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万見
- PDB-6dst: Recombinant melittin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dst
タイトルRecombinant melittin
要素Melittin
キーワードTOXIN / Hemolytic / Antibacterial / Alpha-helical peptide / Bee venom
機能・相同性
機能・相同性情報


other organism cell membrane / molecular function inhibitor activity / porin activity / pore complex / protein kinase inhibitor activity / monoatomic ion transport / toxin activity / killing of cells of another organism / lipid binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Melittin/ Api allergen / Melittin
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Apis mellifera (セイヨウミツバチ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Ramirez, L.M. / Pande, J. / Shekhtman, A.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)R01GM085006 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)R01EY010535 米国
引用
ジャーナル: J Phys Chem B / 年: 2019
タイトル: Helical Structure of Recombinant Melittin.
著者: Ramirez, L.S. / Pande, J. / Shekhtman, A.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2018
タイトル: Nuclear Magnetic Resonance-Based Structural Characterization and Backbone Dynamics of Recombinant Bee Venom Melittin.
著者: Ramirez, L. / Shekhtman, A. / Pande, J.
履歴
登録2018年6月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22019年12月18日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Melittin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,8521
ポリマ－2,8521
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area2730 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1medoid

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Melittin / Allergen Api m 3 / Allergen Api m III


分子量: 2852.487 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 44-69 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Apis mellifera (セイヨウミツバチ)
遺伝子: MELT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01501

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
311isotropic13D 1H-15N NOESY
321isotropic13D 1H-13C NOESY
231isotropic23D (H)CCH-TOCSY
242isotropic13D HNCA
252isotropic13D HN(CA)CB
361isotropic12D 1H-15N HSQC
272isotropic12D 1H-15N HSQC
381isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
292isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution10.05 mM [U-95% 13C; U-95% 15N] melittin, 10 % v/v [U-2H] glycerol, 10 mM potassium phosphate buffer, trifluoroethanol/waterSolution contains 10% w/v deuterated glycerol (to increase viscosity), 30% v/v deuterated trifluoroethanol (to stabilize helical structure), and 10% v/v deuterium oxide in 10 mM potassium phosphate buffer at pH 713C_15N_sample1trifluoroethanol/water
solution20.050 mM [U-95% 13C; U-95% 15N] Melittin, 10 mM potassium phosphate buffer, trifluoroethanol/waterSolution contains 30% v/v deuterated trifluoroethanol (to stabilize helical structure), and 10% v/v deuterium oxide in 10 mM potassium phosphate buffer at pH 7 No glycerol added13C_15N_sample2trifluoroethanol/water
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.05 mMmelittin[U-95% 13C; U-95% 15N]1
10 % v/vglycerol[U-2H]1
10 mMpotassium phosphate buffernatural abundance1
0.050 mMMelittin[U-95% 13C; U-95% 15N]2
10 mMpotassium phosphate buffernatural abundance2
試料状態
Conditions-IDイオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
210 mMconditions_271 atm298 K
310 mMconditions_171 atm285 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIBrukerAVANCE II7001
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA3.98Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
CARA1.9.1Keller and Wuthrichchemical shift assignment
CARA1.9.1Keller and Wuthrichpeak picking
CYANA3.98Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: Structures are based on 363 NOE-derived distance constraints, 252 dihedral angle restraints, and 24 lower-limit distance constraints
代表構造選択基準: medoid
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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