PDB-6dtl: Mitogen-activated protein kinase 6

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6dtl

タイトル

Mitogen-activated protein kinase 6

要素

Mitogen-activated protein kinase 6

キーワード

TRANSFERASE / Kinase / plant protein

機能・相同性

機能・相同性情報

preprophase band / priming of cellular response to stress / camalexin biosynthetic process / response to freezing / regulation of unidimensional cell growth / pollen tube guidance / regulation of root meristem growth / induced systemic resistance, jasmonic acid mediated signaling pathway / inflorescence development / plant ovule development ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.753 Å

データ登録者

Ruble, J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nat.Plants / 年: 2019
タイトル: Bipartite anchoring of SCREAM enforces stomatal initiation by coupling MAP kinases to SPEECHLESS.
著者: Putarjunan, A. / Ruble, J. / Srivastava, A. / Zhao, C. / Rychel, A.L. / Hofstetter, A.K. / Tang, X. / Zhu, J.K. / Tama, F. / Zheng, N. / Torii, K.U.

履歴

登録	2018年6月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年5月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年7月10日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2019年7月24日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2019年11月20日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6dtl.cif.gz	297.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6dtl.ent.gz	244 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6dtl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6dtl_validation.pdf.gz	434.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6dtl_full_validation.pdf.gz	446.1 KB	表示
XML形式データ	6dtl_validation.xml.gz	27.8 KB	表示
CIF形式データ	6dtl_validation.cif.gz	37.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dt/6dtl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dt/6dtl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4qak-d 2aeh-1 3e5w-2 3iw7-d 4m29-d 6d9c-d 5r90-d 5a4t-2 2fsm-d 6jc6-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Mitogen-activated protein kinase 6

B: Mitogen-activated protein kinase 6

84.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Mitogen-activated protein kinase 6

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
42.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Mitogen-activated protein kinase 6

登録者が定義した集合体
42.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	151.589, 151.589, 85.991
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	Mitogen-activated protein kinase 6 / MAP kinase 6 分子量: 42152.203 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 32-395 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: MPK6, At2g43790, F18O19.10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q39026, mitogen-activated protein kinase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.64 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: sodium citrate, PEG8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月26日
放射	モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.75→50 Å / Num. obs: 29831 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.1 % / Net I/σ(I): 17.53
反射シェル	解像度: 2.75→2.8 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 2.753→42.977 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.74

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2564	2001	7.17 %
R_work	0.2053	-	-
obs	0.209	27927	93.7 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.753→42.977 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5811	0	0	118	5929

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	5949
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.68	8069
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.121	3634
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	890
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1053

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7529-2.8217	0.3188	69	0.2687	885	X-RAY DIFFRACTION	45
2.8217-2.898	0.3773	103	0.2951	1361	X-RAY DIFFRACTION	70
2.898-2.9832	0.3554	143	0.2678	1903	X-RAY DIFFRACTION	97
2.9832-3.0795	0.3139	152	0.2522	1949	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0795-3.1895	0.2729	151	0.2429	1963	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1895-3.3172	0.31	154	0.2348	1948	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3172-3.4681	0.2568	150	0.2143	1959	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4681-3.6509	0.2591	154	0.2176	1980	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6509-3.8795	0.244	152	0.2011	1970	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8795-4.1788	0.2772	150	0.1832	1957	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1788-4.5989	0.1908	155	0.1667	1998	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5989-5.2633	0.2255	151	0.1742	1985	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2633-6.6273	0.2638	158	0.2063	2008	X-RAY DIFFRACTION	100
6.6273-42.9827	0.2235	159	0.184	2060	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1368	0.0259	0.0122	0.3402	0.0232	0.3899	0.0157	-0.0315	-0.1698	0.1931	0.0415	-0.1511	-0.0398	0.3293	0.3486	0.2633	0.0573	-0.0185	-0.0301	0.1137	0.1877	-62.4875	-22.2629	6.2508
2	0.0409	0.028	-0.0232	0.0185	-0.01	0.0018	0.1071	0.1272	0.151	-0.0621	0.0036	-0.2518	-0.2046	0.354	0.0001	0.4933	-0.0179	0.1263	0.5655	0.0072	0.4489	-46.8892	-17.7712	-8.4316
3	0.0252	0.0164	-0.0001	0.0227	-0.0143	0.0236	0.0172	-0.0391	0.0655	0.037	0.0244	-0.0193	-0.0484	0.0244	0.0585	0.2662	-0.0189	-0.013	-0.0019	-0.0754	0.1746	-76.6653	-7.1794	15.5481
4	0.0837	0.1379	0.0038	0.2974	-0.0796	0.1518	-0.0429	-0.0109	-0.1669	0.1105	-0.0012	-0.1384	0.0499	0.0703	-0.1142	0.5241	0.3867	0.0825	0.1979	-0.1105	0.3218	-60.4578	-31.4619	49.621
5	0.0154	0.003	-0.0081	0.009	0.0026	0.0079	0.0015	-0.0229	0.0139	-0.0048	-0.033	0.0173	-0.0167	0.0172	-0.0413	0.2328	0.3069	-0.0477	0.2939	-0.1924	0.1814	-48.5825	-29.0995	35.5925
6	0.1119	-0.0059	0.0126	0.0149	-0.0121	0.0217	0.0119	-0.0595	0.0688	0.046	0.0181	0.0066	-0.0361	-0.042	0.1262	0.0344	0.3576	-0.1329	0.3441	-0.1512	0.1863	-53.0784	-39.3895	32.2073
7	0.0503	-0.0595	0.0408	0.0816	-0.0256	0.046	-0.0074	-0.0393	0.0235	0.0276	-0.0246	-0.0345	-0.029	0.0112	-0.0746	0.148	0.2646	-0.0841	0.279	-0.0914	0.1578	-36.0107	-46.8604	36.7643
8	0.0099	-0.0171	-0.0108	0.083	-0.0043	0.0124	-0.0076	-0.0053	-0.0171	0.0353	-0.0283	0.0408	0.0282	-0.0157	-0.0365	0.0044	0.326	-0.0797	0.2943	-0.0377	0.1797	-41.6892	-55.6371	29.0196
9	0.0013	-0	-0.0033	0.0019	-0.005	0.0157	0.0083	0.0273	0.0498	-0.011	-0.0216	-0.0267	-0.008	0.0071	-0.0278	0.0537	0.1836	-0.0671	0.2313	-0.0572	0.2403	-22.7898	-54.8623	25.5951
10	0.0172	0.0218	-0.021	0.0878	-0.0249	0.0261	-0.0059	-0.0062	0.0218	-0.0137	0.0066	0.0712	-0.0119	-0.0326	0.0267	-0.0074	0.205	0.0369	0.2378	-0.0813	0.1865	-41.3367	-63.3328	20.3925
11	0.0838	-0.0137	0.0382	0.0144	0.0169	0.0645	-0.0039	0.0376	0.028	-0.0826	-0.0633	-0.0327	-0.0324	-0.0273	-0.0621	0.1721	0.4484	-0.1177	0.3495	0.0398	0.1119	-43.1402	-47.6184	15.3084
12	0.0005	-0.0005	0.0076	0.012	0.0076	0.0121	0.0877	-0.1573	0.1736	0.0802	-0.0518	-0.0447	-0.0818	0.1081	0.0001	0.465	0.0552	-0.1199	0.4663	-0.1165	0.4226	-44.3423	-22.6565	38.5732

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 32 through 279 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 280 through 374 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 375 through 395 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 33 through 103 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 104 through 129 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 130 through 205 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 206 through 242 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 243 through 280 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 281 through 301 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 302 through 318 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 319 through 353 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 354 through 395 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)