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- PDB-6d6v: CryoEM structure of Tetrahymena telomerase with telomeric DNA at ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6d6v
タイトルCryoEM structure of Tetrahymena telomerase with telomeric DNA at 4.8 Angstrom resolution
要素
  • (Telomerase holoenzyme ...) x 2
  • (Telomerase-associated protein ...) x 2
  • DNA (5'-D(P*GP*TP*TP*GP*GP*GP*GP*TP*TP*GP*GP*GP*GP*TP*TP*GP*GP*GP*G)-3')
  • RNA (159-MER)
  • Telomerase associated protein p65
  • Telomerase reverse transcriptase
キーワードREPLICATION / Telomerase / telomere
機能・相同性
機能・相同性情報


telomerase catalytic core complex assembly / telomerase RNA stabilization / : / DNA replication factor A complex / single-stranded telomeric DNA binding / telomerase RNA binding / telomerase holoenzyme complex / telomeric DNA binding / telomere maintenance via telomerase / RNA-directed DNA polymerase ...telomerase catalytic core complex assembly / telomerase RNA stabilization / : / DNA replication factor A complex / single-stranded telomeric DNA binding / telomerase RNA binding / telomerase holoenzyme complex / telomeric DNA binding / telomere maintenance via telomerase / RNA-directed DNA polymerase / DNA recombination / DNA replication / chromosome, telomeric region / DNA repair / DNA binding / zinc ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Telomerase reverse transcriptase TEN domain / Replication factor A protein 3 / Replication factor A protein 3 / La protein, xRRM domain / xRRM domain profile. / La domain containing protein / La domain / Domain in the RNA-binding Lupus La protein; unknown function / La-type HTH domain ...: / Telomerase reverse transcriptase TEN domain / Replication factor A protein 3 / Replication factor A protein 3 / La protein, xRRM domain / xRRM domain profile. / La domain containing protein / La domain / Domain in the RNA-binding Lupus La protein; unknown function / La-type HTH domain / La-type HTH domain profile. / Telomerase ribonucleoprotein complex - RNA binding domain / : / Telomerase reverse transcriptase / Telomerase ribonucleoprotein complex - RNA-binding domain / Telomerase ribonucleoprotein complex - RNA binding domain / Replication factor A, C-terminal / Replication factor-A C terminal domain / OB-fold nucleic acid binding domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / Replication protein A 32 kDa subunit / Replication protein A 14 kDa subunit / Telomeric repeat-binding subunit 1 / Telomerase reverse transcriptase ...: / DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / Replication protein A 32 kDa subunit / Replication protein A 14 kDa subunit / Telomeric repeat-binding subunit 1 / Telomerase reverse transcriptase / La-related protein 7 homolog / La-related protein 7 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Tetrahymena thermophila (真核生物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.8 Å
データ登録者Jiang, J. / Wang, Y. / Susac, L. / Chan, H. / Basu, R. / Zhou, Z.H. / Feigon, J.
資金援助 米国, 9件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM048123 米国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB1517625 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM071940 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM007185 米国
National Institutes of Health/Office of the Director1S10OD018111 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1U24GM116792 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DBI-1338135 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DMR-1548924 米国
American Heart Association14POST18870059 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2018
タイトル: Structure of Telomerase with Telomeric DNA.
著者: Jiansen Jiang / Yaqiang Wang / Lukas Sušac / Henry Chan / Ritwika Basu / Z Hong Zhou / Juli Feigon /
要旨: Telomerase is an RNA-protein complex (RNP) that extends telomeric DNA at the 3' ends of chromosomes using its telomerase reverse transcriptase (TERT) and integral template-containing telomerase RNA ...Telomerase is an RNA-protein complex (RNP) that extends telomeric DNA at the 3' ends of chromosomes using its telomerase reverse transcriptase (TERT) and integral template-containing telomerase RNA (TER). Its activity is a critical determinant of human health, affecting aging, cancer, and stem cell renewal. Lack of atomic models of telomerase, particularly one with DNA bound, has limited our mechanistic understanding of telomeric DNA repeat synthesis. We report the 4.8 Å resolution cryoelectron microscopy structure of active Tetrahymena telomerase bound to telomeric DNA. The catalytic core is an intricately interlocked structure of TERT and TER, including a previously structurally uncharacterized TERT domain that interacts with the TEN domain to physically enclose TER and regulate activity. This complete structure of a telomerase catalytic core and its interactions with telomeric DNA from the template to telomere-interacting p50-TEB complex provides unanticipated insights into telomerase assembly and catalytic cycle and a new paradigm for a reverse transcriptase RNP.
履歴
登録2018年4月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年12月18日Group: Other / カテゴリ: atom_sites / cell
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _cell.Z_PDB
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-7821
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Telomerase reverse transcriptase
D: Telomerase-associated protein 82
F: Telomerase holoenzyme TEB heterotrimer Teb3 subunit
E: Telomerase holoenzyme Teb2 subunit
B: RNA (159-MER)
C: DNA (5'-D(P*GP*TP*TP*GP*GP*GP*GP*TP*TP*GP*GP*GP*GP*TP*TP*GP*GP*GP*G)-3')
G: Telomerase-associated protein 50
H: Telomerase associated protein p65
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)394,9879
ポリマ－394,9228
非ポリマー651
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AH

#1: タンパク質 Telomerase reverse transcriptase / Telomerase catalytic subunit / Telomerase subunit P133


分子量: 133486.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 参照: UniProt: O77448, RNA-directed DNA polymerase
#8: タンパク質 Telomerase associated protein p65


分子量: 64207.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 参照: UniProt: Q6JXI6, UniProt: W7X6T2*PLUS

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Telomerase-associated protein ... , 2種, 2分子 DG

#2: タンパク質 Telomerase-associated protein 82


分子量: 82040.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 参照: UniProt: D2CVN6
#7: タンパク質 Telomerase-associated protein 50


分子量: 13379.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物)

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Telomerase holoenzyme ... , 2種, 2分子 FE

#3: タンパク質 Telomerase holoenzyme TEB heterotrimer Teb3 subunit


分子量: 14007.626 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 参照: UniProt: A0A0U8UFF4
#4: タンパク質 Telomerase holoenzyme Teb2 subunit


分子量: 30993.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 参照: UniProt: A0A0U8TRG9

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RNA鎖 / DNA鎖 / 非ポリマー , 3種, 3分子 BC

#5: RNA鎖 RNA (159-MER)


分子量: 50746.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 参照: GenBank: 15148878
#6: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*TP*TP*GP*GP*GP*GP*TP*TP*GP*GP*GP*GP*TP*TP*GP*GP*GP*G)-3')


分子量: 6059.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Tetrahymena thermophila (真核生物)
#9: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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詳細

配列の詳細THE AUTHORS STATE THAT FOR P50 THEY WERE ONLY ABLE TO TRACE THE PROTEIN BACKBONE IN THE DENSITY ...THE AUTHORS STATE THAT FOR P50 THEY WERE ONLY ABLE TO TRACE THE PROTEIN BACKBONE IN THE DENSITY CORRESPONDING TO 157 RESIDUES, BUT COULD NOT ASSIGN SEQUENCE. ALTHOUGH THE SEQUENCE IS UNAVAILABLE FOR MODELED CHAIN G, THEY ARE CERTAIN THAT CHAIN G CORRESPONDS TO P50 WITH FULL-LENGTH SEQUENCE: MKLLLQNQNIFQKLKNTLNGCIKKFYDTYQDLEQMQKFEMIVEDKLLFRYSCSQSEMFSAQ IQAHYLEKRVLQLTDGNVKYIVNFRDKGVLDKANFFDTPNNSLVIIRQWSYEIYYTKNTFQ INLVIDEMRCIDIITTIFYCKLELDFTQGIKGISKSSSFSNQIYEYSAQYYKAIQLLKKLL INDSYISELYNSTKSKQQPRLFIFQSFKPKMNLAEQNLSRQFEQCQQDDFGDGCLLQIVNY THQSLKQIENKNNSNQIVNGQNEISKKKRVLKSNEDLYKISLQKQLKIFQEEEIELHSQST IRNQTNQQLETFESDTSKRNSEKILHSINELNTSKQKVNQMNSSQHQIQKLENNNLNKNIL NQINENDIKNELEERQQQHLTQSFNSKAQLKKIITLKKNQDILLFKPQEQEGSKKY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Endogenous assembled Tetrahymena telomerase bound with telomeric DNA
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#8 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影平均露光時間: 12 sec. / 電子線照射量: 52 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.12_2829: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
2Leginon画像取得
4CTFFINDCTF補正
10RELION初期オイラー角割当
11RELION最終オイラー角割当
12RELION分類
13RELION３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 4.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 52506 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.01317205
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.69124054
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d15.5039991
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0842813
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.012442

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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