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- PDB-6dk7: RetS histidine kinase region with cobalt -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dk7
タイトルRetS histidine kinase region with cobalt
要素RetS (Regulator of Exopolysaccharide and Type III Secretion)
キーワードSIGNALING PROTEIN / Histidine kinase / Inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / membrane
類似検索 - 分子機能
7TM-DISM receptor, extracellular domain, type 2 / 7TM-DISM receptor, extracellular domain, type 1 / 7TM diverse intracellular signalling / 7TMR-DISM extracellular 2 / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Histidine kinase domain ...7TM-DISM receptor, extracellular domain, type 2 / 7TM-DISM receptor, extracellular domain, type 1 / 7TM diverse intracellular signalling / 7TMR-DISM extracellular 2 / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / histidine kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Mancl, J.M. / Schubot, F.D.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2019
タイトル: Helix Cracking Regulates the Critical Interaction between RetS and GacS in Pseudomonas aeruginosa.
著者: Mancl, J.M. / Ray, W.K. / Helm, R.F. / Schubot, F.D.
履歴
登録2018年5月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22019年4月17日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support
改定 1.32019年5月22日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.42019年11月20日Group: Derived calculations / カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
改定 1.52024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RetS (Regulator of Exopolysaccharide and Type III Secretion)
C: RetS (Regulator of Exopolysaccharide and Type III Secretion)
D: RetS (Regulator of Exopolysaccharide and Type III Secretion)
B: RetS (Regulator of Exopolysaccharide and Type III Secretion)
E: RetS (Regulator of Exopolysaccharide and Type III Secretion)
F: RetS (Regulator of Exopolysaccharide and Type III Secretion)
G: RetS (Regulator of Exopolysaccharide and Type III Secretion)
H: RetS (Regulator of Exopolysaccharide and Type III Secretion)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)200,81732
ポリマ－199,4038
非ポリマー1,41424
水4,504250
1
A: RetS (Regulator of Exopolysaccharide and Type III Secretion)
B: RetS (Regulator of Exopolysaccharide and Type III Secretion)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,2048
ポリマ－49,8512
非ポリマー3546
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3830 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area22220 Å2
手法PISA
2
C: RetS (Regulator of Exopolysaccharide and Type III Secretion)
D: RetS (Regulator of Exopolysaccharide and Type III Secretion)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,2639
ポリマ－49,8512
非ポリマー4137
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3790 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area22400 Å2
手法PISA
3
E: RetS (Regulator of Exopolysaccharide and Type III Secretion)
F: RetS (Regulator of Exopolysaccharide and Type III Secretion)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,2048
ポリマ－49,8512
非ポリマー3546
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3920 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area22310 Å2
手法PISA
4
G: RetS (Regulator of Exopolysaccharide and Type III Secretion)
H: RetS (Regulator of Exopolysaccharide and Type III Secretion)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,1457
ポリマ－49,8512
非ポリマー2955
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3870 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area22540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)158.708, 158.708, 243.826
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

-
要素

#1: タンパク質
RetS (Regulator of Exopolysaccharide and Type III Secretion)


分子量: 24925.367 Da / 分子数: 8 / 断片: kinase domain (UNP residues 416-649) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: retS, PA4856 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HUV7
#2: 化合物...
ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Co
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 250 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.34 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: sodium chloride, HEPES, cobalt chloride

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSLS-II 17-ID-110.97881, 0.9751
シンクロトロンAPS 31-ID20.97931
検出器
タイプID検出器日付
DECTRIS EIGER X 9M1PIXEL2017年8月4日
RAYONIX MX225HE2CCD2016年2月29日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si(111)MADMx-ray1
2diamond(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.978811
20.97511
30.979311
反射解像度: 2.6→56.89 Å / Num. obs: 96240 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 14.3 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 2.6→2.693 Å / 冗長度: 12.6 % / Rmerge(I) obs: 0.7454 / Num. unique obs: 13834 / CC1/2: 0.273 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
xia2データ削減
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.6→56.779 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.42 / 位相誤差: 28.22
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2606 2519 2.72 %
Rwork0.211 --
obs0.2123 92477 96.34 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 145.27 Å2 / Biso mean: 61.6017 Å2 / Biso min: 16.92 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→56.779 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13864 0 24 250 14138
Biso mean--87.39 53.45 -
残基数----1795
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00614088
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.83819053
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0462291
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052495
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.4648669
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 18

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.6-2.650.39181110.3484017412879
2.65-2.70410.35821280.32664424455286
2.7041-2.76290.3261210.30554669479091
2.7629-2.82720.33051320.30164777490993
2.8272-2.89790.32741370.2994876501395
2.8979-2.97620.39091430.30334957510097
2.9762-3.06380.32851430.27125074521798
3.0638-3.16270.32891430.24985090523399
3.1627-3.27570.31411420.24555076521899
3.2757-3.40680.27761440.22965135527999
3.4068-3.56190.24441450.21575133527899
3.5619-3.74960.22591440.195651435287100
3.7496-3.98450.26381460.179951835329100
3.9845-4.2920.23441450.168751935338100
4.292-4.72380.20251460.151452195365100
4.7238-5.40680.21691460.17152435389100
5.4068-6.81020.26361480.22253105458100
6.8102-56.79240.21641550.1785439559498

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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