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- PDB-6de9: mitoNEET bound to furosemide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6de9
タイトルmitoNEET bound to furosemide
要素CDGSH iron-sulfur domain-containing protein 1
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / mitoNEET / FES / furosemide
機能・相同性
機能・相同性情報


cysteine transaminase / L-cysteine transaminase activity / : / regulation of cellular respiration / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / pyridoxal phosphate binding / mitochondrial outer membrane / intracellular iron ion homeostasis / regulation of autophagy / protein homodimerization activity ...cysteine transaminase / L-cysteine transaminase activity / : / regulation of cellular respiration / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / pyridoxal phosphate binding / mitochondrial outer membrane / intracellular iron ion homeostasis / regulation of autophagy / protein homodimerization activity / mitochondrion / metal ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Iron sulphur domain-containing, mitoNEET, N-terminal / Iron-containing outer mitochondrial membrane protein N-terminus / CDGSH iron-sulfur domain-containing protein 1/2 / Iron-binding zinc finger CDGSH type / Iron-binding zinc finger, CDGSH type / MitoNEET, CDGSH iron-sulfur domain / CDGSH-type zinc finger. Function unknown.
類似検索 - ドメイン・相同性
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / Chem-FUN / CDGSH iron-sulfur domain-containing protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Robart, A.R. / Geldenhuys, W.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Center for Advancing Translational Sciences (NIH/NCATS) 米国
引用ジャーナル: Commun Chem / 年: 2019
タイトル: Crystal structure of the mitochondrial protein mitoNEET bound to a benze-sulfonide ligand.
著者: Geldenhuys, W.J. / Long, T.E. / Saralkar, P. / Iwasaki, T. / Nunez, R.A.A. / Nair, R.R. / Konkle, M.E. / Menze, M.A. / Pinti, M.V. / Hollander, J.M. / Hazlehurst, L.A. / Robart, A.R.
履歴
登録2018年5月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22022年3月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CDGSH iron-sulfur domain-containing protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,6853
ポリマ－9,1791
非ポリマー5072
水84747
1
A: CDGSH iron-sulfur domain-containing protein 1
ヘテロ分子

A: CDGSH iron-sulfur domain-containing protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,3706
ポリマ－18,3572
非ポリマー1,0134
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_655-x+1,-y,z1
Buried area4860 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area10760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.830, 58.830, 176.750
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-340-

HOH

21A-345-

HOH

31A-347-

HOH

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要素

#1: タンパク質 CDGSH iron-sulfur domain-containing protein 1 / MitoNEET


分子量: 9178.610 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 32-108 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CISD1, C10orf70, ZCD1, MDS029 / プラスミド: pET11a-His-SUMO-mitoNEET / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NZ45
#2: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#3: 化合物 ChemComp-FUN / 5-(AMINOSULFONYL)-4-CHLORO-2-[(2-FURYLMETHYL)AMINO]BENZOIC ACID / Furosemide / フロセミド


分子量: 330.744 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H11ClN2O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.63 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 60% v/v Tacsimate TM, pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1.74 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月11日
放射モノクロメーター: cryo-cooled double crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.74 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→30.3 Å / Num. obs: 11815 / % possible obs: 99.92 % / 冗長度: 21.8 % / Biso Wilson estimate: 38.37 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.0353 / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.1 / Net I/σ(I): 40.9 / Num. measured all: 257706 / Scaling rejects: 840
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.95-2.0221.10.25332.247990.7960.2981.378100
8.94-30.321.70.0661590.9990.0130.06898.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
MOSFLMデータ削減
Aimless0.6.3データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3REE

3ree


解像度: 1.95→30.3 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.31
Rfactor反射数%反射
Rfree0.221 1180 10.01 %
Rwork0.1997 --
obs0.2016 11791 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 136.51 Å2 / Biso mean: 42.3479 Å2 / Biso min: 25.06 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.95→30.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数617 0 25 47 689
Biso mean--93.3 41.46 -
残基数----75
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
1.95-2.020.32731440.31711296
2.02-2.14640.26181420.25921283
2.1464-2.28090.27211450.22971297
2.2809-2.45690.28581470.21961321
2.4569-2.7040.21861440.2131300
2.704-3.0950.27651480.23121331
3.095-3.8980.20521500.17921347
3.898-30.30.17671600.16951436

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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