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- PDB-6dyk: Iron- and Nitric Oxide-bound structure of the engineered cyt b562... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dyk
タイトルIron- and Nitric Oxide-bound structure of the engineered cyt b562 variant, CH3Y*
要素Soluble cytochrome b562
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Designed protein / 4-helix bundle
機能・相同性
機能・相同性情報


electron transport chain / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562
類似検索 - ドメイン・相同性
: / NITRIC OXIDE / Soluble cytochrome b562
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.955 Å
データ登録者Tezcan, F.A. / Rittle, J.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM120981 米国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE1607145 米国
引用ジャーナル: Nat.Chem. / 年: 2019
タイトル: An efficient, step-economical strategy for the design of functional metalloproteins.
著者: Rittle, J. / Field, M.J. / Green, M.T. / Tezcan, F.A.
履歴
登録2018年7月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Soluble cytochrome b562
C: Soluble cytochrome b562
E: Soluble cytochrome b562
G: Soluble cytochrome b562
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,8938
ポリマ－47,7224
非ポリマー1724
水4,288238
1
A: Soluble cytochrome b562


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,9301
ポリマ－11,9301
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Soluble cytochrome b562


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,9301
ポリマ－11,9301
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: Soluble cytochrome b562
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,0163
ポリマ－11,9301
非ポリマー862
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
G: Soluble cytochrome b562
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,0163
ポリマ－11,9301
非ポリマー862
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)48.919, 98.690, 178.990
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-255-

HOH

21C-267-

HOH

31E-314-

HOH

41G-319-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Soluble cytochrome b562 / Cytochrome b-562


分子量: 11930.375 Da / 分子数: 4
変異: M7W, K59W, I67H, G70Y, Q71H, T96C, T97H, Y101A, H102I, R106L
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: cybC / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ABE7
#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-NO / NITRIC OXIDE / Nitrogen monoxide / ニトロキシル


分子量: 30.006 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 238 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.66 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: Drop consists of 2 uL of 25% PEP 426, 50 mM Magnesium Chloride and 0.1 M Bis-Tris (pH 6.0) mixed with 1 uL of 4 mM protein and 2.2 mM Iron(II) Sulfate (Anaerobic crystal growth). Diethylamine ...詳細: Drop consists of 2 uL of 25% PEP 426, 50 mM Magnesium Chloride and 0.1 M Bis-Tris (pH 6.0) mixed with 1 uL of 4 mM protein and 2.2 mM Iron(II) Sulfate (Anaerobic crystal growth). Diethylamine NONOate (5 mM) was added to mother liquor prior to crystal harvest

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.73 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.73 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.955→49.345 Å / Num. obs: 31848 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 12.6 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 28.5
反射 シェル解像度: 1.955→2.0039 Å / 冗長度: 12 % / Rmerge(I) obs: 0.192 / Mean I/σ(I) obs: 12.2 / Num. unique obs: 3092 / CC1/2: 0.992 / % possible all: 98.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1m6t

1m6t


解像度: 1.955→49.345 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 23.99
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2486 2000 6.4 %
Rwork0.203 --
obs0.206 31262 98.11 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.955→49.345 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3311 0 6 238 3555
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0193444
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4054655
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.8882930
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.032508
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003625
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.955-2.00390.26321410.23772071X-RAY DIFFRACTION100
2.0039-2.05810.31081440.23742104X-RAY DIFFRACTION99
2.0581-2.11860.28841430.21962081X-RAY DIFFRACTION99
2.1186-2.1870.26851390.20672036X-RAY DIFFRACTION99
2.187-2.26520.25171430.20782110X-RAY DIFFRACTION100
2.2652-2.35590.28851420.20592078X-RAY DIFFRACTION99
2.3559-2.46310.25621430.21572079X-RAY DIFFRACTION98
2.4631-2.5930.27331440.21782107X-RAY DIFFRACTION100
2.593-2.75540.27841450.21852116X-RAY DIFFRACTION100
2.7554-2.96810.22931380.21812034X-RAY DIFFRACTION97
2.9681-3.26680.27271480.21052146X-RAY DIFFRACTION99
3.2668-3.73930.22321420.19482092X-RAY DIFFRACTION98
3.7393-4.71060.22981400.17592055X-RAY DIFFRACTION95
4.7106-49.36070.22161480.192153X-RAY DIFFRACTION94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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