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- PDB-6dgd: PriA helicase bound to dsDNA of a DNA replication fork -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dgd
タイトルPriA helicase bound to dsDNA of a DNA replication fork
要素
  • DNA (5'-D(P*AP*GP*CP*AP*CP*GP*CP*CP*GP*AP*CP*T)-3')
  • DNA (5'-D(P*GP*AP*GP*CP*AP*CP*GP*CP*CP*GP*AP*CP*T)-3')
  • DNA (5'-D(P*GP*TP*CP*GP*GP*CP*GP*TP*GP*CP*TP*C)-3')
  • Primosomal protein N'
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / DNA replication restart / PriA helicase / DNA replication fork binding / dsDNA / leading arm / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


primosome complex / DNA replication, synthesis of primer / DNA unwinding involved in DNA replication / DNA helicase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / hydrolase activity / DNA binding / zinc ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Primosomal protein N' / PriA DNA helicase, Cys-rich region (CRR) domain / Primosomal protein N', 3' DNA-binding domain / Primosomal protein N, C-terminal domain / Primosomal protein N', 3' DNA-binding domain superfamily / 3'DNA-binding domain (3'BD) / Primosomal protein N C-terminal domain / PriA DNA helicase Cys-rich region (CRR) domain / DEAD/DEAH box helicase / DEAD/DEAH box helicase domain ...Primosomal protein N' / PriA DNA helicase, Cys-rich region (CRR) domain / Primosomal protein N', 3' DNA-binding domain / Primosomal protein N, C-terminal domain / Primosomal protein N', 3' DNA-binding domain superfamily / 3'DNA-binding domain (3'BD) / Primosomal protein N C-terminal domain / PriA DNA helicase Cys-rich region (CRR) domain / DEAD/DEAH box helicase / DEAD/DEAH box helicase domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Primosomal protein N'
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.823 Å
データ登録者Satyshur, K.A. / Windgassen, T.A. / Keck, J.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM098885 米国
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Structure-specific DNA replication-fork recognition directs helicase and replication restart activities of the PriA helicase.
著者: Windgassen, T.A. / Leroux, M. / Satyshur, K.A. / Sandler, S.J. / Keck, J.L.
履歴
登録2018年5月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年9月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22018年10月10日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / entity
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _entity.formula_weight
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / Structure summary / カテゴリ: entity / pdbx_audit_support
Item: _entity.formula_weight / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_radiation_wavelength.wavelength

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Primosomal protein N'
B: Primosomal protein N'
W: DNA (5'-D(P*AP*GP*CP*AP*CP*GP*CP*CP*GP*AP*CP*T)-3')
X: DNA (5'-D(P*GP*TP*CP*GP*GP*CP*GP*TP*GP*CP*TP*C)-3')
Y: DNA (5'-D(P*GP*AP*GP*CP*AP*CP*GP*CP*CP*GP*AP*CP*T)-3')
Z: DNA (5'-D(P*GP*TP*CP*GP*GP*CP*GP*TP*GP*CP*TP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)183,64423
ポリマ－182,1346
非ポリマー1,51017
水362
1
A: Primosomal protein N'
W: DNA (5'-D(P*AP*GP*CP*AP*CP*GP*CP*CP*GP*AP*CP*T)-3')
X: DNA (5'-D(P*GP*TP*CP*GP*GP*CP*GP*TP*GP*CP*TP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,80213
ポリマ－90,9023
非ポリマー89910
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Primosomal protein N'
Y: DNA (5'-D(P*GP*AP*GP*CP*AP*CP*GP*CP*CP*GP*AP*CP*T)-3')
Z: DNA (5'-D(P*GP*TP*CP*GP*GP*CP*GP*TP*GP*CP*TP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,84310
ポリマ－91,2323
非ポリマー6117
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)100.560, 106.760, 256.830
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Primosomal protein N' / ATP-dependent helicase PriA


分子量: 83599.625 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
遺伝子: priA, B1727_25905, CPT10_21250, SAMEA3304003_04572
プラスミド: pET28-K.pneumoniae PriA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2
参照: UniProt: A0A1W2ITH4, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与

-
DNA鎖 , 3種, 4分子 WXZY

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*AP*GP*CP*AP*CP*GP*CP*CP*GP*AP*CP*T)-3')


分子量: 3632.382 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*TP*CP*GP*GP*CP*GP*TP*GP*CP*TP*C)-3')


分子量: 3670.377 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*AP*GP*CP*AP*CP*GP*CP*CP*GP*AP*CP*T)-3')


分子量: 3961.588 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 3種, 19分子

#5: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 4

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
13.7867.5
2
3
4
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2931蒸気拡散法, ハンギングドロップ法5.685 mM sodium citrate-NaOH pH 5.60, 0.25 M ammonium suflate, 0.75 M lithium sulfate, and 4 % glycerol
2932蒸気拡散法, ハンギングドロップ法5.685 mM sodium citrate-NaOH pH 5.60, 0.25 M ammonium suflate, 0.8 M lithium sulfate, 4 % glycerol, 5 mM spermidine tetrahydrochloride, 20 mM praseodymium III acetate hydrate
2933蒸気拡散法, ハンギングドロップ法5.685 mM sodium citrate-NaOH pH 5.60, 0.25 M ammonium suflate, 0.75 M lithium sulfate, 4 % glycerol, 5 mM spermidine tetrahydrochloride, and 0.1-0.2 mM adenosine diphosphate
2934蒸気拡散法, ハンギングドロップ法5.685 mM sodium citrate-NaOH pH 5.60, 0.25 M ammonium suflate, 0.75 M lithium sulfate, 4 % glycerol, 5 mM spermidine tetrahydrochloride, and 0.1-0.2 mM potassium chloride

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21002
31003
41004
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 21-ID-D11.1271295
シンクロトロンAPS 21-ID-D21.1271295
シンクロトロンAPS 21-ID-D31.1271997
シンクロトロンAPS 21-ID-D41.1271997
検出器
タイプID検出器日付
DECTRIS EIGER X 9M1PIXEL2016年11月26日
DECTRIS EIGER X 9M2PIXEL2016年11月26日
DECTRIS EIGER X 9M3PIXEL2016年6月25日
DECTRIS EIGER X 9M4PIXEL2016年6月25日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
3SINGLE WAVELENGTHMx-ray3
4SINGLE WAVELENGTHMx-ray4
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.12712951
21.12719971
31
41
反射

Entry-ID: 6DGD / CC1/2: 0.999

解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)冗長度 (%)Rmerge(I) obsRrim(I) allDiffraction-IDNet I/σ(I)
2.823-49.3436696898.637.90.21540.2183111.93
2.83-49.4966262794.114.50.107213.64
2.81-49.876692498.513.40.097316.87
3-49.325544998.813.3413.53
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) allDiffraction-ID% possible all
2.823-2.92424.60.7562760.5783.78186.57
2.83-2.9114.50.6744480.5834.102291.2
2.81-2.8910.70.739960.4583.237380.6
3-3.0810.70.6334480.2664.283484.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4NL4 removing the winged helix domain

4nl4


解像度: 2.823→49.343 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 36.26
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2899 1999 -
Rwork0.2475 --
obs-66476 98.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.823→49.343 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10577 1000 69 2 11648
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01312108
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.13416655
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.6366908
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0651897
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071983
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.823-2.8920.50161740.45045884X-RAY DIFFRACTION89.06
2.8937-2.97190.44881360.39074588X-RAY DIFFRACTION100
2.9719-3.05930.39131520.34874607X-RAY DIFFRACTION100
3.0593-3.15810.3671350.32564598X-RAY DIFFRACTION100
3.1581-3.27090.38661400.30374586X-RAY DIFFRACTION100
3.2709-3.40180.32851480.28054610X-RAY DIFFRACTION100
3.4018-3.55660.3031420.27064639X-RAY DIFFRACTION100
3.5566-3.74410.31041370.26334624X-RAY DIFFRACTION100
3.7441-3.97860.30751540.25284641X-RAY DIFFRACTION100
3.9786-4.28560.27871520.22744656X-RAY DIFFRACTION100
4.2856-4.71660.28021400.21044662X-RAY DIFFRACTION100
4.7166-5.39830.25121390.23474686X-RAY DIFFRACTION100
5.3983-6.79850.29731470.26964759X-RAY DIFFRACTION100
6.7985-49.3430.2641520.20254932X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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