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- PDB-6dvr: Crystal structure of human CARM1 with (R)-SKI-72 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dvr
タイトルCrystal structure of human CARM1 with (R)-SKI-72
要素Histone-arginine methyltransferase CARM1
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / CARM1 / PRMT4 / SKI-72 inhibitor / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of dendrite development / protein-arginine omega-N asymmetric methyltransferase activity / type I protein arginine methyltransferase / histone arginine N-methyltransferase activity / protein methyltransferase activity / regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / replication fork reversal / histone H3R17 methyltransferase activity / histone H3R2 methyltransferase activity / histone H3R8 methyltransferase activity ...negative regulation of dendrite development / protein-arginine omega-N asymmetric methyltransferase activity / type I protein arginine methyltransferase / histone arginine N-methyltransferase activity / protein methyltransferase activity / regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / replication fork reversal / histone H3R17 methyltransferase activity / histone H3R2 methyltransferase activity / histone H3R8 methyltransferase activity / histone H3R26 methyltransferase activity / histone H3K37 methyltransferase activity / histone H4R3 methyltransferase activity / histone H4K12 methyltransferase activity / histone H3K56 methyltransferase activity / protein-arginine N-methyltransferase activity / positive regulation of epithelial cell apoptotic process / histone H2AQ104 methyltransferase activity / histone methyltransferase activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / nuclear replication fork / positive regulation of fat cell differentiation / response to cAMP / : / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / : / Heme signaling / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / beta-catenin binding / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / RMTs methylate histone arginines / : / DNA-binding transcription factor binding / methylation / Estrogen-dependent gene expression / transcription coactivator activity / transcription cis-regulatory region binding / chromatin remodeling / positive regulation of cell population proliferation / regulation of DNA-templated transcription / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Histone-arginine methyltransferase CARM1, N-terminal / Coactivator-associated arginine methyltransferase 1 N terminal / Ribosomal protein L11 methyltransferase (PrmA) / Hnrnp arginine n-methyltransferase1 / Hnrnp arginine n-methyltransferase1 / : / Arginine methyltransferase oligomerization subdomain / Protein arginine N-methyltransferase / SAM-dependent methyltransferase PRMT-type domain profile. / Distorted Sandwich ...Histone-arginine methyltransferase CARM1, N-terminal / Coactivator-associated arginine methyltransferase 1 N terminal / Ribosomal protein L11 methyltransferase (PrmA) / Hnrnp arginine n-methyltransferase1 / Hnrnp arginine n-methyltransferase1 / : / Arginine methyltransferase oligomerization subdomain / Protein arginine N-methyltransferase / SAM-dependent methyltransferase PRMT-type domain profile. / Distorted Sandwich / PH-like domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-HDG / 2,5,8,11,14,17-HEXAOXANONADECAN-19-OL / Histone-arginine methyltransferase CARM1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.54 Å
データ登録者Dong, A. / Zeng, H. / Hutchinson, A. / Seitova, A. / Luo, M. / Cai, X.C. / Ke, W. / Wang, J. / Shi, C. / Zheng, W. ...Dong, A. / Zeng, H. / Hutchinson, A. / Seitova, A. / Luo, M. / Cai, X.C. / Ke, W. / Wang, J. / Shi, C. / Zheng, W. / Lee, J.P. / Ibanez, G. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Brown, P.J. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of human CARM1 with (R)-SKI-72
著者: Zeng, H. / Dong, A. / Hutchinson, A. / Seitova, A. / Luo, M. / Cai, X.C. / Ke, W. / Wang, J. / Shi, C. / Zheng, W. / Lee, J.P. / Ibanez, G. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / ...著者: Zeng, H. / Dong, A. / Hutchinson, A. / Seitova, A. / Luo, M. / Cai, X.C. / Ke, W. / Wang, J. / Shi, C. / Zheng, W. / Lee, J.P. / Ibanez, G. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Brown, P.J. / Structural Genomics Consortium (SGC)
履歴
登録2018年6月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年7月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone-arginine methyltransferase CARM1
B: Histone-arginine methyltransferase CARM1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,78312
ポリマ－77,9532
非ポリマー1,83010
水7,296405
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3350 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area25720 Å2
2
A: Histone-arginine methyltransferase CARM1
B: Histone-arginine methyltransferase CARM1
ヘテロ分子

A: Histone-arginine methyltransferase CARM1
B: Histone-arginine methyltransferase CARM1
ヘテロ分子

A: Histone-arginine methyltransferase CARM1
B: Histone-arginine methyltransferase CARM1
ヘテロ分子

A: Histone-arginine methyltransferase CARM1
B: Histone-arginine methyltransferase CARM1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)319,13248
ポリマ－311,8128
非ポリマー7,32140
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-x-1,-y,z1
crystal symmetry operation3_455-x-1,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area24340 Å2
ΔGint-148 kcal/mol
Surface area91940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.366, 98.579, 207.375
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Histone-arginine methyltransferase CARM1 / Coactivator-associated arginine methyltransferase 1 / Protein arginine N-methyltransferase 4


分子量: 38976.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CARM1, PRMT4 / プラスミド: pFBOH-MHL
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Sf9
参照: UniProt: Q86X55, type I protein arginine methyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-HDG / (2R,5S)-2-amino-6-[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]-5-[(benzylamino)methyl]-N-[2-(4-methoxyphenyl)ethyl]hexanamide (non-preferred name) / (R)-SKI-72


分子量: 618.726 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H42N8O5
#3: 化合物 ChemComp-P15 / 2,5,8,11,14,17-HEXAOXANONADECAN-19-OL / ヘキサエチレングリコ-ルモノメチルエ-テル


分子量: 296.357 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H28O7
#4: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 6 / 由来タイプ: 合成
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 405 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.54 % / Mosaicity: 0.301 °
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 25% PEG 3350, 0.2 M NH4SO4, 0.1 M HEPES pH7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9789 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.54→50 Å / Num. obs: 112857 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.7 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rpim(I) all: 0.016 / Rrim(I) all: 0.052 / Χ2: 0.624 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.54-1.5710.40.97755730.780.3161.0280.428100
1.57-1.610.90.79855660.8390.2520.8380.427100
1.6-1.6310.80.67955940.870.2150.7130.424100
1.63-1.6610.80.55655750.9150.1770.5840.429100
1.66-1.6910.70.48156250.9350.1530.5050.44100
1.69-1.7310.60.39256020.9540.1260.4120.437100
1.73-1.7810.10.3156000.9690.1020.3270.446100
1.78-1.839.20.25356180.9790.0870.2680.457100
1.83-1.8810.80.19855740.9890.0630.2080.472100
1.88-1.9411.30.15656090.9930.0480.1640.527100
1.94-2.0111.20.11956480.9960.0370.1250.519100
2.01-2.09110.09556050.9970.030.10.566100
2.09-2.1910.70.07956430.9980.0250.0830.588100
2.19-2.39.80.06656260.9980.0220.070.66899.9
2.3-2.4410.90.05656430.9990.0180.0590.703100
2.44-2.6311.40.0556750.9990.0150.0530.76100
2.63-2.911.20.04456690.9990.0130.0460.87100
2.9-3.32100.03757010.9990.0120.0391.02599.9
3.32-4.1811.10.032576610.010.0341.23499.9
4.18-5010.50.02859450.9990.0090.0290.98199.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0222精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-3000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4IKP

4ikp


解像度: 1.54→44.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 1.572 / SU ML: 0.057 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.08 / ESU R Free: 0.078
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2152 1658 1.5 %RANDOM
Rwork0.1946 ---
obs0.1949 110906 99.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 61.9 Å2 / Biso mean: 23.388 Å2 / Biso min: 12.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.39 Å20 Å2-0 Å2
2--0.22 Å20 Å2
3----0.6 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.54→44.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5275 0 129 413 5817
Biso mean--29.91 34.12 -
残基数----667
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0155807
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0175114
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1771.7347915
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.4251.72811959
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2635726
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.16320.558215
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.90415824
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.851524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0530.2749
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0216843
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021189
LS精密化 シェル解像度: 1.54→1.58 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.28 122 -
Rwork0.268 8095 -
all-8217 -
obs--99.96 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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