PDB-6dk9: Yeast Ddi2 Cyanamide Hydratase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6dk9

タイトル

Yeast Ddi2 Cyanamide Hydratase

要素

DNA damage-inducible protein

キーワード

LYASE / Zn-metalloprotein / HD-domain / hydratase / cyanamide / METAL BINDING PROTEIN

機能・相同性

Cyanamide hydratase / HD domain profile. / HD domain / HD domain / Metal dependent phosphohydrolases with conserved 'HD' motif. / HD/PDEase domain / metal ion binding / DNA damage-inducible protein

機能・相同性情報

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Moore, S.A. / Xiao, W. / Li, J.

資金援助

カナダ, 3件

組織	認可番号	国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)	RGPIN-2014-04580	カナダ
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)	RGPIN-2011-262138	カナダ
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)	MOP-126155	カナダ

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: Structure of Ddi2, a highly inducible detoxifying metalloenzyme fromSaccharomyces cerevisiae.
著者: Li, J. / Jia, Y. / Lin, A. / Hanna, M. / Chelico, L. / Xiao, W. / Moore, S.A.

履歴

登録	2018年5月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年5月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年11月27日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2020年1月8日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6dk9.cif.gz	1.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6dk9.ent.gz	988 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6dk9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6dk9_validation.pdf.gz	3.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6dk9_full_validation.pdf.gz	3.7 MB	表示
XML形式データ	6dk9_validation.xml.gz	73 KB	表示
CIF形式データ	6dk9_validation.cif.gz	99.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dk/6dk9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dk/6dk9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6dkaC 6dkcC 6dkdC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6dka-1 6dkd-4 6dkc-1 6dka-4 6dkc-4 6dkd-5 6dkd-3 6dkd-1 3red-12 4o11-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: DNA damage-inducible protein

B: DNA damage-inducible protein

C: DNA damage-inducible protein

D: DNA damage-inducible protein

E: DNA damage-inducible protein

F: DNA damage-inducible protein

G: DNA damage-inducible protein

H: DNA damage-inducible protein

I: DNA damage-inducible protein

ヘテロ分子

238 kDa, 9 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DNA damage-inducible protein

ヘテロ分子

A: DNA damage-inducible protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, The enzyme is a symmetrical dimer in solution
52.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: DNA damage-inducible protein

C: DNA damage-inducible protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
53.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

D: DNA damage-inducible protein

E: DNA damage-inducible protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
53.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

F: DNA damage-inducible protein

G: DNA damage-inducible protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
52.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

5

H: DNA damage-inducible protein

I: DNA damage-inducible protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
52.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	264.456, 264.456, 119.152
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	150
Space group name H-M	P321

#1: タンパク質	DNA damage-inducible protein 分子量: 26079.455 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain YJM789) (パン酵母) 株: YJM789 / 遺伝子: SCY_1694 / プラスミド: PGEX-6P1 / 詳細 (発現宿主): GST-fusion protein / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A7A1Y4
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	... ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 326 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	溶媒含有率: 76 % / 解説: flattened discs
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 1.1-1.3 M Ammonium Sulfate 0.2 M Arginine 0.1 M N-morpholino ethane sulfonate pH 5.6 PH範囲: 5.2-6.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 1.12713 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月15日 / 詳細: Toroidal focusing mirrors
放射	モノクロメーター: Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.12713 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→39.7 Å / Num. obs: 144816 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 7.7 % / B_iso Wilson estimate: 43.9 Å² / R_merge(I) obs: 0.105 / Net I/σ(I): 17.6
反射シェル	解像度: 2.6→2.64 Å / 冗長度: 7.7 % / R_merge(I) obs: 0.695 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 7127 / % possible all: 97.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.6→39.7 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.09
詳細: Iterative Maximum Likelihood refinement in PHENIX and model building with Coot. The authors state that Although Chains H and I are included in the model structure, in general these chains are ...

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2168	7189	4.97 %
R_work	0.2006	-	-
obs	0.2014	144610	98.72 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→39.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16138	0	149	326	16613

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	16669
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.812	22796
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.631	9843
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	2624
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	2928

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6-2.6296	0.2895	192	0.2605	4247	X-RAY DIFFRACTION	92
2.6296-2.6605	0.2868	241	0.2492	4531	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6605-2.693	0.274	222	0.2287	4519	X-RAY DIFFRACTION	98
2.693-2.727	0.254	244	0.2329	4493	X-RAY DIFFRACTION	98
2.727-2.7629	0.2767	239	0.2497	4576	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7629-2.8007	0.2662	224	0.2432	4523	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8007-2.8408	0.2617	260	0.2272	4541	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8408-2.8831	0.277	244	0.2274	4524	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8831-2.9282	0.2631	227	0.2266	4592	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9282-2.9762	0.2549	256	0.2232	4543	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9762-3.0275	0.2922	243	0.2841	4491	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0275-3.0825	0.3315	221	0.3115	4545	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0825-3.1418	0.2443	234	0.227	4594	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1418-3.2059	0.2287	250	0.2161	4574	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2059-3.2755	0.2583	230	0.2248	4576	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2755-3.3517	0.2343	276	0.2297	4573	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3517-3.4355	0.257	241	0.2134	4593	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4355-3.5283	0.2501	245	0.2073	4645	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5283-3.6321	0.2061	246	0.1983	4609	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6321-3.7492	0.2229	233	0.196	4606	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7492-3.8831	0.2002	214	0.1823	4656	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8831-4.0384	0.2024	219	0.178	4687	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0384-4.222	0.1841	225	0.1596	4650	X-RAY DIFFRACTION	100
4.222-4.4444	0.1558	231	0.1475	4678	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4444-4.7224	0.1632	231	0.1498	4644	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7224-5.0863	0.1615	247	0.1663	4656	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0863-5.5969	0.2117	241	0.188	4622	X-RAY DIFFRACTION	99
5.5969-6.4039	0.2039	243	0.2038	4652	X-RAY DIFFRACTION	99
6.4039-8.0572	0.2095	296	0.2043	4636	X-RAY DIFFRACTION	99
8.0572-39.7219	0.1827	274	0.193	4645	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6583	-0.1515	0.24	1.1083	-0.17	2.4274	-0.0471	-0.1068	0.084	-0.0015	-0.0475	0.1074	-0.2228	-0.5073	0.0941	0.3764	0.2075	-0.0205	0.7265	-0.0138	0.3595	35.1583	85.7533	127.4308
2	0.5226	-0.075	-0.3016	1.5491	-0.0877	1.3129	-0.0684	-0.1416	-0.0078	0.166	0.0983	0.1353	-0.2789	-0.3563	-0.0161	0.3687	0.225	-0.0052	0.6583	0.0288	0.4	21.0595	105.3407	95.6383
3	0.8175	0.0323	-0.231	1.0669	-0.2575	2.0242	-0.0481	-0.0789	-0.0517	-0.0318	0.0508	0.0536	0.0516	-0.0518	-0.0048	0.2652	0.1071	-0.0342	0.417	0.0167	0.3431	39.4757	89.1179	78.4873
4	0.5856	0.1184	-0.0019	1.1865	0.0307	1.086	-0.0023	-0.0851	0.0116	0.1231	0.0218	0.0476	-0.1265	-0.0989	-0.009	0.3652	0.1546	-0.0117	0.4187	0.0164	0.4166	20.0201	134.2612	67.886
5	0.6363	-0.2506	0.1056	1.7832	0.0221	1.2946	-0.0007	0.0344	0.0205	-0.0372	0.0346	-0.0432	-0.0357	0.0353	-0.0383	0.2543	0.0952	-0.0115	0.3427	0.0297	0.3441	34.0508	115.5472	49.1482
6	1.5374	0.2893	-0.1655	1.7245	0.0135	0.9835	-0.023	-0.006	0.0595	-0.1344	-0.0615	0.0374	-0.1262	0.1477	0.0851	0.4992	0.024	-0.0603	0.2679	0.0093	0.3844	32.5368	165.6856	46.7351
7	1.3092	0.1992	0.0526	2.3089	0.1299	1.6223	-0.1072	0.2516	-0.0543	-0.7645	0.0062	-0.2182	-0.1125	0.2374	0.0935	0.7396	0.0241	0.1082	0.4521	-0.0014	0.4322	41.688	146.7812	25.3118
8	1.0017	0.2444	-0.2237	2.0301	-0.0037	1.2484	-0.2992	0.0713	0.4074	-0.7017	0.2113	-0.1295	-0.7634	0.3214	0.0595	1.3833	-0.3151	-0.0731	0.7934	0.1485	0.8676	57.3157	193.5768	33.8431
9	0.3449	0.4707	0.0564	1.0141	-0.2465	0.744	-0.5903	0.7455	-0.0011	-1.296	0.4303	-0.6587	-0.6769	0.6236	0.1035	1.9764	-0.588	0.3922	1.3833	0.0945	0.9949	62.0241	177.53	8.9447

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -3 through 225)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid -3 through 225)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'C' and (resid -3 through 225)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'D' and (resid -3 through 225)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'E' and (resid -3 through 225)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'F' and (resid -4 through 225)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'G' and (resid -3 through 225)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'H' and (resid -1 through 225)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'I' and (resid 1 through 225)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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万見 (Yorodumi)