PDB-6dvh: Lactate Monooxygenase from Mycobacterium smegmatis - C203A mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6dvh

タイトル

Lactate Monooxygenase from Mycobacterium smegmatis - C203A mutant

要素

Lactate 2-monooxygenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / alpha-hydroxy acid oxidase / flavoenzyme / lactate metabolism

機能・相同性

機能・相同性情報

lactate 2-monooxygenase / lactate 2-monooxygenase activity / FMN binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium smegmatis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Kean, K.M. / Karplus, P.A.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2019
タイトル: Structure and role for active site lid of lactate monooxygenase from Mycobacterium smegmatis.
著者: Kean, K.M. / Karplus, P.A.

履歴

登録	2018年6月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年10月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年12月26日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.2	2019年11月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6dvh.cif.gz	949 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6dvh.ent.gz	800.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6dvh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6dvh_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6dvh_full_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示
XML形式データ	6dvh_validation.xml.gz	101.6 KB	表示
CIF形式データ	6dvh_validation.cif.gz	144.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dv/6dvh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dv/6dvh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6dviC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6dvi-3 6dvi-1 6dvi-2 2r6s-1 1jr7-2 3vkj-1 5uqf-4 6hl8-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Lactate 2-monooxygenase

B: Lactate 2-monooxygenase

C: Lactate 2-monooxygenase

D: Lactate 2-monooxygenase

E: Lactate 2-monooxygenase

F: Lactate 2-monooxygenase

ヘテロ分子

261 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Lactate 2-monooxygenase

C: Lactate 2-monooxygenase

ヘテロ分子

A: Lactate 2-monooxygenase

C: Lactate 2-monooxygenase

ヘテロ分子

A: Lactate 2-monooxygenase

C: Lactate 2-monooxygenase

ヘテロ分子

A: Lactate 2-monooxygenase

C: Lactate 2-monooxygenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
348 kDa, 8 ポリマー
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2

B: Lactate 2-monooxygenase

D: Lactate 2-monooxygenase

ヘテロ分子

B: Lactate 2-monooxygenase

D: Lactate 2-monooxygenase

ヘテロ分子

B: Lactate 2-monooxygenase

D: Lactate 2-monooxygenase

ヘテロ分子

B: Lactate 2-monooxygenase

D: Lactate 2-monooxygenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
348 kDa, 8 ポリマー
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3

E: Lactate 2-monooxygenase

ヘテロ分子

E: Lactate 2-monooxygenase

ヘテロ分子

E: Lactate 2-monooxygenase

ヘテロ分子

E: Lactate 2-monooxygenase

ヘテロ分子

F: Lactate 2-monooxygenase

ヘテロ分子

F: Lactate 2-monooxygenase

ヘテロ分子

F: Lactate 2-monooxygenase

ヘテロ分子

F: Lactate 2-monooxygenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
347 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_655	-x+1,-y,z	1
crystal symmetry operation	3_545	-y+1/2,x-1/2,z	1
crystal symmetry operation	4_555	y+1/2,-x+1/2,z	1
crystal symmetry operation	5_546	-x+1/2,y-1/2,-z+1	1
crystal symmetry operation	6_556	x+1/2,-y+1/2,-z+1	1
crystal symmetry operation	7_556	y,x,-z+1	1
crystal symmetry operation	8_656	-y+1,-x,-z+1	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	149.620, 149.620, 274.250
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	90
Space group name H-M	P42₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-875- HOH
2	1	A-997- HOH

#1: タンパク質	Lactate 2-monooxygenase / Lactate oxidase 分子量: 42761.113 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P21795, lactate 2-monooxygenase
#2: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN 分子量: 456.344 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1374 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.88 %
結晶化	温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M sodium citrate, pH 4.6, 0.4 M lithium sulfate, 0.4 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月15日
放射	モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→30.9 Å / Num. obs: 338277 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 26.7 % / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 15.5
反射シェル	解像度: 1.7→1.74 Å / 冗長度: 27.5 % / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. unique obs: 24764 / CC_1/2: 0.23 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.7→30.903 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.46 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1944	33982	10.06 %
R_work	0.169	-	-
obs	0.1716	337920	99.93 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→30.903 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18082	0	276	1374	19732

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	19262
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.112	26355
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.634	11208
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.061	2809
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	3418

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.7193	0.3975	1127	0.3808	10023	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7193-1.7395	0.372	1092	0.3651	10029	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7395-1.7608	0.3448	1116	0.339	10041	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7608-1.783	0.3536	1131	0.327	10008	X-RAY DIFFRACTION	100
1.783-1.8065	0.3282	1113	0.3195	10040	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8065-1.8312	0.3253	1170	0.3085	9966	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8312-1.8574	0.2997	1129	0.288	10068	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8574-1.8851	0.3176	1105	0.2913	10045	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8851-1.9146	0.2978	1135	0.2835	10061	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9146-1.946	0.336	1152	0.322	10013	X-RAY DIFFRACTION	100
1.946-1.9795	0.2517	1174	0.2444	10024	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9795-2.0155	0.2556	1101	0.2246	10066	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0155-2.0543	0.235	1088	0.2099	10109	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0543-2.0962	0.2293	1126	0.208	10062	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0962-2.1418	0.2126	1147	0.1869	10059	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1418-2.1916	0.1978	1115	0.177	10068	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1916-2.2464	0.2083	1144	0.1796	10079	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2464-2.3071	0.2241	1088	0.1895	10132	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3071-2.3749	0.1832	1107	0.1516	10146	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3749-2.4516	0.1654	1115	0.1458	10105	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4516-2.5391	0.1768	1173	0.148	10094	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5391-2.6408	0.1697	1101	0.1484	10156	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6408-2.7609	0.1771	1123	0.1472	10167	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7609-2.9063	0.1689	1106	0.1418	10212	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9063-3.0883	0.173	1171	0.1439	10162	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0883-3.3264	0.1755	1156	0.148	10227	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3264-3.6607	0.1628	1156	0.1354	10220	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6607-4.1893	0.1556	1147	0.1292	10323	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1893-5.2738	0.1519	1145	0.1273	10440	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2738-30.9082	0.2078	1229	0.1821	10793	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7743	0.0773	0.0462	0.4589	-0.0581	1.0003	-0.027	-0.0354	0.1278	0.0506	-0.0157	0.0523	-0.2846	-0.1865	0.0241	0.2362	0.0712	-0.03	0.1329	-0.0328	0.305	61.3633	27.3619	10.1689
2	0.7501	-0.0112	0.0657	1.3275	-0.2155	1.5162	-0.0173	-0.1322	0.033	0.251	-0.0829	-0.2092	-0.2594	0.3009	0.0677	0.2673	-0.0435	-0.0657	0.3299	0.052	0.3117	30.2927	80.2087	34.1452
3	0.8154	0.0182	0.0379	0.6804	-0.0178	1.6474	-0.0542	-0.1992	0.2328	0.2242	-0.0237	0.01	-0.6264	-0.048	0.0573	0.5484	0.0512	-0.0483	0.2694	-0.1081	0.2845	70.0935	30.1412	53.8542
4	0.9521	-0.0283	-0.107	1.1319	-0.0435	1.7431	-0.0424	-0.2857	-0.0804	0.1951	-0.0112	-0.2135	0.1661	0.4565	0.0478	0.6433	-0.0006	-0.1117	0.8415	0.0962	0.4011	30.2039	70.3484	77.7579
5	0.7576	0.1326	-0.1522	0.7798	-0.0552	1.2318	-0.1098	-0.1423	0.1844	0.144	-0.1521	-0.0747	-1.1016	0.5977	0.1822	1.7379	-0.3101	-0.2701	1.2995	0.0896	0.5491	89.4011	26.995	103.23
6	0.448	-0.1237	-0.2373	0.9695	-0.0105	1.2082	-0.1365	0.1216	-0.0089	0.0832	-0.1062	-0.2158	0.9351	0.8646	0.1759	1.8128	0.3954	0.22	1.6646	0.1708	0.5414	21.7609	53.4695	127.2934

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain D
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain E
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain F

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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