PDB-6e1j: Crystal Structure of Methylthioalkylmalate Synthase (BjuMAM1.1) f...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6e1j

タイトル

Crystal Structure of Methylthioalkylmalate Synthase (BjuMAM1.1) from Brassica juncea

要素

2-isopropylmalate synthase, A genome specific 1

キーワード

PLANT PROTEIN / x-ray crystal structure / enzyme / Methylthioalkylmalate synthase

機能・相同性

機能・相同性情報

acyltransferase activity, acyl groups converted into alkyl on transfer / carboxylic acid metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Brassica juncea (カラシナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.096 Å

データ登録者

Lee, S.G. / Jez, J.M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Plant Cell / 年: 2019
タイトル: Molecular Basis of the Evolution of Methylthioalkylmalate Synthase and the Diversity of Methionine-Derived Glucosinolates.
著者: Kumar, R. / Lee, S.G. / Augustine, R. / Reichelt, M. / Vassao, D.G. / Palavalli, M.H. / Allen, A. / Gershenzon, J. / Jez, J.M. / Bisht, N.C.

履歴

登録	2018年7月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年5月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年7月24日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.2	2019年11月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6e1j.cif.gz	342 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6e1j.ent.gz	277.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6e1j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6e1j_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6e1j_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	6e1j_validation.xml.gz	36.3 KB	表示
CIF形式データ	6e1j_validation.cif.gz	51.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e1/6e1j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e1/6e1j	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3rmjS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5mlr-1 3o8j-2 3o8j-5 2zm7-1 3o8j-4 2zm8-1 6el3-3 4gjc-d 6el3-1 1m8i-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (1) #93 - 2007年9月クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#146 - 2012年2月
アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics)
類似性 (1)
#93 - 2007年9月
クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#216 - 2017年12月
生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic)
類似性 (1)
#39 - 2003年3月
lac転写抑制因子 (lac Repressor)
類似性 (1)

登録構造単位

A: 2-isopropylmalate synthase, A genome specific 1

B: 2-isopropylmalate synthase, A genome specific 1

ヘテロ分子

113 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.749, 90.277, 93.975
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 107.75, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	2-isopropylmalate synthase, A genome specific 1 分子量: 55454.934 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Brassica juncea (カラシナ) / 遺伝子: gsl-elong-A1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: C5J4P1
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物	ChemComp-KMT / 4-(METHYLSULFANYL)-2-OXOBUTANOIC ACID / 2-オキソ-4-(メチルチオ)酪酸分子量: 148.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₈O₃S
#4: 化合物	ChemComp-COA / COENZYME A / CoA 分子量: 767.534 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₆N₇O₁₆P₃S
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 428 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.9 %
結晶化	温度: 285.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 100 mM imidazole, 100 mM MES monohydrate (pH 6.5), 30 mM manganese chloride tetrahydrate, 30 mM calcium chloride dihydrate, 20% (v/v) ethylene glycol, and 10% (w/v) PEG-8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年5月24日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Rosenbaum-Rock high-resolution double-crystal Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.08→50 Å / Num. obs: 79220 / % possible obs: 92.4 % / 冗長度: 2.8 % / Net I/σ(I): 12.1
反射シェル	解像度: 2.08→2.12 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10.1_2155	精密化
HKL-3000		データ削減
MOLREP		位相決定
Coot		モデル構築
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3RMJ

3rmj

解像度: 2.096→47.745 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.63

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1868	4034	5.09 %
R_work	0.1505	-	-
obs	0.1524	79220	60.09 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.096→47.745 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6355	0	117	428	6900

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	6615
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.894	8957
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.798	4018
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	1013
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1150

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.096-2.1207	0.3671	61	0.2741	1018	X-RAY DIFFRACTION	24
2.1207-2.1465	0.2689	81	0.2624	1517	X-RAY DIFFRACTION	35
2.1465-2.1737	0.3351	84	0.257	1703	X-RAY DIFFRACTION	39
2.1737-2.2023	0.2514	90	0.2515	1851	X-RAY DIFFRACTION	43
2.2023-2.2325	0.2501	103	0.2397	1927	X-RAY DIFFRACTION	45
2.2325-2.2644	0.2844	111	0.231	1962	X-RAY DIFFRACTION	46
2.2644-2.2982	0.2705	96	0.2204	2031	X-RAY DIFFRACTION	47
2.2982-2.3341	0.2456	111	0.2133	2022	X-RAY DIFFRACTION	47
2.3341-2.3723	0.2831	93	0.2184	2094	X-RAY DIFFRACTION	48
2.3723-2.4133	0.2235	114	0.2095	2068	X-RAY DIFFRACTION	48
2.4133-2.4571	0.2477	106	0.1993	1996	X-RAY DIFFRACTION	46
2.4571-2.5044	0.2222	91	0.2026	2122	X-RAY DIFFRACTION	49
2.5044-2.5555	0.2474	116	0.1885	2159	X-RAY DIFFRACTION	50
2.5555-2.6111	0.1788	117	0.1896	2225	X-RAY DIFFRACTION	52
2.6111-2.6718	0.2097	119	0.177	2360	X-RAY DIFFRACTION	55
2.6718-2.7386	0.2035	120	0.176	2513	X-RAY DIFFRACTION	58
2.7386-2.8126	0.2007	132	0.165	2661	X-RAY DIFFRACTION	61
2.8126-2.8954	0.183	168	0.1558	2840	X-RAY DIFFRACTION	66
2.8954-2.9888	0.1832	185	0.1525	2849	X-RAY DIFFRACTION	66
2.9888-3.0957	0.1952	187	0.1565	3207	X-RAY DIFFRACTION	76
3.0957-3.2196	0.1788	212	0.1589	3472	X-RAY DIFFRACTION	81
3.2196-3.3661	0.2069	189	0.1555	3624	X-RAY DIFFRACTION	84
3.3661-3.5435	0.1659	199	0.1418	3650	X-RAY DIFFRACTION	85
3.5435-3.7654	0.2143	205	0.1316	3627	X-RAY DIFFRACTION	84
3.7654-4.056	0.1455	193	0.1189	3505	X-RAY DIFFRACTION	81
4.056-4.4639	0.1499	218	0.1075	3678	X-RAY DIFFRACTION	85
4.4639-5.1092	0.1415	174	0.1046	3590	X-RAY DIFFRACTION	83
5.1092-6.4345	0.1719	210	0.1376	3462	X-RAY DIFFRACTION	80
6.4345-47.7573	0.1664	149	0.1375	3453	X-RAY DIFFRACTION	80

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.3799	0.862	-0.473	2.8175	-0.7292	3.9024	-0.0446	0.1629	-0.3629	-0.1632	0.0152	-0.5213	0.2418	0.46	0.1591	0.2114	0.0306	0.0402	0.2618	0.0018	0.3334	52.1995	38.285	75.7182
2	0.8213	-0.0555	0.1437	1.302	0.1034	0.8401	-0.037	-0.0179	0.0588	0.0224	-0.016	-0.1313	-0.0369	0.073	0.0547	0.1841	-0.0048	0.0112	0.2065	0.0016	0.1979	40.2632	47.7878	81.7576
3	5.6381	0.5963	-4.1607	3.5209	-0.7977	6.7524	-0.1168	-0.0594	-0.4733	-0.0558	0.0161	-0.1446	0.5495	-0.0217	0.1003	0.2134	-0.009	-0.0689	0.168	-0.0104	0.1905	37.2123	29.6679	78.1948
4	0.3421	0.3179	0.3005	1.5397	1.5043	1.6005	0.048	0.0296	0.0662	0.2014	-0.0694	-0.0134	0.2685	-0.1025	0.0281	0.2939	-0.0235	0.019	0.2175	0.015	0.2052	24.7736	22.8913	66.2477
5	3.5395	3.3224	1.9273	3.1104	1.8049	1.041	0.3545	-0.113	-0.6694	0.3315	-0.0737	-0.5063	0.3854	-0.0801	-0.3244	0.4066	-0.0225	0.0259	0.2808	0.0037	0.3032	24.3277	16.65	68.5904
6	3.8441	-0.8441	0.6047	4.0622	1.1025	3.2121	0.1412	-0.2998	-0.2254	0.3167	0.0204	0.1698	0.4126	-0.0737	-0.1577	0.3638	-0.0825	0.0469	0.2677	0.0092	0.2577	11.1195	6.4104	63.2696
7	1.6749	0.7492	-0.307	3.2309	-1.1516	2.7273	-0.0354	0.0868	0.1138	-0.0913	0.0186	0.3671	-0.1847	-0.3232	-0.028	0.2199	0.0376	-0.0371	0.287	-0.0474	0.2497	8.3937	39.608	57.2969
8	2.8185	-0.0269	-0.0934	3.0245	0.2814	2.9461	-0.0072	0.0982	-0.163	-0.1502	-0.1627	0.5908	0.024	-0.3788	0.2024	0.2202	-0.0228	-0.062	0.3017	-0.0295	0.2637	3.3631	31.671	52.2565
9	0.9308	0.1257	-0.0052	1.4872	0.3005	1.4319	-0.0464	0.0994	0.0127	-0.2138	-0.0037	0.0256	-0.0797	-0.069	0.0383	0.262	0.0039	-0.0157	0.2127	0.0109	0.1914	22.1128	34.8676	49.9691
10	1.0562	0.7815	-0.5207	2.4984	-0.0637	1.955	0.0242	-0.0629	0.168	0.0075	-0.0509	0.2145	-0.1952	-0.3672	0.1112	0.1761	0.0544	-0.007	0.2884	-0.0281	0.2008	10.0455	43.8041	66.5664
11	0.3461	0.1659	0.1409	1.1085	1.045	1.2518	-0.0012	0.009	0.1439	-0.0406	-0.0689	0.2706	0.0414	-0.0156	0.0303	0.2063	0.0181	0.0086	0.2497	-0.0112	0.2125	20.2929	48.563	81.262
12	0.7741	0.1243	0.8709	0.0583	0.6598	7.7587	-0.0179	-0.2787	0.0813	-0.1538	-0.0143	0.2109	-0.3662	-1.059	-0.0262	0.3395	0.0052	0.0047	0.3166	-0.0596	0.2901	15.1178	50.015	85.3757
13	3.3078	-1.6957	-0.5739	4.019	1.0308	3.0377	-0.1592	-0.4058	-0.0465	0.5189	0.2511	0.3831	-0.1134	-0.1468	-0.0242	0.4015	0.0186	0.0922	0.4241	-0.0213	0.2954	18.8813	51.5266	102.575

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 8 through 29 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 30 through 285 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 286 through 309 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 310 through 347 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 348 through 368 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 369 through 416 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 9 through 58 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 59 through 117 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 118 through 285 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 286 through 309 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 310 through 347 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 348 through 368 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 369 through 416 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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