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- PDB-6d8p: Ternary RsAgo Complex Containing Guide RNA Paired with Target DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6d8p
タイトルTernary RsAgo Complex Containing Guide RNA Paired with Target DNA
要素
  • DNA (5'-D(P*TP*CP*GP*TP*CP*AP*CP*CP*TP*GP*TP*GP*CP*AP*GP*TP*AP*AP*C)-3')
  • RNA (5'-R(P*UP*UP*AP*CP*UP*GP*CP*AP*CP*AP*GP*GP*UP*GP*AP*CP*GP*A)-3')
  • Uncharacterized protein
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Rhodobacter sphaerodes Argounaute (RsAgo) / guide RNA / target DNA / RNA-DNA heteroduplex / non-canonical base pairs and bulges
機能・相同性
機能・相同性情報


clearance of foreign intracellular DNA / DNA binding / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Piwi domain profile. / Piwi domain / Piwi domain / Piwi / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / CACODYLATE ION / DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / Protein argonaute
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Liu, Y. / Esyunina, D. / Olovnikov, I. / Teplova, M. / Patel, D.J.
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2018
タイトル: Accommodation of Helical Imperfections in Rhodobacter sphaeroides Argonaute Ternary Complexes with Guide RNA and Target DNA.
著者: Liu, Y. / Esyunina, D. / Olovnikov, I. / Teplova, M. / Kulbachinskiy, A. / Aravin, A.A. / Patel, D.J.
履歴
登録2018年4月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年7月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein
E: RNA (5'-R(P*UP*UP*AP*CP*UP*GP*CP*AP*CP*AP*GP*GP*UP*GP*AP*CP*GP*A)-3')
J: DNA (5'-D(P*TP*CP*GP*TP*CP*AP*CP*CP*TP*GP*TP*GP*CP*AP*GP*TP*AP*AP*C)-3')
B: Uncharacterized protein
C: RNA (5'-R(P*UP*UP*AP*CP*UP*GP*CP*AP*CP*AP*GP*GP*UP*GP*AP*CP*GP*A)-3')
G: DNA (5'-D(P*TP*CP*GP*TP*CP*AP*CP*CP*TP*GP*TP*GP*CP*AP*GP*TP*AP*AP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)206,31238
ポリマ－204,2956
非ポリマー2,01732
水12,971720
1
A: Uncharacterized protein
E: RNA (5'-R(P*UP*UP*AP*CP*UP*GP*CP*AP*CP*AP*GP*GP*UP*GP*AP*CP*GP*A)-3')
J: DNA (5'-D(P*TP*CP*GP*TP*CP*AP*CP*CP*TP*GP*TP*GP*CP*AP*GP*TP*AP*AP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,59027
ポリマ－102,1483
非ポリマー1,44224
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13010 Å2
ΔGint-97 kcal/mol
Surface area33780 Å2
手法PISA
2
B: Uncharacterized protein
C: RNA (5'-R(P*UP*UP*AP*CP*UP*GP*CP*AP*CP*AP*GP*GP*UP*GP*AP*CP*GP*A)-3')
G: DNA (5'-D(P*TP*CP*GP*TP*CP*AP*CP*CP*TP*GP*TP*GP*CP*AP*GP*TP*AP*AP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,72211
ポリマ－102,1483
非ポリマー5758
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10330 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area33230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.234, 119.216, 117.648
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.620, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

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タンパク質 / RNA鎖 / DNA鎖 , 3種, 6分子 ABECJG

#1: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 89038.375 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides (strain ATCC 17025 / ATH 2.4.3) (バクテリア)
株: ATCC 17025 / ATH 2.4.3 / 遺伝子: Rsph17025_3694 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A4WYU7
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(P*UP*UP*AP*CP*UP*GP*CP*AP*CP*AP*GP*GP*UP*GP*AP*CP*GP*A)-3')


分子量: 5772.491 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025 (バクテリア)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*CP*GP*TP*CP*AP*CP*CP*TP*GP*TP*GP*CP*AP*GP*TP*AP*AP*C)-3')


分子量: 7336.728 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025 (バクテリア)

-
非ポリマー , 5種, 752分子

#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Mg
#5: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 化合物
ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate / ジメチルアルシン酸アニオン


分子量: 136.989 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6AsO2
#7: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 720 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.99 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 40% MPD, 30 mM magnesium acetate, 50 mM sodium cacodylate pH 5.7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→100 Å / Num. obs: 101956 / % possible obs: 93.5 % / 冗長度: 3.4 % / Net I/σ(I): 27.1
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.2_1309精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.1→42.336 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.47
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2348 5085 4.99 %
Rwork0.1816 --
obs0.1843 101921 93.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 177.02 Å2 / Biso mean: 36.73 Å2 / Biso min: 12.62 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→42.336 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11551 1566 115 720 13952
Biso mean--68.69 37 -
残基数----1585
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00813697
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.218943
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0782166
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052205
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.6265094
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1002-2.12410.32431300.24552722285279
2.1241-2.14910.31561600.23372898305884
2.1491-2.17530.28871640.23012961312586
2.1753-2.20280.27091630.22623008317187
2.2028-2.23180.27761410.23423080322190
2.2318-2.26240.31211440.23693141328590
2.2624-2.29470.3061750.2253136331191
2.2947-2.3290.28391570.22343127328492
2.329-2.36540.29041640.22693153331791
2.3654-2.40410.31571470.21353185333292
2.4041-2.44560.31661610.2043150331191
2.4456-2.490.2661810.21133172335393
2.49-2.53790.261650.20683223338892
2.5379-2.58970.28361720.20553187335994
2.5897-2.6460.26881760.2023187336393
2.646-2.70760.26231760.20753241341794
2.7076-2.77530.29561570.2143250340794
2.7753-2.85030.28541590.21213300345995
2.8503-2.93410.27661970.21413312350997
2.9341-3.02880.27131820.20993315349797
3.0288-3.13710.25941820.20353384356698
3.1371-3.26260.24961840.19363375355998
3.2626-3.4110.23331800.18113421360198
3.411-3.59080.2211880.16913376356499
3.5908-3.81560.20061820.15953422360499
3.8156-4.110.20731680.15333412358099
4.11-4.52320.18671740.13493465363999
4.5232-5.17670.17871980.14193405360399
5.1767-6.51830.20531910.17183463365499
6.5183-42.34480.21251670.1713365353295
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 7.6656 Å / Origin y: -26.7551 Å / Origin z: 31.0675 Å
111213212223313233
T0.1438 Å2-0.0304 Å20.0011 Å2-0.1938 Å20.03 Å2--0.1613 Å2
L0.124 °20.0292 °20.0232 °2-0.3085 °20.1017 °2--0.1933 °2
S0.0553 Å °-0.0546 Å °-0.0134 Å °0.0822 Å °-0.074 Å °-0.0383 Å °0.035 Å °-0.1163 Å °0.0005 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA20 - 777
2X-RAY DIFFRACTION1allE1 - 18
3X-RAY DIFFRACTION1allF1
4X-RAY DIFFRACTION1allJ-13 - 5
5X-RAY DIFFRACTION1allB20 - 777
6X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 18
7X-RAY DIFFRACTION1allD1 - 10
8X-RAY DIFFRACTION1allG-14 - 5
9X-RAY DIFFRACTION1allI1 - 882
10X-RAY DIFFRACTION1allH2 - 21
11X-RAY DIFFRACTION1allK1 - 4
12X-RAY DIFFRACTION1allL1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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