PDB-6ddn: The sulfate-binding protein SubI from Mycobacterium tuberculosis H37Rv

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ddn

タイトル

The sulfate-binding protein SubI from Mycobacterium tuberculosis H37Rv

要素

Probable sulfate-binding lipoprotein SubI

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / sulfate-binding protein

機能・相同性

機能・相同性情報

ABC-type sulfate transporter activity / Sulfate assimilation / sulfate assimilation / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.295 Å

データ登録者

Meza, A.N. / Balan, A. / Nascimento, A.F.Z.

資金援助

ブラジル, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural characterization of SubI, a new target for Mycobacterium tuberculosis
著者: Meza, A.N. / Nascimento, A.F.Z. / Balan, A.

履歴

登録	2018年5月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年5月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ddn.cif.gz	242.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ddn.ent.gz	198 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ddn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6ddn_validation.pdf.gz	486.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ddn_full_validation.pdf.gz	494.4 KB	表示
XML形式データ	6ddn_validation.xml.gz	24.6 KB	表示
CIF形式データ	6ddn_validation.cif.gz	33.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dd/6ddn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dd/6ddn	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1sbpS 5um2 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6r49-d 1h5k-d 1h5i-d 1sch-2 3p86-2 5xy1-d 5drd-d 4jbp-d 4l7s-2 3dj7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Probable sulfate-binding lipoprotein SubI

B: Probable sulfate-binding lipoprotein SubI

ヘテロ分子

76.6 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Probable sulfate-binding lipoprotein SubI

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
38.3 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Probable sulfate-binding lipoprotein SubI

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.3 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	243.732, 243.732, 243.732
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	210
Space group name H-M	F4₁32

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-402- SO4
2	1	A-402- SO4
3	1	B-404- SO4
4	1	B-404- SO4
5	1	A-511- HOH
6	1	B-518- HOH
7	1	B-553- HOH

#1: タンパク質	Probable sulfate-binding lipoprotein SubI 分子量: 37277.605 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: subI, Rv2400c / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P71744
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.91 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: Tris 100 mM pH 8.5, Sodium acetate 200 mM e PEG 4000 16% (w/v)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.4586 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月31日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.4586 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.295→46.91 Å / Num. obs: 27656 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 65.6 % / B_iso Wilson estimate: 61.72 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.379 / R_rim(I) all: 0.382 / Net I/σ(I): 15.65
反射シェル	解像度: 2.295→2.43 Å / 冗長度: 30.8 % / R_merge(I) obs: 11.3 / Mean I/σ(I) obs: 0.32 / Num. unique obs: 4395 / CC_1/2: 0.604 / R_rim(I) all: 11.5 / % possible all: 98.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
XDS	Nov 11, 2017 BUILT=20180124	データ削減
XDS	Nov 11, 2017 BUILT=20180124	データスケーリング
PHASER	2.7.17	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1SBP

1sbp

解像度: 2.295→46.906 Å / SU ML: 0.52 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 45.84

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.313	1338	4.99 %
R_work	0.2698	-	-
obs	0.272	26803	94.88 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 61.09 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.295→46.906 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4324	0	117	112	4553

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	4541
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.701	6203
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.47	2638
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	681
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	811

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2954-2.3774	0.7731	83	0.7325	1662	X-RAY DIFFRACTION	64
2.3774-2.4726	0.4219	136	0.4503	2534	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4726-2.5851	0.4307	139	0.3972	2619	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5851-2.7214	0.4501	137	0.3714	2605	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7214-2.8919	0.3349	139	0.3012	2652	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8919-3.1151	0.3991	130	0.3619	2473	X-RAY DIFFRACTION	93
3.1151-3.4285	0.3433	140	0.2593	2664	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4285-3.9244	0.2838	141	0.2173	2691	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9244-4.9435	0.2389	140	0.1938	2672	X-RAY DIFFRACTION	98
4.9435-46.916	0.2341	153	0.2022	2893	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.565	0.8468	4.2564	2.6362	0.4646	7.2411	1.6396	2.3904	1.5217	-1.0729	-0.7635	-0.911	-0.9795	0.1388	-0.2388	0.7626	0.2401	0.2875	1.0821	0.4625	0.5993	49.8603	15.744	2.3374
2	0.858	-1.3166	0.398	7.7454	-3.8512	3.3212	0.0394	-0.5519	0.0009	-0.5149	-0.4349	-0.1588	0.5442	0.3034	0.2662	0.3817	-0.0424	-0.0494	0.6714	0.0555	0.584	38.5348	12.7069	8.0483
3	2.0125	6.2926	-7.4859	3.8626	-4.6011	5.4691	0.3993	1.0995	1.5453	0.2102	0.3211	-1.3242	-1.1839	0.9685	0.1778	0.8983	-0.2229	0.1205	0.8402	0.0908	0.7204	45.16	27.2856	4.8791
4	1.9715	0.9466	2.0574	7.9707	-0.6586	2.2659	-0.0187	0.5415	-0.4206	-0.1903	-0.1654	-0.3935	0.061	1.1668	0.0397	0.6573	0.04	0.1545	0.6122	-0.0972	0.6378	45.8401	4.893	7.3305
5	7.5491	-0.0446	-1.9914	7.4509	-0.661	6.1786	-0.5467	-0.363	0.2625	0.2417	0.0552	-0.5916	0.5228	0.6526	0.3079	0.5458	0.0433	0.0291	0.6126	0.0175	0.6007	48.9132	4.4095	13.6664
6	6.8993	-0.0714	-4.3662	2.7067	4.0486	9.7962	0.2181	1.0468	0.7254	1.166	0.4948	-1.9876	0.4287	1.1252	-0.6503	0.5072	0.0318	-0.1127	0.7318	0.0983	0.5389	56.0539	4.6092	18.6312
7	4.0627	-4.7273	-4.5957	5.6366	5.38	5.1718	-0.6697	1.1031	0.998	-0.4661	-0.1647	-0.5295	-2.8771	-1.1809	0.3142	0.9828	0.0624	-0.1507	0.8229	0.0579	0.7588	49.1411	14.0286	24.6183
8	0.5365	-0.2848	-1.2479	0.9582	1.5941	2.6429	0.4003	-0.1715	-0.3487	0.1515	-0.3074	-0.1593	0.2504	-0.6702	-0.0343	0.4572	-0.0081	-0.1984	0.4861	0.1927	0.3507	24.0839	0.8711	19.3193
9	8.5165	2.66	-1.8899	2.6656	-0.399	2.3429	-0.5821	-0.5354	-0.0819	-0.307	0.3642	-0.0232	0.0404	0.2232	0.1334	0.5563	0.0144	-0.0581	0.5257	0.012	0.5902	28.7224	-7.5683	21.7289
10	4.6459	-3.561	-4.6231	9.619	3.4996	4.4744	-0.3274	-1.0416	-0.1542	1.9119	-0.8395	0.7828	0.37	0.0566	0.8597	0.682	-0.0829	-0.0878	0.5069	-0.0811	0.5171	32.6082	-4.7167	32.516
11	7.0516	4.7441	1.9941	3.4763	1.4873	7.3246	0.5071	-1.6676	0.4021	-0.0296	-0.8676	-2.4324	0.5354	0.0521	0.5379	1.0261	0.2052	-0.2099	0.9131	0.0712	0.7499	34.7746	-9.2848	37.7993
12	6.1225	2.2621	-2.2703	7.6954	3.5817	3.6623	-0.1744	-0.5177	-1.4974	1.4305	-0.0773	1.1787	0.4944	-1.3297	0.4003	0.7097	0.0503	-0.0308	0.6538	0.0669	0.7001	30.682	-13.9928	28.4118
13	8.8247	6.544	-6.0107	5.4159	-5.0867	5.1329	-1.1046	0.8788	-0.7579	-1.2389	1.2162	0.2717	1.0493	-1.4549	-0.0144	0.5145	-0.0621	-0.0247	0.5792	-0.0403	0.4791	31.5996	-13.8559	17.5022
14	5.0363	4.9419	-2.3998	5.1146	-2.836	5.9875	0.1126	0.4377	-1.2973	-0.2613	0.0547	-0.6574	1.1309	0.2086	-0.0923	0.7026	0.0595	0.0366	0.6129	0.0724	0.4987	26.9072	-6.1208	9.1463
15	6.8927	-0.767	-5.6515	4.6983	-2.395	6.5025	-0.3438	-0.0243	-0.4791	-0.601	0.0375	-0.1867	1.4189	2.355	-0.5432	0.7318	-0.242	-0.3455	0.5281	-0.0226	0.5458	28.5425	1.279	16.6426
16	4.6636	5.088	3.3896	6.7849	1.8261	6.4695	-0.2542	-0.8649	0.8826	-0.3975	-0.4486	0.7452	0.2895	-1.2903	0.6375	0.6306	0.0857	0.1277	0.5508	0.1425	0.7471	21.5652	4.4844	10.8145
17	3.4464	2.5447	-4.4284	2.6698	-4.1475	6.1166	-0.8907	-1.1671	-0.3472	-0.2923	0.0833	-0.5288	0.8064	0.8416	0.509	0.4869	-0.0346	0.0002	0.4531	-0.1516	0.457	39.4326	6.7911	20.8382
18	2.2282	0.1358	-4.5437	2.0368	-0.0648	3.2918	0.4995	-0.1626	0.5571	0.3148	-0.0418	0.1743	-0.256	0.2987	-0.2594	0.5183	0.0251	-0.1532	0.5877	-0.0557	0.5862	35.6215	17.4456	18.3501
19	9.304	2.775	-7.1437	5.2422	-4.4457	7.0368	-0.7625	-1.0376	-0.6891	1.5617	0.1218	-0.8404	-0.8282	2.6335	0.6702	0.53	0.0291	-0.1208	1.2712	-0.2291	0.4546	40.286	1.7098	32.4844
20	6.807	-3.5257	-1.5338	7.709	3.0168	4.7967	1.3188	-0.8131	0.4705	2.6976	-2.9343	-0.3081	-1.9793	3.2665	1.0022	1.6089	-0.2993	0.212	1.4859	0.0759	0.8544	43.7017	-8.1767	28.2626
21	1.9548	-4.7522	0.6444	6.2094	3.1186	5.1782	-0.7527	-1.1851	-4.2911	0.7431	-0.636	1.2954	0.5896	-1.5745	1.4361	0.4164	-0.3716	0.2897	0.9386	-0.3564	0.8612	72.1139	2.3941	15.6957
22	1.065	-0.9301	1.3409	3.9056	-2.6664	2.3231	0.2966	-0.1112	-0.6998	-0.0663	0.0376	0.2327	0.038	1.0126	-0.2824	0.5072	-0.008	0.054	0.5263	-0.0418	0.6135	83.602	8.4041	12.1214
23	8.3431	1.1528	0.2007	4.0328	-0.8269	1.2084	-0.3481	-1.427	-0.5215	1.26	-0.2127	-0.2612	1.7437	-0.9435	0.4899	0.8517	-0.0143	0.1424	0.8789	0.1847	0.6822	76.5781	3.1017	24.4724
24	8.9109	-1.1234	1.6357	5.3354	0.0826	5.9128	0.0639	0.2579	-1.0464	-0.2895	0.2021	0.6606	-0.8089	0.2322	-0.3464	0.5158	-0.0341	-0.094	0.7868	0.0002	0.6684	75.0857	8.857	1.7947
25	3.9404	1.0264	0.6004	2.7116	-0.652	4.0798	0.6426	-0.8447	-0.7217	-0.3745	-0.1802	0.2959	0.2328	-1.1102	-0.0998	0.3563	0.0286	-0.094	0.9087	0.2426	0.7755	72.6792	14.9851	4.443
26	5.4523	-4.8001	4.5687	5.469	-2.7043	5.3877	0.9852	-1.1541	-0.0589	0.3139	0.0244	2.6603	-1.0017	0.1193	-0.8756	0.5892	-0.1448	0.1933	1.0665	-0.0325	0.5999	64.6684	19.4818	7.4791
27	2.6804	-0.1483	-0.5954	0.5171	-1.0314	2.1299	-0.5563	0.4563	-0.0206	0.08	0.2972	0.1398	0.1141	-0.4821	0.2014	0.453	0.0102	0.0431	0.5315	-0.1387	0.5459	90.5153	20.9961	4.7596
28	2.0739	1.4762	0.137	6.9912	0.1195	3.7842	0.2395	-0.263	0.2632	-0.3393	-0.1317	0.0007	-0.3062	-0.136	-0.0804	0.5601	0.0233	-0.0297	0.5262	-0.0334	0.467	92.0961	24.6776	-6.9053
29	5.2332	0.8456	-0.371	7.7964	8.8916	1.9932	-0.363	0.449	-0.1281	0.4413	-1.1768	2.0955	-0.164	-2.1514	0.1839	1.2087	0.2293	-0.0039	0.7932	0.1254	0.3293	86.998	38.1015	-9.2099
30	5.7889	-1.556	-4.6978	2.0555	2.6654	4.8899	1.2378	0.7196	1.173	-3.0699	-0.1788	-1.0514	-1.3079	-0.2806	-0.8842	0.6392	-0.1394	0.116	0.7488	-0.0968	0.5515	92.1649	26.2423	-15.1634
31	5.5083	-1.6018	-1.9106	5.1616	-1.2575	2.4431	0.7535	-0.4674	0.6063	-1.3585	0.2036	0.2306	0.1602	0.475	-1.0207	0.5941	-0.1193	0.1091	0.7623	-0.1235	0.6972	88.1321	12.373	-8.9174
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33	5.3945	-0.5689	-5.4677	2.3996	0.0248	6.2217	-0.6513	0.2454	0.5591	0.3176	-0.0991	-0.407	0.9702	0.3606	0.6824	0.4955	-0.1997	-0.1197	0.6407	-0.0451	0.5453	94.9665	15.537	-1.7607
34	2.3727	-1.3728	-3.9381	3.2296	2.1792	7.034	-0.0358	-1.6294	-0.5123	-0.4592	0.2082	0.9695	1.1203	0.1364	0.2191	0.7209	0.0351	-0.0944	0.5458	-0.0618	0.5472	100.2968	10.8145	4.4963
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36	9.6637	2.0444	7.6087	4.2832	3.6669	6.9918	-0.9443	-0.0239	0.5715	-0.7795	1.1334	1.2999	-0.0216	-0.5106	-0.2102	0.5312	-0.2361	-0.108	0.9293	0.2534	0.6912	69.1633	9.6191	16.7807
37	4.9247	-0.5732	1.8729	5.4735	0.8721	3.8376	-0.6745	-0.1441	-0.103	-0.022	0.8759	0.0421	0.1636	-0.2043	-0.0435	0.5936	-0.0499	0.016	0.4603	-0.0664	0.4193	86.0603	16.0169	18.5397
38	2.0049	-1.9202	2.6276	3.0256	-3.2295	3.654	-0.6555	0.245	0.2115	0.486	0.4706	-0.2409	-0.0272	1.1098	0.3783	0.4406	-0.0012	-0.0145	0.5707	0.037	0.6021	94.4359	23.7967	17.5749
39	1.9659	8.8649	2.5274	8.4847	1.6973	5.1187	1.3537	-1.7662	3.5757	-0.6439	-1.4219	1.208	-0.2079	-1.2632	0.3752	0.7328	0.1829	-0.1489	0.6566	0.1378	0.6119	84.0241	32.5865	2.4523
40	6.8557	4.2596	-3.8206	2.6725	-2.9395	7.7992	0.8809	0.3141	0.6123	-0.1584	2.2572	2.5455	0.366	-2.4387	-1.0968	1.0936	-0.0128	-0.5226	1.1648	0.5241	1.5759	77.9528	28.1661	-7.9168

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 55:60)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 61:78)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 79:84)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 85:102)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 103:119)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 120:130)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 131:139)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 140:158)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 159:185)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 186:196)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain A and resid 197:204)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain A and resid 205:211)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain A and resid 212:222)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain A and resid 223:235)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain A and resid 236:244)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain A and resid 245:256)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain A and resid 257:276)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain A and resid 277:323)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain A and resid 324:334)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain A and resid 335:341)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(chain B and resid 55:60)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(chain B and resid 61:77)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(chain B and resid 78:87)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(chain B and resid 88:104)
25	X-RAY DIFFRACTION	25	(chain B and resid 105:123)
26	X-RAY DIFFRACTION	26	(chain B and resid 124:131)
27	X-RAY DIFFRACTION	27	(chain B and resid 132:158)
28	X-RAY DIFFRACTION	28	(chain B and resid 159:196)
29	X-RAY DIFFRACTION	29	(chain B and resid 197:204)
30	X-RAY DIFFRACTION	30	(chain B and resid 205:215)
31	X-RAY DIFFRACTION	31	(chain B and resid 216:223)
32	X-RAY DIFFRACTION	32	(chain B and resid 224:231)
33	X-RAY DIFFRACTION	33	(chain B and resid 232:244)
34	X-RAY DIFFRACTION	34	(chain B and resid 245:256)
35	X-RAY DIFFRACTION	35	(chain B and resid 257:273)
36	X-RAY DIFFRACTION	36	(chain B and resid 274:285)
37	X-RAY DIFFRACTION	37	(chain B and resid 286:305)
38	X-RAY DIFFRACTION	38	(chain B and resid 306:320)
39	X-RAY DIFFRACTION	39	(chain B and resid 321:334)
40	X-RAY DIFFRACTION	40	(chain B and resid 335:341)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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