PDB-6dr6: X-ray crystallographic structure of a covalent trimer derived fro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6dr6

タイトル

X-ray crystallographic structure of a covalent trimer derived from A-beta 17_36 containing the F20Cha point mutation

要素

ORT-CYS-VAL-PHE-XXX-CYS-GLU-ASP-ORT-ALA-ILE-ILE-GLY-LEU-ORA-VAL

キーワード

DE NOVO PROTEIN / Amyloid / Alzheimers Disease / Abeta / oligomer

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

単波長異常分散 / 解像度: 2.608 Å

データ登録者

Salveson, P.J. / Nowick, J.S.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2018
タイトル: Repurposing Triphenylmethane Dyes to Bind to Trimers Derived from A beta.
著者: Salveson, P.J. / Haerianardakani, S. / Thuy-Boun, A. / Yoo, S. / Kreutzer, A.G. / Demeler, B. / Nowick, J.S.

履歴

登録	2018年6月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年10月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / Data collection / Polymer sequence カテゴリ: chem_comp / entity_poly / pdbx_audit_support Item: _chem_comp.type / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.1	2025年4月2日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6dr6.cif.gz	50.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6dr6.ent.gz	40 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6dr6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6dr6_validation.pdf.gz	445.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6dr6_full_validation.pdf.gz	446.5 KB	表示
XML形式データ	6dr6_validation.xml.gz	5.6 KB	表示
CIF形式データ	6dr6_validation.cif.gz	6.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dr/6dr6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dr/6dr6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6dr4C 6dr5C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5sus-1 3ffw-1 6tg7-d 5zrc-d 1cye-d 5vap-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1) #189 - 2015年9月アミロイド (Amyloids) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ORT-CYS-VAL-PHE-XXX-CYS-GLU-ASP-ORT-ALA-ILE-ILE-GLY-LEU-ORA-VAL

D: ORT-CYS-VAL-PHE-XXX-CYS-GLU-ASP-ORT-ALA-ILE-ILE-GLY-LEU-ORA-VAL

B: ORT-CYS-VAL-PHE-XXX-CYS-GLU-ASP-ORT-ALA-ILE-ILE-GLY-LEU-ORA-VAL

C: ORT-CYS-VAL-PHE-XXX-CYS-GLU-ASP-ORT-ALA-ILE-ILE-GLY-LEU-ORA-VAL

7.16 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ORT-CYS-VAL-PHE-XXX-CYS-GLU-ASP-ORT-ALA-ILE-ILE-GLY-LEU-ORA-VAL

B: ORT-CYS-VAL-PHE-XXX-CYS-GLU-ASP-ORT-ALA-ILE-ILE-GLY-LEU-ORA-VAL

C: ORT-CYS-VAL-PHE-XXX-CYS-GLU-ASP-ORT-ALA-ILE-ILE-GLY-LEU-ORA-VAL

A: ORT-CYS-VAL-PHE-XXX-CYS-GLU-ASP-ORT-ALA-ILE-ILE-GLY-LEU-ORA-VAL

B: ORT-CYS-VAL-PHE-XXX-CYS-GLU-ASP-ORT-ALA-ILE-ILE-GLY-LEU-ORA-VAL

C: ORT-CYS-VAL-PHE-XXX-CYS-GLU-ASP-ORT-ALA-ILE-ILE-GLY-LEU-ORA-VAL

ソフトウェアが定義した集合体
10.7 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: ORT-CYS-VAL-PHE-XXX-CYS-GLU-ASP-ORT-ALA-ILE-ILE-GLY-LEU-ORA-VAL

x 6

ソフトウェアが定義した集合体
10.7 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_665	-y+1,x-y+1,z	1
crystal symmetry operation	3_565	-x+y,-x+1,z	1
crystal symmetry operation	10_665	-y+1,-x+1,-z+1/2	1
crystal symmetry operation	11_555	-x+y,y,-z+1/2	1
crystal symmetry operation	12_565	x,x-y+1,-z+1/2	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.058, 58.058, 95.609
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	182
Space group name H-M	P6₃22

#1: タンパク質・ペプチド	ORT-CYS-VAL-PHE-XXX-CYS-GLU-ASP-ORT-ALA-ILE-ILE-GLY-LEU-ORA-VAL 分子量: 1791.226 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.11 %
結晶化	温度: 296.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M tris pH 7.5, ).2 M magnesium chloride, 3.9 M 1,6-hexanediol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 123 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN 92 / 検出器: CCD / 日付: 2018年2月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.608→34.645 Å / Num. obs: 5520 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 75.4 % / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 57.4
反射シェル	解像度: 2.62→2.72 Å / Num. unique all: 1234 / CC_1/2: 0.993

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.12_2829: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.608→34.645 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2768	561	10.16 %
R_work	0.2421	-	-
obs	0.2459	5520	100 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.608→34.645 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	492	0	0	7	499

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	503
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.283	666
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	31.985	369
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.206	84
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	76

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6079-2.8702	0.3812	142	0.3189	1234	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8702-3.2853	0.3154	141	0.289	1241	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2853-4.138	0.3027	138	0.2566	1237	X-RAY DIFFRACTION	100
4.138-34.6479	0.231	140	0.2029	1247	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.4587	-0.5376	1.0799	5.5174	-1.0899	2.0652	-0.3024	0.597	-0.6766	0.3505	-0.1926	0.2339	0.3289	0.7588	0.5239	0.5436	0.026	0.1	0.6089	-0.0512	0.7014	3.6778	20.1117	41.3767
2	2.5061	0.8291	-0.0033	4.6567	0.1137	1.3967	-0.0359	-1.0527	-0.2948	0.1062	-0.2024	-0.2985	-0.257	-0.1579	0.2266	0.343	0.0584	-0.078	0.6832	0.0865	0.41	6.1073	28.3756	52.6788
3	5.9713	1.1456	-0.1143	9.626	-0.932	4.3891	0.0036	0.6267	-0.1396	-0.0675	0.1153	-0.532	0.4301	0.2419	-0.0335	0.5049	0.0785	0.0457	0.6961	-0.0447	0.7204	13.7091	29.9323	40.9557
4	4.8999	2.3742	-3.7234	3.2044	-3.0092	3.551	0.2781	-0.1771	-0.0435	-0.9652	-0.7601	-0.5318	0.3844	0.4984	0.3424	0.8368	-0.1088	0.1019	0.81	-0.0758	0.4889	-1.8332	25.4727	29.9952

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 16 )	A	1 - 16
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 1 through 16 )	B	1 - 16
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'C' and (resid 1 through 16 )	C	1 - 16
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'D' and (resid 1 through 16 )	D	1 - 16

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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