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- PDB-6dex: Structure of Eremothecium gossypii Shu1:Shu2 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dex
タイトルStructure of Eremothecium gossypii Shu1:Shu2 complex
要素(Suppressor of hydroxyurea sensitivity protein ...) x 2
キーワードRECOMBINATION / Homologous recombination / Rad51 paralog / Shu complex
機能・相同性DNA recombination / DNA repair / nucleus / metal ion binding / Suppressor of hydroxyurea sensitivity protein 2 / ABR011Wp
機能・相同性情報
生物種Eremothecium gossypii ATCC 10895 (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Singh, N. / Corbett, K.D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM104141 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of Eremothecium gossypii Shu1:Shu2 complex
著者: Singh, N. / Corbett, K.D.
履歴
登録2018年5月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set / Item: _pdbx_related_exp_data_set.data_reference
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Suppressor of hydroxyurea sensitivity protein 1
B: Suppressor of hydroxyurea sensitivity protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,9665
ポリマ－39,6692
非ポリマー2973
水1,78399
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3310 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area15230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.252, 83.909, 107.082
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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Suppressor of hydroxyurea sensitivity protein ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Suppressor of hydroxyurea sensitivity protein 1 / ABR011Wp


分子量: 16753.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Eremothecium gossypii ATCC 10895 (菌類)
株: ATCC 10895 / CBS 109.51 / FGSC 9923 / NRRL Y-1056 / 遺伝子: AGOS_ABR011W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q75DL0
#2: タンパク質 Suppressor of hydroxyurea sensitivity protein 2


分子量: 22915.311 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Eremothecium gossypii ATCC 10895 (菌類)
株: ATCC 10895 / CBS 109.51 / FGSC 9923 / NRRL Y-1056 / 遺伝子: SHU2, AGR140C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q74ZQ8

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非ポリマー , 4種, 102分子

#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-NHE / 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID / N-CYCLOHEXYLTAURINE / CHES / 2-(シクロヘキシルアミノ)エタンスルホン酸


分子量: 207.290 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H17NO3S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.77 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5 / 詳細: 0.1M MgCl2, 0.1M CHES pH 9.5, 25% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1.2826 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2826 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→40 Å / Num. obs: 34114 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 11.25
反射 シェル解像度: 2.1→2.22 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.26 / Num. unique obs: 5674 / CC1/2: 0.942 / % possible all: 93

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5XYN

5xyn


解像度: 2.1→39.063 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.93 / 位相誤差: 32.19 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2703 1666 4.89 %
Rwork0.2512 --
obs0.2522 34037 89.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→39.063 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2586 0 15 99 2700
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082661
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.073624
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.8351573
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045411
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008467
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.16180.3461400.33882792X-RAY DIFFRACTION94
2.1618-2.23160.3441470.31862817X-RAY DIFFRACTION94
2.2316-2.31130.29881520.29442848X-RAY DIFFRACTION94
2.3113-2.40380.33391460.28772744X-RAY DIFFRACTION93
2.4038-2.51320.30831350.2832773X-RAY DIFFRACTION92
2.5132-2.64570.31391190.28072626X-RAY DIFFRACTION88
2.6457-2.81140.30981430.29122764X-RAY DIFFRACTION92
2.8114-3.02840.25691310.28332694X-RAY DIFFRACTION90
3.0284-3.3330.30831280.27492617X-RAY DIFFRACTION87
3.333-3.8150.29771440.25462459X-RAY DIFFRACTION82
3.815-4.80510.1881460.1982647X-RAY DIFFRACTION89
4.8051-39.070.27531350.22422590X-RAY DIFFRACTION86
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.29550.1431-0.28521.9905-0.57133.81230.2504-0.7705-0.26690.7719-0.24760.061-0.0156-0.030.01370.4164-0.10280.02360.33780.03160.336121.99714.8791-3.1275
22.66680.49030.44354.3384-1.71173.65870.0218-0.04010.1614-0.1050.14120.4396-0.2445-0.2064-0.14070.28550.01940.02180.2325-0.03720.327716.085718.497-26.4174
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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