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- PDB-6dcs: Stage III sporulation protein AF (SpoIIIAF) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dcs
タイトルStage III sporulation protein AF (SpoIIIAF)
要素Stage III sporulation protein AF
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Secretion system / Sporulation / Ring Building Motif (RBM)
機能・相同性Sporulation stage III, protein AF / Stage III sporulation protein AF (Spore_III_AF) / sporulation resulting in formation of a cellular spore / plasma membrane / Stage III sporulation protein AF
機能・相同性情報
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Strynadka, N.C.J. / Zeytuni, N. / Camp, A.H. / Flanagan, K.A.
引用ジャーナル: J. Struct. Biol. / 年: 2018
タイトル: Structural and biochemical characterization of SpoIIIAF, a component of a sporulation-essential channel in Bacillus subtilis.
著者: Zeytuni, N. / Flanagan, K.A. / Worrall, L.J. / Massoni, S.C. / Camp, A.H. / Strynadka, N.C.J.
履歴
登録2018年5月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年7月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月12日Group: Data collection / Database references / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Stage III sporulation protein AF
B: Stage III sporulation protein AF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5345
ポリマ－28,2462
非ポリマー2883
水00
1
A: Stage III sporulation protein AF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3153
ポリマ－14,1231
非ポリマー1922
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Stage III sporulation protein AF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2192
ポリマ－14,1231
非ポリマー961
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.365, 119.365, 40.861
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Stage III sporulation protein AF


分子量: 14122.787 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: 168 / 遺伝子: spoIIIAF, BSU24380 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P49783
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.81 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 2M Ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.286 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.286 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 8421 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 63.74 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.091 / Χ2: 2.445 / Net I/σ(I): 11.6 / Num. measured all: 56622
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.7-2.753.70.3043320.9750.1570.3451.44780
2.75-2.84.40.343670.9360.1590.3781.11189.3
2.8-2.855.20.273990.9870.1230.2981.03393.9
2.85-2.9160.2234100.9890.0960.2431.08698.6
2.91-2.976.50.2424090.9910.1010.2631.12199.8
2.97-3.046.80.2284160.9840.0930.2471.346100
3.04-3.127.30.1944240.980.0760.2091.49100
3.12-3.28.10.1934170.9870.0730.2071.477100
3.2-3.38.20.1544200.990.0580.1651.785100
3.3-3.47.80.1364370.9970.0530.1462.029100
3.4-3.526.40.1464100.9840.0620.1592.79899.8
3.52-3.666.90.1184230.9910.050.1292.85999.5
3.66-3.836.70.0994280.9980.0420.1073.13399.8
3.83-4.036.60.0974280.9930.0410.1053.361100
4.03-4.297.60.0814230.9950.0320.0873.145100
4.29-4.627.40.0754400.9970.030.0813.396100
4.62-5.086.70.0744400.9960.0310.083.67699.8
5.08-5.817.70.0764450.9960.030.0823.327100
5.81-7.327.10.0674450.9970.0260.0723.21399.6
7.32-506.40.0575080.9970.0240.0623.85399.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.7→38.659 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 37.51 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2994 427 5.11 %
Rwork0.24 7932 -
obs0.2431 8359 97.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 117.13 Å2 / Biso mean: 66.3687 Å2 / Biso min: 38.83 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→38.659 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1834 0 15 0 1849
Biso mean--82 --
残基数----233
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0111870
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2382513
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.064280
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006321
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.9631148
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 3

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.7004-3.0910.37861160.28122467258393
3.091-3.89380.29311600.260926382798100
3.8938-38.66260.291510.222928272978100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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