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- PDB-6dj6: The X-ray crystal structure of the Streptococcus pneumoniae Fatty... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dj6
タイトルThe X-ray crystal structure of the Streptococcus pneumoniae Fatty Acid Kinase (Fak) B2 protein loaded with cis-oleic acid to 1.9 Angstrom resolution
要素Fatty Acid Kinase (Fak) B2 protein (SPR1019)
キーワードTRANSFERASE / Streptococcus pneumoniae / Fatty acid kinase / oleic acid
機能・相同性
機能・相同性情報


Hypothetical Protein Tm841; Chain: A;domain 3 - #10 / Rossmann fold - #10170 / DegV / DegV, C-terminal domain / Uncharacterised protein, DegV family COG1307 / DegV domain profile. / Hypothetical Protein Tm841; Chain: A;domain 3 / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
OLEIC ACID / DegV family EDD domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Cuypers, M.G. / Subramanian, C. / White, S.W. / Rock, C.O.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The X-ray crystal structure of the Streptococcus pneumoniae Fatty Acid Kinase (Fak) B2 protein (SPR1019) loaded with cis-oleic acid to 1.9 Angstrom resolution
著者: Cuypers, M.G. / Subramanian, C. / White, S.W. / Rock, C.O.
履歴
登録2018年5月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年3月13日Group: Advisory / Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fatty Acid Kinase (Fak) B2 protein (SPR1019)
B: Fatty Acid Kinase (Fak) B2 protein (SPR1019)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,69710
ポリマ－68,6482
非ポリマー1,0488
水9,926551
1
A: Fatty Acid Kinase (Fak) B2 protein (SPR1019)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9987
ポリマ－34,3241
非ポリマー6746
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Fatty Acid Kinase (Fak) B2 protein (SPR1019)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,6993
ポリマ－34,3241
非ポリマー3752
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.720, 103.851, 108.174
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Fatty Acid Kinase (Fak) B2 protein (SPR1019)


分子量: 34324.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
遺伝子: SPR1019 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0I9AIE4
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-OLA / OLEIC ACID / オレイン酸


分子量: 282.461 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 551 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.75 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 0.1M HEPES pH 7.4, 10% v/v isopropanol, 20% w/v PEG4000
Temp details: controlled temperature room

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: pre frozen in Liquid N2
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→74.92 Å / Num. obs: 52631 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 17.034 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Rpim(I) all: 0.067 / Rrim(I) all: 0.129 / Χ2: 0.95 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 1.9→1.94 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.683 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 3366 / CC1/2: 0.479 / Rpim(I) all: 0.51 / Rrim(I) all: 0.896 / Χ2: 1.07 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0222精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: MODBASE sequence based generated 3D model

解像度: 1.9→54.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 4.349 / SU ML: 0.119 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.136 / ESU R Free: 0.14 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22655 2659 5.1 %RANDOM
Rwork0.17053 ---
obs0.17333 49927 97.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 24.118 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.12 Å20 Å2-0 Å2
2--1.86 Å2-0 Å2
3----1.98 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.9→54.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4282 0 71 551 4904
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0144540
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0174370
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3611.6576132
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9231.6710247
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3355582
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.40224.762189
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.26615864
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.5511514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.2618
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.024996
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02752
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6792.1592292
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.6792.1592291
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.5453.2322886
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.5453.2322887
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9632.5352248
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.9622.5352249
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.7183.6413247
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.33527.3095156
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.33427.3085157
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.318 202 -
Rwork0.27 3648 -
obs--99.48 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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