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- PDB-6dep: Crystal structure of Candida albicans acetohydroxyacid synthase i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dep
タイトルCrystal structure of Candida albicans acetohydroxyacid synthase in complex with the herbicide sulfometuron methyl
要素Acetolactate synthase
キーワードtransferase/transferase inhibitor / AHAS / acetohydroxyacid synthase / acetolactate synthase / herbicide / thiamin diphosphate / FAD / transferase / sulfometuron methyl / sulfonylurea / transferase-transferase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


acetolactate synthase complex / acetolactate synthase / acetolactate synthase activity / L-valine biosynthetic process / isoleucine biosynthetic process / thiamine pyrophosphate binding / flavin adenine dinucleotide binding / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic / Acetolactate synthase large subunit, TPP binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme / TPP-binding enzyme, conserved site / Thiamine pyrophosphate enzymes signature. / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP-binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP-binding ...Acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic / Acetolactate synthase large subunit, TPP binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme / TPP-binding enzyme, conserved site / Thiamine pyrophosphate enzymes signature. / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP-binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP-binding / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP binding domain / Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains / TPP-binding domain / Thiamin diphosphate-binding fold / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1SM / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / : / Chem-TP9 / Chem-TZD / Acetolactate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Candida albicans (酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.149 Å
データ登録者Garcia, M.D. / Guddat, L.W.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1008736 オーストラリア
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Commercial AHAS-inhibiting herbicides are promising drug leads for the treatment of human fungal pathogenic infections.
著者: Garcia, M.D. / Chua, S.M.H. / Low, Y.S. / Lee, Y.T. / Agnew-Francis, K. / Wang, J.G. / Nouwens, A. / Lonhienne, T. / Williams, C.M. / Fraser, J.A. / Guddat, L.W.
履歴
登録2018年5月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月10日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / entity
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _entity.formula_weight
改定 1.22018年10月17日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / entity
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _entity.formula_weight
改定 1.32020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acetolactate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,3817
ポリマ－74,3151
非ポリマー2,0666
水11,385632
1
A: Acetolactate synthase
ヘテロ分子

A: Acetolactate synthase
ヘテロ分子

A: Acetolactate synthase
ヘテロ分子

A: Acetolactate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)305,52528
ポリマ－297,2614
非ポリマー8,26424
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z+2/31
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+2/31
Buried area31020 Å2
ΔGint-184 kcal/mol
Surface area76720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)175.893, 175.893, 177.029
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number180
Space group name H-MP6222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-808-

HOH

21A-848-

HOH

31A-910-

HOH

41A-1236-

HOH

51A-1261-

HOH

61A-1278-

HOH

71A-1281-

HOH

81A-1318-

HOH

91A-1344-

HOH

101A-1375-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Acetolactate synthase


分子量: 74315.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Candida albicans (strain SC5314 / ATCC MYA-2876) (酵母)
株: SC5314 / ATCC MYA-2876 / 遺伝子: ILV2, orf19.1613, CAALFM_C302320WA / プラスミド: pET30a(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1D8PJF9, acetolactate synthase

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非ポリマー , 7種, 638分子

#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-1SM / METHYL 2-[({[(4,6-DIMETHYLPYRIMIDIN-2-YL)AMINO]CARBONYL}AMINO)SULFONYL]BENZOATE / SULFOMETURON METHYL / スルホメツロンメチル


分子量: 364.376 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H16N4O5S
#6: 化合物 ChemComp-TZD / 2-{3-[(4-AMINO-2-METHYLPYRIMIDIN-5-YL)METHYL]-4-METHYL-2-OXO-2,3-DIHYDRO-1,3-THIAZOL-5-YL}ETHYL TRIHYDROGEN DIPHOSPHATE / THIAMIN THIAZOLONE DIPHOSPHATE / チアミンチアゾロン二りん酸


分子量: 440.306 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H18N4O8P2S
#7: 化合物 ChemComp-TP9 / (3Z)-4-{[(4-AMINO-2-METHYLPYRIMIDIN-5-YL)METHYL]AMINO}-3-MERCAPTOPENT-3-EN-1-YL TRIHYDROGEN DIPHOSPHATE


分子量: 412.296 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N4O7P2S
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 632 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 77 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 1 mM FAD, 1 mM ThDP, 5 mM MgCl2, 5 mM DTT, 3 mM sodium pyruvate, 1 M Na/K tartrate, 0.1 M CHES, and 0.2 M ammonium sulfate, 1 mM sulfometuron methyl
PH範囲: 9.4-9.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月23日
放射モノクロメーター: SI(III) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.149→48.26 Å / Num. obs: 87576 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 10.9 % / Rmerge(I) obs: 0.132 / Rpim(I) all: 0.058 / Rrim(I) all: 0.145 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 2.149→2.19 Å / 冗長度: 10.3 % / Rmerge(I) obs: 0.65 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 4151 / Rpim(I) all: 0.29 / Rrim(I) all: 0.717 / % possible all: 94.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6DEK

6dek


解像度: 2.149→46.647 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.82
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1724 2000 2.29 %
Rwork0.1445 --
obs0.1452 87492 99.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.149→46.647 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4538 0 132 632 5302
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034866
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9066649
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.5221795
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.028748
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003855
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1486-2.20230.25471350.2275763X-RAY DIFFRACTION96
2.2023-2.26190.26731410.21526025X-RAY DIFFRACTION100
2.2619-2.32840.21741410.19486041X-RAY DIFFRACTION100
2.3284-2.40360.19921420.18576047X-RAY DIFFRACTION100
2.4036-2.48950.22881410.1856054X-RAY DIFFRACTION100
2.4895-2.58920.19191420.17266075X-RAY DIFFRACTION100
2.5892-2.7070.20221430.16516083X-RAY DIFFRACTION100
2.707-2.84970.20341410.16086070X-RAY DIFFRACTION100
2.8497-3.02820.19221430.15596098X-RAY DIFFRACTION100
3.0282-3.2620.16041430.1426128X-RAY DIFFRACTION100
3.262-3.59010.13871440.12516162X-RAY DIFFRACTION100
3.5901-4.10940.13291450.11146166X-RAY DIFFRACTION100
4.1094-5.17630.13931460.10716269X-RAY DIFFRACTION100
5.1763-46.65820.16881530.13866511X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 20.1725 Å / Origin y: 80.4359 Å / Origin z: 75.6768 Å
111213212223313233
T0.1405 Å20.0147 Å20.031 Å2-0.2228 Å20.0311 Å2--0.2091 Å2
L0.6893 °2-0.2856 °2-0.0733 °2-0.6054 °20.0232 °2--0.7733 °2
S-0.0171 Å °-0.1441 Å °-0.0798 Å °0.0657 Å °0.0079 Å °0.0319 Å °0.0881 Å °0.0474 Å °0.0601 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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