PDB-6dvi: Wild-type Lactate Monooxygenase from Mycobacterium smegmatis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6dvi

タイトル

Wild-type Lactate Monooxygenase from Mycobacterium smegmatis

要素

Lactate 2-monooxygenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / alpha-hydroxy acid oxidase / flavoenzyme / lactate metabolism

機能・相同性

機能・相同性情報

lactate 2-monooxygenase / lactate 2-monooxygenase activity / FMN binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium smegmatis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Kean, K.M. / Karplus, P.A.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2019
タイトル: Structure and role for active site lid of lactate monooxygenase from Mycobacterium smegmatis.
著者: Kean, K.M. / Karplus, P.A.

履歴

登録	2018年6月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年10月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年12月26日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.2	2019年11月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6dvi.cif.gz	906.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6dvi.ent.gz	759.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6dvi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6dvi_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6dvi_full_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示
XML形式データ	6dvi_validation.xml.gz	102.8 KB	表示
CIF形式データ	6dvi_validation.cif.gz	142.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dv/6dvi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dv/6dvi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6dvhC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6dvh-1 6dvh-3 6dvh-2 2r6s-1 6hl8-1 1jr7-2 6gpn-1 5uqf-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Lactate 2-monooxygenase

B: Lactate 2-monooxygenase

C: Lactate 2-monooxygenase

D: Lactate 2-monooxygenase

E: Lactate 2-monooxygenase

F: Lactate 2-monooxygenase

ヘテロ分子

261 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Lactate 2-monooxygenase

C: Lactate 2-monooxygenase

ヘテロ分子

A: Lactate 2-monooxygenase

C: Lactate 2-monooxygenase

ヘテロ分子

A: Lactate 2-monooxygenase

C: Lactate 2-monooxygenase

ヘテロ分子

A: Lactate 2-monooxygenase

C: Lactate 2-monooxygenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
349 kDa, 8 ポリマー
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2

B: Lactate 2-monooxygenase

D: Lactate 2-monooxygenase

ヘテロ分子

B: Lactate 2-monooxygenase

D: Lactate 2-monooxygenase

ヘテロ分子

B: Lactate 2-monooxygenase

D: Lactate 2-monooxygenase

ヘテロ分子

B: Lactate 2-monooxygenase

D: Lactate 2-monooxygenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
349 kDa, 8 ポリマー
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3

E: Lactate 2-monooxygenase

ヘテロ分子

E: Lactate 2-monooxygenase

ヘテロ分子

E: Lactate 2-monooxygenase

ヘテロ分子

E: Lactate 2-monooxygenase

ヘテロ分子

F: Lactate 2-monooxygenase

ヘテロ分子

F: Lactate 2-monooxygenase

ヘテロ分子

F: Lactate 2-monooxygenase

ヘテロ分子

F: Lactate 2-monooxygenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
348 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_655	-x+1,-y,z	1
crystal symmetry operation	3_545	-y+1/2,x-1/2,z	1
crystal symmetry operation	4_555	y+1/2,-x+1/2,z	1
crystal symmetry operation	5_546	-x+1/2,y-1/2,-z+1	1
crystal symmetry operation	6_556	x+1/2,-y+1/2,-z+1	1
crystal symmetry operation	7_556	y,x,-z+1	1
crystal symmetry operation	8_656	-y+1,-x,-z+1	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	148.400, 148.400, 272.600
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	90
Space group name H-M	P42₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	F-218- LYS
2	1	A-670- HOH

#1: タンパク質	Lactate 2-monooxygenase / Lactate oxidase 分子量: 42793.180 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P21795, lactate 2-monooxygenase
#2: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN 分子量: 456.344 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.92 %
結晶化	温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M sodium citrate, pH 4.6, 0.4 M lithium sulfate, 0.4 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.908 Å
検出器	タイプ: PRINCETON 2K / 検出器: CCD / 日付: 1996年5月16日
放射	モノクロメーター: diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.908 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→77.49 Å / Num. obs: 123105 / % possible obs: 91 % / 冗長度: 3.1 % / Net I/σ(I): 10.4
反射シェル	解像度: 2.3→2.38 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 79.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.3→77.494 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 26.01 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.272	12346	10.04 %
R_work	0.2178	-	-
obs	0.2233	123001	91.01 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→77.494 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17597	0	281	1109	18987

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.014	18476
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.34	25237
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.942	10692
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.064	2689
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	3274

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.3262	0.3131	330	0.253	3125	X-RAY DIFFRACTION	78
2.3262-2.3535	0.3218	370	0.2492	3176	X-RAY DIFFRACTION	79
2.3535-2.3822	0.3028	336	0.2481	3259	X-RAY DIFFRACTION	81
2.3822-2.4124	0.3096	356	0.2414	3305	X-RAY DIFFRACTION	82
2.4124-2.4441	0.3018	370	0.2166	3296	X-RAY DIFFRACTION	82
2.4441-2.4776	0.276	375	0.2153	3327	X-RAY DIFFRACTION	83
2.4776-2.513	0.2778	413	0.2172	3419	X-RAY DIFFRACTION	86
2.513-2.5505	0.2795	397	0.2109	3394	X-RAY DIFFRACTION	85
2.5505-2.5904	0.2712	377	0.2018	3473	X-RAY DIFFRACTION	87
2.5904-2.6329	0.2562	371	0.1993	3509	X-RAY DIFFRACTION	87
2.6329-2.6783	0.2595	380	0.1984	3549	X-RAY DIFFRACTION	88
2.6783-2.727	0.2627	404	0.1994	3551	X-RAY DIFFRACTION	89
2.727-2.7794	0.2662	398	0.1943	3653	X-RAY DIFFRACTION	91
2.7794-2.8362	0.251	393	0.1957	3701	X-RAY DIFFRACTION	91
2.8362-2.8978	0.2382	410	0.1928	3727	X-RAY DIFFRACTION	93
2.8978-2.9652	0.2731	421	0.2029	3768	X-RAY DIFFRACTION	93
2.9652-3.0394	0.2638	455	0.1835	3775	X-RAY DIFFRACTION	95
3.0394-3.1216	0.2351	426	0.1739	3872	X-RAY DIFFRACTION	96
3.1216-3.2134	0.2417	438	0.1721	3932	X-RAY DIFFRACTION	97
3.2134-3.3172	0.2171	461	0.1729	3923	X-RAY DIFFRACTION	97
3.3172-3.4357	0.2257	457	0.1717	3908	X-RAY DIFFRACTION	97
3.4357-3.5733	0.233	450	0.1666	3899	X-RAY DIFFRACTION	97
3.5733-3.7359	0.2179	433	0.1765	3912	X-RAY DIFFRACTION	96
3.7359-3.9329	0.2464	413	0.188	3933	X-RAY DIFFRACTION	96
3.9329-4.1793	0.2679	450	0.2209	3931	X-RAY DIFFRACTION	96
4.1793-4.5019	0.2601	448	0.2399	3960	X-RAY DIFFRACTION	96
4.5019-4.9549	0.3121	419	0.2631	3991	X-RAY DIFFRACTION	96
4.9549-5.6717	0.2656	451	0.2235	4110	X-RAY DIFFRACTION	99
5.6717-7.1449	0.3007	496	0.2421	4137	X-RAY DIFFRACTION	99
7.1449-77.5375	0.4228	448	0.3686	4140	X-RAY DIFFRACTION	93

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8643	0.009	0.0902	0.3137	-0.1427	0.4423	-0.0293	-0.0208	0.0856	0.0245	0.0101	0.0378	-0.0867	-0.0421	0.0178	0.1535	0.0072	-0.002	0.0983	-0.0155	0.2106	61.3237	27.3279	10.0313
2	1.2241	0.0158	-0.0371	1.9868	-0.4388	1.1162	0.0336	-0.2251	0.0194	0.3592	-0.1148	-0.1382	-0.2202	0.1057	0.0473	0.2443	-0.0301	-0.0483	0.2185	0.0255	0.2382	30.2403	79.1581	33.9377
3	0.6388	-0.051	-0.0692	0.5807	0.0186	0.8298	0.0067	-0.2374	0.1635	0.2207	-0.0474	0.0076	-0.166	-0.0121	0.0387	0.3547	0.0125	-0.0059	0.2552	-0.084	0.2069	69.8456	29.9226	53.4739
4	1.0724	0.0123	-0.3406	1.8229	0.6268	0.3181	-0.1258	-0.241	-0.0312	0.5091	-0.0009	-0.2477	0.1524	0.3062	0.1247	0.8331	0.014	-0.1564	0.8529	0.1436	0.579	26.3713	61.6917	77.7227
5	0.7557	-0.3746	-0.034	0.7966	-0.2116	0.0774	-0.1637	-0.0276	0.2362	0.0335	0.1189	-0.108	-0.4701	0.2074	0.0562	1.5492	-0.1257	-0.2008	1.3012	0.1275	0.7886	89.0189	26.5437	102.4467
6	0.9117	0.5139	-0.5324	0.9931	0.2234	0.6517	-0.0728	0.0202	0.0713	-0.0131	0.044	-0.1675	0.2047	0.4707	0.0349	1.8393	0.2415	0.1944	1.5385	0.2023	0.738	21.9414	53.3603	126.7334

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain D
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain E
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain F

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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