[日本語] English
万見
- PDB-6d6j: Crystal structure of HIT family hydrolase from Legionella pneumop... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6d6j
タイトルCrystal structure of HIT family hydrolase from Legionella pneumophila Philadelphia 1
要素HIT family hydrolase
キーワードHYDROLASE / SSGCID / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Scavenger mRNA decapping enzyme C-term binding / Histidine triad (HIT) protein / HIT domain / Histidine triad, conserved site / HIT domain signature. / HIT domain profile. / HIT-like domain / HIT-like / HIT family, subunit A / HIT-like superfamily ...Scavenger mRNA decapping enzyme C-term binding / Histidine triad (HIT) protein / HIT domain / Histidine triad, conserved site / HIT domain signature. / HIT domain profile. / HIT-like domain / HIT-like / HIT family, subunit A / HIT-like superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HIT family hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア)
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of HIT family hydrolase from Legionella pneumophila Philadelphia 1
著者: Abendroth, J. / Horanyi, P.S. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2018年4月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: HIT family hydrolase
B: HIT family hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5108
ポリマ－27,2372
非ポリマー2736
水6,666370
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4070 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area9890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.510, 56.480, 83.300
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 HIT family hydrolase


分子量: 13618.725 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila (strain Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513) (バクテリア)
株: Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513 / 遺伝子: hit, lpg2765 / プラスミド: LepnA.00754.a.B1
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3)pLysS AG / 参照: UniProt: Q5ZRW1
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 370 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.8 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Molecular Dimensions Morpheus screen, B6: 10% PEG 8.000, 20% EG: 30mM of each Sodium Fluoride, Sodium Bromide, Sodium iodide: 100mM MOPS/HEPES pH 7.5: LepnA.00754.a.B1 at 7.4mg/ml: cryo: ...詳細: Molecular Dimensions Morpheus screen, B6: 10% PEG 8.000, 20% EG: 30mM of each Sodium Fluoride, Sodium Bromide, Sodium iodide: 100mM MOPS/HEPES pH 7.5: LepnA.00754.a.B1 at 7.4mg/ml: cryo: direct: tray 297411b6: puck hop6-3

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2018年4月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→46.748 Å / Num. obs: 57465 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 16.52 % / Biso Wilson estimate: 8.03 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.025 / Rrim(I) all: 0.026 / Χ2: 1.002 / Net I/σ(I): 68.78 / Num. measured all: 949324 / Scaling rejects: 650
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.35-1.393.7680.1318.5236400.9830.1585.6
1.39-1.428.8060.12615.1440500.9930.13498.3
1.42-1.469.7250.10619.3240130.9950.11299
1.46-1.5111.1810.08724.7138660.9970.09199.4
1.51-1.5614.3410.07333.0938010.9990.07699.9
1.56-1.6115.3090.06140.1537150.9990.06499.9
1.61-1.6716.1990.05445.435390.9990.056100
1.67-1.7416.9450.04951.6134270.9990.051100
1.74-1.8217.7290.04360.28329210.044100
1.82-1.9118.6390.03673.78315310.037100
1.91-2.0119.4030.03184.75301410.032100
2.01-2.1320.1790.02897.93286010.029100
2.13-2.2820.7170.025110.95266210.026100
2.28-2.4621.1030.023117.45251710.024100
2.46-2.721.4350.023123.02231810.023100
2.7-3.0221.9450.021134.39211010.021100
3.02-3.4922.8520.02149.69187810.02100
3.49-4.2725.2780.019168.41159510.019100
4.27-6.0433.9610.019196.69127010.019100
6.04-46.74836.1870.021199.697450.9990.021100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX(dev_3092)精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHASER位相決定
PHENIX位相決定
ARP/wARPモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.35→46.748 Å / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 11.55
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1404 2088 3.63 %
Rwork0.126 --
obs0.1265 57450 98.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 57.75 Å2 / Biso mean: 12.1724 Å2 / Biso min: 3.75 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.35→46.748 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1737 0 6 387 2130
Biso mean--22.81 27.29 -
残基数----225
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.35-1.38140.171100.11943082319284
1.3814-1.4160.1341480.10373635378398
1.416-1.45430.11791440.09883634377899
1.4543-1.49710.1491440.0943672381699
1.4971-1.54540.1191420.094536823824100
1.5454-1.60060.1221380.093436923830100
1.6006-1.66470.13181350.098837223857100
1.6647-1.74050.12981210.113337373858100
1.7405-1.83220.14211210.119537223843100
1.8322-1.9470.14381500.120737403890100
1.947-2.09740.12351580.127237293887100
2.0974-2.30840.12741450.12837423887100
2.3084-2.64240.14571370.137337853922100
2.6424-3.32910.15411310.141738323963100
3.3291-46.77560.15491640.149439564120100

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る