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- PDB-6dkq: Crystal structure of the Shr Hemoglobin Interacting Domain 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dkq
タイトルCrystal structure of the Shr Hemoglobin Interacting Domain 2
要素Heme-binding protein Shr
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Hemoglobin Interacting Domain / DUF-1533 / gram-positive pathogen
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Heme-binding protein Shr-like, Hb-interacting domain / Heme-binding protein Shr-like, Hb-interacting domain / : / NEAT domain / Iron Transport-associated domain / NEAT domain profile. / NEAr Transporter domain / NEAT domain superfamily / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / Leucine rich repeat ...Heme-binding protein Shr-like, Hb-interacting domain / Heme-binding protein Shr-like, Hb-interacting domain / : / NEAT domain / Iron Transport-associated domain / NEAT domain profile. / NEAr Transporter domain / NEAT domain superfamily / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain.
類似検索 - ドメイン・相同性
Heme-binding protein Shr
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Macdonald, R. / Cascio, D. / Collazo, M.J. / Clubb, R.T.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI52217 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-FC02-02ER63421 米国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-1716948 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM007185 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2018
タイトル: The Streptococcus pyogenes Shr protein captures human hemoglobin using two structurally unique binding domains.
著者: Macdonald, R. / Cascio, D. / Collazo, M.J. / Phillips, M. / Clubb, R.T.
履歴
登録2018年5月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年10月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年5月22日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.32019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heme-binding protein Shr
B: Heme-binding protein Shr
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9845
ポリマ－24,6962
非ポリマー2883
水2,036113
1
A: Heme-binding protein Shr
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,5403
ポリマ－12,3481
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Heme-binding protein Shr
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,4442
ポリマ－12,3481
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)32.470, 59.140, 102.710
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Heme-binding protein Shr


分子量: 12347.937 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 175-285 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
遺伝子: shr / プラスミド: pHis-SUMO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B0LFQ8
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 113 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
1238.4
2
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2951蒸気拡散法, ハンギングドロップ法4.550% PEG-400, 100mM sodium acetate, 0.2M lithium sulfate
2952蒸気拡散法, ハンギングドロップ法4.532.7% PEG-400, 100mM sodium acetate, 108mM lithium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→19.77 Å / Num. obs: 32509 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.343 % / Biso Wilson estimate: 22.11 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Rrim(I) all: 0.046 / Χ2: 1.058 / Net I/σ(I): 23.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.5-1.546.180.5723.1223420.9050.62598.4
1.54-1.585.9050.4274.2222740.9330.46999.8
1.58-1.636.4780.3345.6722690.9650.363100
1.63-1.686.6450.2627.3721630.9810.284100
1.68-1.736.5550.2119.0921460.9890.229100
1.73-1.796.4710.17810.8520570.9920.193100
1.79-1.866.1250.12814.6719620.9940.1499.7
1.86-1.946.3310.118.919130.9960.10999.8
1.94-2.026.7020.07624.4718500.9970.08399.9
2.02-2.126.6280.06429.6117670.9980.06999.9
2.12-2.236.4940.05432.2916710.9980.05999.9
2.23-2.376.0060.04833.9416000.9980.05399.9
2.37-2.536.4820.04437.4514950.9990.04899.6
2.53-2.746.7060.03941.7114080.9990.04399.8
2.74-36.4550.03546.2612990.9980.03899.9
3-3.356.0240.03248.5811760.9990.03599.5
3.35-3.875.9250.0351.5110480.9990.03399.5
3.87-4.746.2260.02954.339200.9990.03299.8
4.74-6.75.7440.02851.757220.9990.03199.3
6.7-19.775.7520.02853.054270.9990.031100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation5.28 Å51.35 Å
Translation5.28 Å51.35 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
BUSTER2.10.3精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSJun 1 2017データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.5→19.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU R Cruickshank DPI: 0.08 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.082 / SU Rfree Blow DPI: 0.08 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.079
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.222 1625 5.01 %RANDOM
Rwork0.197 ---
obs0.198 32457 99.8 %-
原子変位パラメータBiso max: 83.1 Å2 / Biso mean: 25.74 Å2 / Biso min: 12.15 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.3821 Å20 Å20 Å2
2--1.592 Å20 Å2
3---1.7901 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.2 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.5→19.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1696 0 15 113 1824
Biso mean--54.15 29.91 -
残基数----221
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d626SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes51HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes243HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1745HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion251SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2106SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d1745HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2360HARMONIC21.17
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.25
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 16
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2685 155 5.3 %
Rwork0.2388 2770 -
all0.2405 2925 -
obs--99.73 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.84810.25510.37580.61610.04292.4252-0.02970.10140.0643-0.0550.0275-0.0268-0.24420.05490.0022-0.0047-0.0024-0.0064-0.0473-0.0045-0.0488.590131.240512.9721
20.63010.07990.34240.98410.04212.0649-0.0306-0.04980.0163-0.00060.09350.02210.1205-0.1305-0.0629-0.0359-0.00980.0052-0.01910.0056-0.035819.339631.406136.2805
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A174 - 285
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B174 - 283

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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