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万見
- PDB-6dg1: NMR structure of the second qRRM2 domain of human hnRNP H -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dg1
タイトルNMR structure of the second qRRM2 domain of human hnRNP H
要素qRRM2 domain of Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein H2
キーワードRNA BINDING PROTEIN / hnRNP H / Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein H / HqRRM2 / qRRM2
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of RNA splicing / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / mRNA Splicing - Major Pathway / postsynaptic density / ribonucleoprotein complex / RNA binding / nucleoplasm / membrane / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Zinc finger, CHHC-type / RNPHF zinc finger / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits ...Zinc finger, CHHC-type / RNPHF zinc finger / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein H2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Srinivasa, R.P.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM101979 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41 GM103622 米国
引用ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2018
タイトル: Differential Conformational Dynamics Encoded by the Inter-qRRM linker of hnRNP H.
著者: Penumutchu, S. / Chiu, L.Y. / Meagher, J.L. / Hansen, A.L. / Stuckey, J.A. / Tolbert, B.S.
履歴
登録2018年5月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年9月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月11日Group: Author supporting evidence / Data collection
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.22023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: qRRM2 domain of Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein H2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,7911
ポリマ－11,7911
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area5780 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 800structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 qRRM2 domain of Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein H2 / hnRNP H2 / FTP-3 / Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein H' / hnRNP H'


分子量: 11791.324 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HNRNPH2, FTP3, HNRPH2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P55795

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic11H-15N HSQC
121isotropic1HNCA
131isotropic1HN(CO)CA
141isotropic1HN(CA)CB
151isotropic1CBCA(CO)NH
161isotropic1HNCO
171isotropic1HN(CA)CO
181isotropic1HBHA(CO)NH
191isotropic1(H)CCCH-TOCSY
1101isotropic1H(C)CCH-TOCSY
1111isotropic23D NOESY-(13C-1H)-HSQC
1121isotropic23D NOESY-(15N-1H)-HSQC

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 1.5 mM C13_N15 qRRM2 domain of hnRNP H, 90% H2O/10% D2O
詳細: 20mM sodium phosphate, 20 mM NaCl, 4mM TCEP and 10 % D2O at pH 6.2
Label: [U-100% 13C; U-100% 15N] / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料濃度: 1.5 mM / 構成要素: qRRM2 domain of hnRNP H / Isotopic labeling: C13_N15
試料状態イオン強度: 40 mM / Label: conditions_1 / pH: 6.2 / 圧: 760 mmHg / 温度: 305 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III9001
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III8002

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
SparkyGoddardchemical shift assignment
SparkyGoddardpeak picking
ARIALinge, O'Donoghue and Nilgesstructure calculation
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 5
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 800 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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