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- PDB-6dkm: DHD131 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dkm
タイトルDHD131
要素
  • DHD131_A
  • DHD131_B
キーワードDE NOVO PROTEIN / Computational Design / Heterodimer / Coiled-coil
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.38 Å
データ登録者Bick, M.J. / Chen, Z. / Baker, D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2019
タイトル: Programmable design of orthogonal protein heterodimers.
著者: Chen, Z. / Boyken, S.E. / Jia, M. / Busch, F. / Flores-Solis, D. / Bick, M.J. / Lu, P. / VanAernum, Z.L. / Sahasrabuddhe, A. / Langan, R.A. / Bermeo, S. / Brunette, T.J. / Mulligan, V.K. / ...著者: Chen, Z. / Boyken, S.E. / Jia, M. / Busch, F. / Flores-Solis, D. / Bick, M.J. / Lu, P. / VanAernum, Z.L. / Sahasrabuddhe, A. / Langan, R.A. / Bermeo, S. / Brunette, T.J. / Mulligan, V.K. / Carter, L.P. / DiMaio, F. / Sgourakis, N.G. / Wysocki, V.H. / Baker, D.
履歴
登録2018年5月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年12月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22019年1月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32019年11月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DHD131_A
B: DHD131_B
C: DHD131_A
D: DHD131_B
E: DHD131_A
F: DHD131_B
G: DHD131_A
H: DHD131_B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,8998
ポリマ－77,8998
非ポリマー00
水1,13563
1
A: DHD131_A
B: DHD131_B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4752
ポリマ－19,4752
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2950 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area9030 Å2
手法PISA
2
C: DHD131_A
D: DHD131_B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4752
ポリマ－19,4752
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3040 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area9310 Å2
手法PISA
3
E: DHD131_A
F: DHD131_B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4752
ポリマ－19,4752
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2450 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area8050 Å2
手法PISA
4
G: DHD131_A
H: DHD131_B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4752
ポリマ－19,4752
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2800 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area9060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.199, 74.709, 105.257
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.75, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
DHD131_A


分子量: 9540.786 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質
DHD131_B


分子量: 9933.978 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.76 %
結晶化温度: 290.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2M Ammonium acetate, 0.1M HEPES pH 7.5, 25% (w/v) Polyethylene glycol 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.977017 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年5月2日
放射モノクロメーター: Double-crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.977017 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.38→42.99 Å / Num. obs: 24465 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 31.51 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.18 / Rpim(I) all: 0.102 / Rrim(I) all: 0.207 / Net I/σ(I): 6.6
反射 シェル解像度: 2.38→2.47 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 1.56 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 2584 / CC1/2: 0.344 / Rpim(I) all: 0.878 / Rrim(I) all: 1.794 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_3112: ???)精密化
XDSJune 17, 2015データ削減
XDSJune 17, 2015データスケーリング
PHASER2.8.0.位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Computational design model

解像度: 2.38→42.99 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 31.78
詳細: Iterative rounds of model building in Coot and refinement with Phenix.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2832 1738 8.14 %
Rwork0.2408 --
obs0.2443 21356 87.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.38→42.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4622 0 0 63 4685
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0024650
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4466258
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.742933
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.024741
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.001803
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3801-2.45010.44561210.3441379X-RAY DIFFRACTION73
2.4501-2.52920.40131220.3251384X-RAY DIFFRACTION75
2.5292-2.61960.3611220.33141462X-RAY DIFFRACTION77
2.6196-2.72440.38511260.31411450X-RAY DIFFRACTION79
2.7244-2.84840.35361410.28461541X-RAY DIFFRACTION82
2.8484-2.99850.31211470.27121578X-RAY DIFFRACTION85
2.9985-3.18630.2981540.25921659X-RAY DIFFRACTION90
3.1863-3.43230.29751630.24421790X-RAY DIFFRACTION95
3.4323-3.77750.27511510.20351815X-RAY DIFFRACTION96
3.7775-4.32370.231610.19181836X-RAY DIFFRACTION97
4.3237-5.44560.21961620.19941831X-RAY DIFFRACTION98
5.4456-42.99880.24661680.23391893X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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