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万見
- PDB-6dhi: Butelase 1: Auto-Catalytic Cleavage as an Evolutionary Constraint... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dhi
タイトルButelase 1: Auto-Catalytic Cleavage as an Evolutionary Constraint for Macrocyclizing Endopeptidases
要素Asparaginyl endopeptidase
キーワードPLANT PROTEIN / Hydrolase / Asparaginyl endopeptidase
機能・相同性
機能・相同性情報


legumain / ligase activity / proteolysis involved in protein catabolic process / cysteine-type endopeptidase activity
類似検索 - 分子機能
Asparaginyl endopeptidase / Peptidase C13, legumain / Peptidase C13 family / Rossmann fold - #1460 / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Asparaginyl endopeptidase
類似検索 - 構成要素
生物種Clitoria ternatea (チョウマメ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Bond, C.S. / Haywood, J.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC)DP160100107 オーストラリア
引用ジャーナル: Plant J. / 年: 2019
タイトル: The macrocyclizing protease butelase 1 remains autocatalytic and reveals the structural basis for ligase activity.
著者: James, A.M. / Haywood, J. / Leroux, J. / Ignasiak, K. / Elliott, A.G. / Schmidberger, J.W. / Fisher, M.F. / Nonis, S.G. / Fenske, R. / Bond, C.S. / Mylne, J.S.
履歴
登録2018年5月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年8月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22019年6月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Asparaginyl endopeptidase
B: Asparaginyl endopeptidase
C: Asparaginyl endopeptidase
D: Asparaginyl endopeptidase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)210,8044
ポリマ－210,8044
非ポリマー00
水46826
1
A: Asparaginyl endopeptidase
C: Asparaginyl endopeptidase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,4022
ポリマ－105,4022
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Asparaginyl endopeptidase
D: Asparaginyl endopeptidase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,4022
ポリマ－105,4022
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)71.360, 147.687, 183.334
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14A
24B
15A
25C
16A
26D
17B
27C
18B
28D
19B
29C
110B
210D
111C
211D
112C
212D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYGLYTHRTHRAA44 - 16336 - 155
21GLYGLYTHRTHRBB44 - 16336 - 155
12THRTHRTYRTYRAA45 - 16237 - 154
22THRTHRTYRTYRCC45 - 16237 - 154
13GLYGLYTHRTHRAA44 - 16336 - 155
23GLYGLYTHRTHRDD44 - 16336 - 155
14HISHISSERSERAA165 - 481157 - 473
24HISHISSERSERBB165 - 481157 - 473
15HISHISSERSERAA165 - 481157 - 473
25HISHISSERSERCC165 - 481157 - 473
16HISHISSERSERAA165 - 481157 - 473
26HISHISSERSERDD165 - 481157 - 473
17THRTHRTYRTYRBB45 - 16237 - 154
27THRTHRTYRTYRCC45 - 16237 - 154
18GLYGLYTHRTHRBB44 - 16336 - 155
28GLYGLYTHRTHRDD44 - 16336 - 155
19HISHISSERSERBB165 - 481157 - 473
29HISHISSERSERCC165 - 481157 - 473
110HISHISSERSERBB165 - 481157 - 473
210HISHISSERSERDD165 - 481157 - 473
111THRTHRTYRTYRCC45 - 16237 - 154
211THRTHRTYRTYRDD45 - 16237 - 154
112HISHISSERSERCC165 - 481157 - 473
212HISHISSERSERDD165 - 481157 - 473

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.621768, -0.641548, -0.449245), (-0.476357, 0.76508, -0.433286), (0.621682, -0.055403, -0.781308)152.60205, 104.22303, 364.0433

-
要素

#1: タンパク質
Asparaginyl endopeptidase / Cte peptide ligase


分子量: 52701.066 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Clitoria ternatea (チョウマメ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A060D9Z7, legumain
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 10% PEG 8000, 0.2 M sodium chloride, and 0.1 M HEPES (pH 7.5)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年5月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→49.42 Å / Num. obs: 36031 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.2 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 3.1→3.24 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 1.33 / Num. unique obs: 4339 / CC1/2: 0.64 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5h0i

5h0i


解像度: 3.1→49.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.872 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.821 / SU B: 33.123 / SU ML: 0.566 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.606 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.30899 1844 5.1 %RANDOM
Rwork0.274 ---
obs0.27577 34123 99.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 67.784 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.42 Å20 Å20 Å2
2--2.02 Å20 Å2
3----5.44 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.1→49.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13158 0 0 26 13184
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.01913511
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.0212001
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3511.94118318
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.026327971
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.88851665
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.09524.482627
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.779152176
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.3181550
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0670.21934
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02115151
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.022727
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.18 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.381 127 -
Rwork0.387 2446 -
obs--99.96 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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