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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6dyl | |||||||||
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タイトル | Vanadyl-bound structure of the engineered cyt b562 variant, CH3Y* | |||||||||
![]() | Soluble cytochrome b562 | |||||||||
![]() | METAL BINDING PROTEIN / Designed protein / 4-helix bundle | |||||||||
機能・相同性 | ![]() electron transport chain / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Tezcan, F.A. / Rittle, J. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: An efficient, step-economical strategy for the design of functional metalloproteins. 著者: Rittle, J. / Field, M.J. / Green, M.T. / Tezcan, F.A. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 169.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 135.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6dy4C ![]() 6dy6C ![]() 6dy8C ![]() 6dybC ![]() 6dycC ![]() 6dydC ![]() 6dyeC ![]() 6dyfC ![]() 6dygC ![]() 6dyhC ![]() 6dyiC ![]() 6dyjC ![]() 6dykC ![]() 1m6tS C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11930.375 Da / 分子数: 4 変異: M7W, K59W, I67H, G70Y, Q71H, T96C, T97H, Y101A, H102I, R106L 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.55 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: Drop consists of 1 uL of 35% PEP 426, 50 mM Magnesium Chloride and 0.1 M Bis-Tris (pH 5.5) mixed with 1 uL of 4 mM protein and 2.2 mM Vanadyl Sulfate (Anaerobic crystal growth) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.691→49.2 Å / Num. obs: 48286 / % possible obs: 98.59 % / 冗長度: 13.3 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 28.02 |
反射 シェル | 解像度: 1.691→1.7587 Å / 冗長度: 13.4 % / Rmerge(I) obs: 0.3342 / Mean I/σ(I) obs: 7.92 / Num. unique obs: 4705 / CC1/2: 0.972 / % possible all: 98.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1m6t 解像度: 1.691→49.2 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.92
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.691→49.2 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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