0.1573-0.0743-0.07880.04210.37580.0567-0.06290.3992-0.0134-0.08950.3024-0.03380.31743.105618.110122.5824
290.8725-0.5307-0.14161.5175-0.03920.73750.15150.0278-0.19460.07070.00290.25840.2482-0.125-0.09970.3743-0.0516-0.08480.3957-0.01360.3609-7.330625.116722.6982
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 45 )A0 - 45
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 46 through 113 )A46 - 113
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 114 through 146 )A114 - 146
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 147 through 219 )A147 - 219
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 220 through 289 )A220 - 289
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 290 through 377 )A290 - 377
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 378 through 407 )A378 - 407
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 408 through 475 )A408 - 475
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 0 through 62 )B0 - 62
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 63 through 113 )B63 - 113
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 114 through 154 )B114 - 154
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 155 through 219 )B155 - 219
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 220 through 289 )B220 - 289
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 290 through 338 )B290 - 338
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 339 through 377 )B339 - 377
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 378 through 443 )B378 - 443
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 444 through 475 )B444 - 475
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 1 through 338 )C1 - 338
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 339 through 475 )C339 - 475
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 1 through 45 )D1 - 45
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 46 through 113 )D46 - 113
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 114 through 195 )D114 - 195
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 196 through 219 )D196 - 219
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 220 through 289 )D220 - 289
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 290 through 338 )D290 - 338
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 339 through 377 )D339 - 377
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 378 through 407 )D378 - 407
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 408 through 443 )D408 - 443
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 444 through 475 )D444 - 475

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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