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万見
- PDB-6dah: 2.5 Angstrom crystal structure of the N97S CaM mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dah
タイトル2.5 Angstrom crystal structure of the N97S CaM mutant
要素Calmodulin-1
キーワードCALCIUM BINDING PROTEIN / calmodulin / mutant
機能・相同性
機能・相同性情報


CaM pathway / Cam-PDE 1 activation / Sodium/Calcium exchangers / Calmodulin induced events / Reduction of cytosolic Ca++ levels / Activation of Ca-permeable Kainate Receptor / CREB1 phosphorylation through the activation of CaMKII/CaMKK/CaMKIV cascasde / Loss of phosphorylation of MECP2 at T308 / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / CaMK IV-mediated phosphorylation of CREB ...CaM pathway / Cam-PDE 1 activation / Sodium/Calcium exchangers / Calmodulin induced events / Reduction of cytosolic Ca++ levels / Activation of Ca-permeable Kainate Receptor / CREB1 phosphorylation through the activation of CaMKII/CaMKK/CaMKIV cascasde / Loss of phosphorylation of MECP2 at T308 / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / CaMK IV-mediated phosphorylation of CREB / PKA activation / negative regulation of high voltage-gated calcium channel activity / Glycogen breakdown (glycogenolysis) / CLEC7A (Dectin-1) induces NFAT activation / Activation of RAC1 downstream of NMDARs / negative regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / organelle localization by membrane tethering / mitochondrion-endoplasmic reticulum membrane tethering / autophagosome membrane docking / negative regulation of calcium ion export across plasma membrane / regulation of cardiac muscle cell action potential / presynaptic endocytosis / Synthesis of IP3 and IP4 in the cytosol / regulation of cell communication by electrical coupling involved in cardiac conduction / Phase 0 - rapid depolarisation / calcineurin-mediated signaling / Negative regulation of NMDA receptor-mediated neuronal transmission / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / RHO GTPases activate PAKs / Ion transport by P-type ATPases / Uptake and function of anthrax toxins / regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / Long-term potentiation / protein phosphatase activator activity / Calcineurin activates NFAT / Regulation of MECP2 expression and activity / DARPP-32 events / catalytic complex / Smooth Muscle Contraction / detection of calcium ion / regulation of cardiac muscle contraction / RHO GTPases activate IQGAPs / regulation of cardiac muscle contraction by regulation of the release of sequestered calcium ion / cellular response to interferon-beta / Protein methylation / calcium channel inhibitor activity / presynaptic cytosol / Activation of AMPK downstream of NMDARs / Ion homeostasis / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / eNOS activation / titin binding / Tetrahydrobiopterin (BH4) synthesis, recycling, salvage and regulation / sperm midpiece / regulation of calcium-mediated signaling / voltage-gated potassium channel complex / calcium channel complex / substantia nigra development / FCERI mediated Ca+2 mobilization / Ras activation upon Ca2+ influx through NMDA receptor / regulation of heart rate / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / calyx of Held / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / adenylate cyclase activator activity / sarcomere / VEGFR2 mediated cell proliferation / regulation of cytokinesis / protein serine/threonine kinase activator activity / VEGFR2 mediated vascular permeability / spindle microtubule / calcium channel regulator activity / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / Stimuli-sensing channels / RAF activation / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / response to calcium ion / RAS processing / cellular response to type II interferon / G2/M transition of mitotic cell cycle / long-term synaptic potentiation / spindle pole / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / calcium-dependent protein binding / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / Platelet degranulation / myelin sheath / RAF/MAP kinase cascade / Ca2+ pathway / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / vesicle / transmembrane transporter binding / Extra-nuclear estrogen signaling / G protein-coupled receptor signaling pathway / calcium ion binding
類似検索 - 分子機能
EF-hand / : / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair ...EF-hand / : / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.502 Å
データ登録者Wang, K. / Van Petegem, F.
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Arrhythmia mutations in calmodulin cause conformational changes that affect interactions with the cardiac voltage-gated calcium channel.
著者: Wang, K. / Holt, C. / Lu, J. / Brohus, M. / Larsen, K.T. / Overgaard, M.T. / Wimmer, R. / Van Petegem, F.
履歴
登録2018年5月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月31日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22018年11月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年4月17日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calmodulin-1
B: Calmodulin-1
C: Calmodulin-1
D: Calmodulin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,72420
ポリマ－68,0834
非ポリマー64116
水61334
1
A: Calmodulin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,1815
ポリマ－17,0211
非ポリマー1604
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Calmodulin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,1815
ポリマ－17,0211
非ポリマー1604
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Calmodulin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,1815
ポリマ－17,0211
非ポリマー1604
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Calmodulin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,1815
ポリマ－17,0211
非ポリマー1604
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)59.117, 94.414, 60.977
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.420, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Calmodulin-1


分子量: 17020.719 Da / 分子数: 4 / 変異: N97S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CALM1, CALM, CAM, CAM1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DP23
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.64 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 20% PEG3350, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月6日
放射モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→47.207 Å / Num. obs: 43340 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 1.81 % / Biso Wilson estimate: 44.56 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.057 / Net I/σ(I): 14.23
反射 シェル
解像度 (Å)Mean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) allDiffraction-ID% possible all
2.5-2.652.4369110.8450.424193.6
2.65-2.841
2.84-3.061
3.06-3.351
3.35-3.751
3.75-4.321
4.32-5.281
5.28-7.431
7.43-47.2071

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1CLL

1cll


解像度: 2.502→47.207 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.2 / 位相誤差: 31.8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.279 2159 4.98 %
Rwork0.2181 --
obs0.2212 43334 95.42 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 145.09 Å2 / Biso mean: 56.8088 Å2 / Biso min: 22.07 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.502→47.207 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4238 0 16 34 4288
Biso mean--54.09 46.93 -
残基数----579
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5016-2.55980.3631410.28392636277791
2.5598-2.62380.30931390.27182726286595
2.6238-2.69480.34061470.25712761290896
2.6948-2.77410.26841470.25392776292396
2.7741-2.86360.30471490.24582739288896
2.8636-2.96590.34091440.26132778292296
2.9659-3.08470.35671440.26222733287795
3.0847-3.2250.36091390.2552702284194
3.225-3.3950.36361500.23542801295197
3.395-3.60760.29891400.22432765290596
3.6076-3.88610.27011500.19922789293997
3.8861-4.27690.29181400.17982749288995
4.2769-4.89520.23241460.17532777292397
4.8952-6.16530.26251380.23562709284794
6.1653-47.21540.1931450.1922734287995
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.01781.9585-0.08086.44951.73833.35070.038-0.0878-0.05040.11840.19890.173-0.05410.2989-0.25280.21120.0314-0.0020.29410.0420.309914.5128-27.41763.068
25.4652-0.4062-2.91883.1540.54645.7427-0.0375-0.45720.95250.22420.3865-0.4634-0.11760.2406-0.3320.37580.0627-0.06650.3952-0.12410.4928-22.1597-28.179914.9468
35.06331.028-0.91947.82810.3483.01520.0526-0.0850.2303-0.0047-0.0004-0.6939-0.36-0.2048-0.06490.29010.0436-0.00370.41290.00930.352811.3493-19.573531.6302
47.17090.8132-3.3864.82630.18174.88990.0174-0.21071.11870.45920.60371.2041-0.0917-0.0436-0.57530.39550.06920.07720.61050.08760.7296-24.6542-22.551143.0968
52.284-0.31291.01411.7818-1.46541.74840.1552-0.1144-0.43650.1168-0.3257-0.69920.28540.32550.20870.44390.0052-0.02270.37460.06250.669654.27595.8394.5662
62.98271.7692-1.33455.8991-2.35074.9125-0.2150.17870.2419-0.42330.22580.60410.4774-0.3899-0.03860.3498-0.04530.01070.27070.01140.392519.99450.1313-6.1178
74.0351-0.53131.16833.8577-0.09732.48850.0990.2611-0.74590.0334-0.03920.11760.11720.3204-0.06070.31970.0594-0.00980.41190.00890.342853.81857.589731.1353
83.51191.06932.10772.575-1.75694.1124-0.0687-0.0632-0.4886-0.1840.2667-0.21190.6241-0.4903-0.19310.3649-0.08670.10760.3863-0.10790.382118.27953.932920.5369
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and ((resid -2 through 78 ) or (resid 501 through 502))A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and ((resid 79 through 145 ) or (resid 503 through 504))A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and ((resid 12 through 78 ) or (resid 501 through 502))B0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and ((resid 79 through 146 ) or (resid 503 through 504))B0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and ((resid -2 through 78 ) or (resid 501 through 502))C0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and ((resid 79 through 146 ) or (resid 503 through 504))C0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'D' and ((resid -2 through 78 ) or (resid 501 through 502))D0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'D' and ((resid 79 through 144 ) or (resid 503 through 504))D0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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