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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6dxj | ||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of double-stranded DNA GAGGCCTC; crystals grown in Zn2+ | ||||||||||||||||||||||||||||
![]() | DNA (5'-D(*![]() DNA / Zn binding / N7 coordination / palindrome | 機能・相同性 | DNA | ![]() 生物種 | synthetic construct (人工物) | 手法 | ![]() ![]() ![]() ![]() Hou, C. / Tsodikov, O.V. | 資金援助 | | ![]()
![]() ![]() タイトル: Utilizing guanine coordinated Zn2+ to determine DNA crystal structures by single-wavelength anomalous diffraction 著者: Hou, C. / Tsodikov, O.V. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 20.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 12.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 346.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 346.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 2.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 2.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 2427.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.58 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 1 mM ds DNA with 5 mM zinc acetate incubated against 55% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.078 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 3080 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 10.4 % / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 10.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.65→1.71 Å / 冗長度: 10.2 % / Rmerge(I) obs: 0.235 / Num. unique obs: 301 / % possible all: 99 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 40.991 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.65→30 Å
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拘束条件 |
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