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- PDB-6dyy: Crystal structure of Helicobacter pylori 5'-methylthioadenosine/S... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dyy
タイトルCrystal structure of Helicobacter pylori 5'-methylthioadenosine/S-adenosyl homocysteine nucleosidase (MTAN) complexed with (3R,4S)-1-((4-amino-5H-pyrrolo[3,2-d]pyrimidin-7-yl)methyl)-4-(((3-(1-butyl-1H-1,2,3-triazol-4-yl)propyl)thio)methyl)pyrrolidin-3-ol
要素5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / MTAN enzyme / duodenal ulcers / stomach cancer / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


aminodeoxyfutalosine nucleosidase / 6-amino-6-deoxyfutalosine hydrolase activity / adenosylhomocysteine nucleosidase / adenosylhomocysteine nucleosidase activity / methylthioadenosine nucleosidase activity / nucleoside catabolic process / L-methionine salvage from methylthioadenosine / menaquinone biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
MTA/SAH nucleosidase / Nucleoside phosphorylase domain / Nucleoside phosphorylase domain / Phosphorylase superfamily / Nucleoside phosphorylase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-OS6 / adenosylhomocysteine nucleosidase / Aminodeoxyfutalosine nucleosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.61 Å
データ登録者Harijan, R.K. / Ducati, R.G. / Bonanno, J.B. / Almo, S.C. / Schramm, V.L.
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2019
タイトル: Selective Inhibitors of Helicobacter pylori Methylthioadenosine Nucleosidase and Human Methylthioadenosine Phosphorylase.
著者: Harijan, R.K. / Hoff, O. / Ducati, R.G. / Firestone, R.S. / Hirsch, B.M. / Evans, G.B. / Schramm, V.L. / Tyler, P.C.
履歴
登録2018年7月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月10日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.22019年4月24日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase
B: 5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase
C: 5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase
D: 5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,80917
ポリマ－107,5484
非ポリマー2,26113
水16,015889
1
A: 5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase
B: 5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,96010
ポリマ－53,7742
非ポリマー1,1868
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4270 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area17730 Å2
手法PISA
2
C: 5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase
ヘテロ分子

D: 5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,8497
ポリマ－53,7742
非ポリマー1,0755
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_475x-1/2,-y+5/2,-z1
Buried area4100 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area17590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.564, 74.028, 176.887
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11VALVALGLUGLUAA1 - 22916 - 244
21VALVALGLUGLUBB1 - 22916 - 244
12VALVALGLUGLUAA1 - 22916 - 244
22VALVALGLUGLUCC1 - 22916 - 244
13GLNGLNLEULEUAA-1 - 23014 - 245
23GLNGLNLEULEUDD-1 - 23014 - 245
14VALVALLEULEUBB1 - 23016 - 245
24VALVALLEULEUCC1 - 23016 - 245
15VALVALGLUGLUBB1 - 22916 - 244
25VALVALGLUGLUDD1 - 22916 - 244
16VALVALGLUGLUCC1 - 22916 - 244
26VALVALGLUGLUDD1 - 22916 - 244

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase


分子量: 26886.875 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 遺伝子: BW246_00770, BZL55_04980, CEP79_03920 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A1W0VQJ9, UniProt: Q9ZMY2*PLUS, adenosylhomocysteine nucleosidase
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-OS6 / (3R,4S)-1-[(4-amino-5H-pyrrolo[3,2-d]pyrimidin-7-yl)methyl]-4-({[3-(1-butyl-1H-1,2,3-triazol-4-yl)propyl]sulfanyl}methyl)pyrrolidin-3-ol


分子量: 444.597 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H32N8OS
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 889 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.31 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 200 mM calcium chloride, 20% w/v PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97931 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2017年10月24日 / 詳細: KB mirrors
放射モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.61→88.44 Å / Num. obs: 123910 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.4 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 1.61→1.64 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 5998 / CC1/2: 0.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0189精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4WKP

4wkp


解像度: 1.61→88.44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 1.941 / SU ML: 0.066 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.091 / ESU R Free: 0.088 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20328 6265 5.1 %RANDOM
Rwork0.17927 ---
obs0.18048 117541 99.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.601 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.41 Å20 Å20 Å2
2--1.88 Å20 Å2
3----1.47 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.61→88.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7042 0 154 894 8090
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0197388
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.027086
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.491.9849950
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.935316485
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7315934
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.43425.571289
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.969151319
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.4171512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.21151
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.028110
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021406
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3032.143727
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.3032.1393726
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it23.2034664
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other23.2034665
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0532.453661
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.0532.4513662
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.2613.5625287
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.88727.1288368
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.88727.1338369
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A147980.05
12B147980.05
21A145720.06
22C145720.06
31A148060.05
32D148060.05
41B148820.06
42C148820.06
51B149120.06
52D149120.06
61C148860.05
62D148860.05
LS精密化 シェル解像度: 1.61→1.652 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.275 428 -
Rwork0.267 8590 -
obs--99.99 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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