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万見
- PDB-6ds0: Structural Determinants of Activation and Biased Agonism at the 5... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ds0
タイトルStructural Determinants of Activation and Biased Agonism at the 5-HT2B Receptor
要素5HT2B receptor, BRIL chimera
キーワードMEMBRANE PROTEIN / GPCR / 5HT2B / Setotonin receptor / Lisuride
機能・相同性
機能・相同性情報


behavior / intestine smooth muscle contraction / Gq/11-coupled serotonin receptor activity / phospholipase C-activating serotonin receptor signaling pathway / positive regulation of phosphatidylinositol biosynthetic process / G protein-coupled serotonin receptor signaling pathway / G protein-coupled serotonin receptor complex / protein kinase C signaling / regulation of behavior / Serotonin receptors ...behavior / intestine smooth muscle contraction / Gq/11-coupled serotonin receptor activity / phospholipase C-activating serotonin receptor signaling pathway / positive regulation of phosphatidylinositol biosynthetic process / G protein-coupled serotonin receptor signaling pathway / G protein-coupled serotonin receptor complex / protein kinase C signaling / regulation of behavior / Serotonin receptors / embryonic morphogenesis / cellular response to temperature stimulus / serotonin binding / vasoconstriction / G protein-coupled serotonin receptor activity / : / G protein-coupled receptor internalization / cardiac muscle hypertrophy / neural crest cell differentiation / neural crest cell migration / neurotransmitter receptor activity / cGMP-mediated signaling / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / positive regulation of cell division / : / G-protein alpha-subunit binding / heart morphogenesis / release of sequestered calcium ion into cytosol / positive regulation of endothelial cell proliferation / ERK1 and ERK2 cascade / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / GTPase activator activity / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / positive regulation of cytokine production / calcium-mediated signaling / electron transport chain / positive regulation of MAP kinase activity / intracellular calcium ion homeostasis / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G alpha (q) signalling events / chemical synaptic transmission / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / periplasmic space / electron transfer activity / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / response to xenobiotic stimulus / iron ion binding / G protein-coupled receptor signaling pathway / phosphorylation / synapse / dendrite / heme binding / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / nucleoplasm / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
5-Hydroxytryptamine 2B receptor / 5-hydroxytryptamine receptor family / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
CHOLESTEROL / Chem-H8M / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Soluble cytochrome b562 / 5-hydroxytryptamine receptor 2B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.188 Å
データ登録者McCorvy, J.D. / Wacker, D. / Wang, S. / Agegnehu, B. / Liu, J. / Lansu, K. / Tribo, A.R. / Olsen, R.H.J. / Che, T. / Jin, J. / Roth, B.L.
資金援助 米国, 6件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)RO1MH61887 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)U19MH82441 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)R01NS100930 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)ACB-12002 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)AGM-12006 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-06CH11357 米国
引用ジャーナル: Nat. Struct. Mol. Biol. / 年: 2018
タイトル: Structural determinants of 5-HT2Breceptor activation and biased agonism.
著者: McCorvy, J.D. / Wacker, D. / Wang, S. / Agegnehu, B. / Liu, J. / Lansu, K. / Tribo, A.R. / Olsen, R.H.J. / Che, T. / Jin, J. / Roth, B.L.
履歴
登録2018年6月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22018年9月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5HT2B receptor, BRIL chimera
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2705
ポリマ－46,0501
非ポリマー1,2204
水181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)59.482, 120.081, 169.468
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 5HT2B receptor, BRIL chimera / 5-HT2B / Serotonin receptor 2B / Cytochrome b-562 / 5-HT2B / Serotonin receptor 2B


分子量: 46049.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: HTR2B, cybC
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P41595, UniProt: P0ABE7

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非ポリマー , 5種, 5分子

#2: 化合物 ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル


分子量: 386.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O
#3: 化合物 ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-H8M / (1S)-1-[(2-chloro-3,4-dimethoxyphenyl)methyl]-6-methyl-2,3,4,9-tetrahydro-1H-beta-carboline / LY266097


分子量: 370.873 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H23ClN2O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.57 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: 100 mM Tris/HCl pH 8.0, 100 mM Sodium Formate, 30% v/v PEG400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年8月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.188→30 Å / Num. obs: 9751 / % possible obs: 93.5 % / 冗長度: 3.8 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.159 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 3.2→3.29 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 1.28 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 800 / CC1/2: 0.391 / % possible all: 96.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY: 4IB4

4ib4


解像度: 3.188→29.56 Å / SU ML: 0.51 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.82
Rfactor反射数%反射
Rfree0.264 493 5.07 %
Rwork0.2236 --
obs0.2257 9727 92.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.188→29.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2812 0 80 1 2893
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0022957
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5954032
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.7711745
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.038492
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003483
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1879-3.50820.37321360.28992237X-RAY DIFFRACTION92
3.5082-4.01480.3281310.24272305X-RAY DIFFRACTION95
4.0148-5.05410.23391160.20682328X-RAY DIFFRACTION94
5.0541-29.56130.22381100.20962364X-RAY DIFFRACTION91
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.3106-0.4418-0.96272.75550.4873.4750.2707-0.07830.25030.0664-0.04420.0646-0.20270.0186-0.19650.52990.0176-0.0470.3486-0.08980.521221.703617.8858-2.5297
21.14840.13871.01842.59621.26064.28370.28030.1851-0.0413-0.274-0.1572-0.09330.10221.2327-0.19321.02290.11430.07362.2118-0.15370.859746.96655.5312-45.6333
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 48 through 1001 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 1002 through 1106 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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