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- PDB-6e8l: Crystal Structure of Alkyl hydroperoxidase D (AhpD) from Streptoc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6e8l
タイトルCrystal Structure of Alkyl hydroperoxidase D (AhpD) from Streptococcus pneumoniae (Strain D39/ NCTC 7466)
要素Alkyl hydroperoxide reductase AhpD
キーワードOXIDOREDUCTASE / alkylhydroperoxidase peroxiredoxin
機能・相同性
機能・相同性情報


peroxiredoxin activity
類似検索 - 分子機能
Alkylhydroperoxidase AhpD core / AhpD-like / Carboxymuconolactone decarboxylase-like / AhpD-like / Carboxymuconolactone decarboxylase family / AhpD-like / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Carboxymuconolactone decarboxylase-like domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae serotype 2
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Meng, Y. / Davies, J. / North, R. / Coombes, D. / Horne, C. / Hampton, M. / Dobson, R.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Structure-function analyses of alkylhydroperoxidase D fromStreptococcus pneumoniaereveal an unusual three-cysteine active site architecture.
著者: Meng, Y. / Sheen, C.R. / Magon, N.J. / Hampton, M.B. / Dobson, R.C.J.
履歴
登録2018年7月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年6月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alkyl hydroperoxide reductase AhpD
B: Alkyl hydroperoxide reductase AhpD
C: Alkyl hydroperoxide reductase AhpD
D: Alkyl hydroperoxide reductase AhpD
E: Alkyl hydroperoxide reductase AhpD
F: Alkyl hydroperoxide reductase AhpD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,1206
ポリマ－119,1206
非ポリマー00
水4,071226
1
A: Alkyl hydroperoxide reductase AhpD
B: Alkyl hydroperoxide reductase AhpD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,7072
ポリマ－39,7072
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3960 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area15190 Å2
手法PISA
2
C: Alkyl hydroperoxide reductase AhpD
E: Alkyl hydroperoxide reductase AhpD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,7072
ポリマ－39,7072
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4040 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area15370 Å2
手法PISA
3
D: Alkyl hydroperoxide reductase AhpD
F: Alkyl hydroperoxide reductase AhpD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,7072
ポリマ－39,7072
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4000 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area15340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.296, 84.233, 183.846
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Alkyl hydroperoxide reductase AhpD


分子量: 19853.406 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae serotype 2 (strain D39 / NCTC 7466) (肺炎レンサ球菌)
株: D39 / NCTC 7466 / 遺伝子: SPD_0373 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0H2ZNM1, peroxiredoxin
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 226 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.123806 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.12108 %
結晶化温度: 281.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1 M Bis-tris propane, 0.2 M Magnesium chloride hexahydrate, 25% w/v PEG 3350, 6% v/v 1,2-Propandiol

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.953717 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.953717 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→45 Å / Num. obs: 45900 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 5.7 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.106 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 2.44→2.54 Å / Rmerge(I) obs: 0.472 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique obs: 4142 / CC1/2: 0.859 / Rpim(I) all: 0.212 / Rrim(I) all: 0.518 / Χ2: 0.91 / % possible all: 96

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
Coot0.8.7モデル構築
PHENIX精密化
精密化解像度: 2.3→45 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.242 --
Rwork0.196 --
obs-45900 99.3 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8287 0 0 226 8513

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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