PDB-6e5j: Heterogeneous-Backbone Mimics of a Designed Disulfide-Rich Protei...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6e5j

タイトル

Heterogeneous-Backbone Mimics of a Designed Disulfide-Rich Protein: Aib turn, beta3 helix, N-methyl hairpin

要素

Designed peptide NC_HEE_D1: Aib turn, beta3 helix, N-methyl hairpin mutant

キーワード

DE NOVO PROTEIN / heterogeneous backbone foldamer

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Cabalteja, C.C. / Mihalko, D.S. / Horne, W.S.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Chembiochem / 年: 2019
タイトル: Heterogeneous-Backbone Foldamer Mimics of a Computationally Designed, Disulfide-Rich Miniprotein.
著者: Cabalteja, C.C. / Mihalko, D.S. / Horne, W.S.

履歴

登録	2018年7月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年11月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年1月16日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / Data collection カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.3	2023年6月14日	Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_torsion Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _pdbx_validate_peptide_omega.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_peptide_omega.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_peptide_omega.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_peptide_omega.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_peptide_omega.omega

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6e5j.cif.gz	109.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6e5j.ent.gz	89.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6e5j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6e5j_validation.pdf.gz	455.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6e5j_full_validation.pdf.gz	570.3 KB	表示
XML形式データ	6e5j_validation.xml.gz	20.9 KB	表示
CIF形式データ	6e5j_validation.cif.gz	24.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e5/6e5j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e5/6e5j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6e5hC 6e5iC 6e5kC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6vc1-d 5kvn-d 6e5i-d 1zhu-d 5kwz-d 5tx8-d 6por-d 1mmc-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)
その他のデータベース	BMRB: 30498Heterogeneous-Backbone Mimics of a Designed Disulfide-Rich Protein: Aib turn, beta3 helix, N-methyl hairpin

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Designed peptide NC_HEE_D1: Aib turn, beta3 helix, N-methyl hairpin mutant

3.33 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	10 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	Designed peptide NC_HEE_D1: Aib turn, beta3 helix, N-methyl hairpin mutant 分子量: 3328.933 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	Sample state	Spectrometer-ID	タイプ
1	1	1	isotropic	1	2D TOCSY
1	2	1	isotropic	1	2D NOESY
1	3	1	isotropic	1	2D COSY

-
試料調製

詳細

タイプ: solution
内容: 0.2 mM NA DSS, 1.4 mM NA Designed peptide NC_HEE_D1: Aib turn, beta3 helix, N-methyl hairpin mutant, 90% H2O/10% D2O
Label: sample_1 / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
0.2 mM	DSS	NA	1
1.4 mM	Designed peptide NC_HEE_D1: Aib turn, beta3 helix, N-methyl hairpin mutant	NA	1

試料状態

イオン強度: 5 mM / Label: conditions_1 / pH: 4.0 Not defined / 圧: 1 atm / 温度: 275 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 700 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
Sparky		Goddard	データ解析
ARIA	2.3	Linge, O'Donoghue and Nilges	structure calculation

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 2

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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関連情報:EMDBヘッダ

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