PDB-6dt4: 1.8 Angstrom Resolution Crystal Structure of cAMP-Regulatory Prot...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6dt4

タイトル

1.8 Angstrom Resolution Crystal Structure of cAMP-Regulatory Protein from Yersinia pestis in Complex with cAMP

要素

Cyclic AMP receptor protein

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / DNA-binding / cAMP

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA-binding transcription factor activity / nucleotide binding / DNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Yersinia pestis CO92 (ペスト菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Ritzert, J.T.H. / Anderson, W.F. / Satchell, K.J.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: Mbio / 年: 2019
タイトル: The Cyclic AMP Receptor Protein Regulates Quorum Sensing and Global Gene Expression in Yersinia pestis during Planktonic Growth and Growth in Biofilms.
著者: Ritzert, J.T. / Minasov, G. / Embry, R. / Schipma, M.J. / Satchell, K.J.F.

履歴

登録	2018年6月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年6月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年1月27日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6dt4.cif.gz	190.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6dt4.ent.gz	150.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6dt4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6dt4_validation.pdf.gz	1021.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6dt4_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	6dt4_validation.xml.gz	20.9 KB	表示
CIF形式データ	6dt4_validation.cif.gz	30.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dt/6dt4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dt/6dt4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3rypS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2oz6-1 3ryp-d 3iwz-1 1i6x-d 4r8h-d 4ft8-d 6fhz-d 4i09-d 4i0b-d 4a2u-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP97063

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#48 - 2003年12月異化活性化タンパク質 (Catabolite Activator Protein) 類似性 (15) #152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (9) #251 - 2020年11月アデニリルシクラーゼ (Adenylyl Cyclase) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Cyclic AMP receptor protein

B: Cyclic AMP receptor protein

ヘテロ分子

48.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology, 3RYP is a dimeric

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.876, 82.800, 106.350
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Cyclic AMP receptor protein / cAMP-regulatory protein 分子量: 23931.633 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis CO92 (ペスト菌) / 株: CO92 / 遺伝子: crp, y3956, YP_0174 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Magic / 参照: UniProt: A0A0H2W086, UniProt: A0A2U2GZI4*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-CMP / ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE / CYCLIC AMP / CAMP / cAMP 分子量: 329.206 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₂N₅O₆P
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 292 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.3 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 6.6 mg/mL protein, 0.5 M sodium chloride, 0.01 M Tris-HCl, pH 8.3, 1 mM cAMP against PACT (H12) (0.2 M sodium malonate, 0.1 M Bis-Tris propane, pH 8.5, 20% w/v PEG3350)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2018年6月6日 / 詳細: C(111)
放射	モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→30 Å / Num. obs: 44393 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.5 % / B_iso Wilson estimate: 29.9 Å² / R_merge(I) obs: 0.058 / R_pim(I) all: 0.021 / R_rim(I) all: 0.062 / R_sym value: 0.058 / Χ²: 1.002 / Net I/σ(I): 30.5
反射シェル	解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 7.5 % / R_merge(I) obs: 0.722 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 2134 / CC_1/2: 0.874 / R_pim(I) all: 0.278 / R_rim(I) all: 0.776 / R_sym value: 0.722 / Χ²: 1.003 / % possible all: 97.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0230	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
MoRDa		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3RYP

3ryp

解像度: 1.8→29.61 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.956 / SU B: 5.858 / SU ML: 0.091 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.118 / ESU R Free: 0.111 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20304	2168	4.9 %	RANDOM
R_work	0.17481	-	-	-
obs	0.1761	42181	99.03 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.444 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.31 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	3.41 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.8→29.61 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3181	0	47	292	3520

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.014	3467
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	3176
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.334	1.673	4708
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.439	1.642	7478
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.986	5	438
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.591	23.128	179
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.502	15	660
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.577	15	21
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.068	0.2	459
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.043	0.02	3912
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.04	0.02	606
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.872	2.553	1698
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.873	2.551	1697
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.928	3.81	2148
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.928	3.812	2149
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.83	2.944	1769
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.829	2.943	1770
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.51	4.261	2559
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.792	30.713	3940
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.698	30.025	3865
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.801→1.848 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.295	145	-
R_work	0.291	2977	-
obs	-	-	96.57 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0733	0.1864	-0.012	1.2336	0.1279	1.9764	0.036	-0.0871	0.0954	0.0634	-0.0147	0.1	0.0299	-0.0932	-0.0213	0.0939	-0.0036	0.0102	0.084	-0.0082	0.0514	8.2669	2.8532	28.3444
2	6.6263	3.4435	-3.313	4.5061	-0.8787	2.5048	0.0703	-0.6826	-0.475	0.4511	-0.1306	-0.0853	0.5566	0.4474	0.0603	0.4593	0.031	-0.1303	0.1845	0.0212	0.1604	10.458	-11.1385	9.7849
3	5.6237	-0.3782	-1.2268	6.0668	1.4082	6.1116	-0.1075	-0.2077	-0.723	0.3748	-0.1271	0.2694	0.9663	-0.4831	0.2346	0.2735	-0.1305	0.0163	0.1226	0.0286	0.1034	3.7095	-11.2222	4.2398
4	4.6472	0.3408	-0.2082	1.5258	-0.0582	1.9331	-0.1411	0.1559	-0.2377	-0.0487	0.1228	-0.2143	0.044	0.3515	0.0183	0.015	0.0079	0.0166	0.0937	-0.0277	0.0703	34.0501	3.9703	23.7906
5	1.6232	0.2999	1.6322	0.53	0.4521	5.9784	-0.0661	-0.0961	0.0356	-0.0445	0.0371	-0.0544	-0.1394	0.0873	0.029	0.0824	0.0038	0.0163	0.0724	0.0042	0.0608	20.5415	7.4718	23.4785
6	2.5611	0.6943	0.0895	4.3827	0.4395	3.2598	-0.0936	-0.0599	0.0332	-0.1764	0.0885	-0.1551	-0.724	0.1642	0.0052	0.3306	-0.1349	0.0513	0.0985	-0.0153	0.0353	23.7809	18.2979	-1.6452

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	6 - 136
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	137 - 161
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	162 - 208
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	9 - 105
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	106 - 140
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	141 - 208

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