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- PDB-6d3u: Complex structure of Ulvan lyase from Nonlaben Ulvanivorans- NLR48 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6d3u
タイトルComplex structure of Ulvan lyase from Nonlaben Ulvanivorans- NLR48
要素Ulvan lyase
キーワードLYASE / Complex structure of NLR48
機能・相同性付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; 多糖に作用する / lyase activity / metal ion binding / plasma membrane / PHOSPHATE ION / Ulvan lyase NLR48
機能・相同性情報
生物種Nonlabens ulvanivorans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.21 Å
データ登録者Ulaganathan, T. / Cygler, M.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Structural and functional characterization of PL28 family ulvan lyase NLR48 fromNonlabens ulvanivorans.
著者: Ulaganathan, T. / Banin, E. / Helbert, W. / Cygler, M.
履歴
登録2018年4月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年6月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年12月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年4月17日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ulvan lyase
B: Ulvan lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,05511
ポリマ－66,9242
非ポリマー2,1319
水3,819212
1
A: Ulvan lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4965
ポリマ－33,4621
非ポリマー1,0354
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Ulvan lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,5596
ポリマ－33,4621
非ポリマー1,0975
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)82.464, 102.664, 103.034
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB

#1: タンパク質 Ulvan lyase


分子量: 33461.762 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Nonlabens ulvanivorans (バクテリア)
遺伝子: IL45_01530 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A084JZF2
#2: 多糖 4-deoxy-alpha-L-threo-hex-4-enopyranuronic acid-(1-4)-3-O-sulfo-alpha-L-rhamnopyranose-(1-4)-beta-D- ...4-deoxy-alpha-L-threo-hex-4-enopyranuronic acid-(1-4)-3-O-sulfo-alpha-L-rhamnopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranuronic acid-(1-4)-3-O-sulfo-alpha-L-rhamnopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 804.657 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/3,4,3/[a2211m-1a_1-5_3*OSO/3=O/3=O][a2122A-1b_1-5][a21eEA-1a_1-5]/1-2-1-3/a4-b1_b4-c1_c4-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-L-Rhap3SO3]{[(4+1)][b-D-GlcpA]{[(4+1)][a-L-Rhap3SO3]{[(4+1)][a-L-4-deoxy-IdopA]{}}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 4種, 219分子

#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 212 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.25 %
結晶化温度: 282.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.49 M sodium phosphate monobasic monohydrate, 0.91 M potassium phosphate dibasic, pH 6.9

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.21→46.045 Å / Num. obs: 44398 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 9.8 % / CC1/2: 0.998 / Rrim(I) all: 0.1 / Rsym value: 0.095 / Net I/σ(I): 14.86
反射 シェル解像度: 2.21→2.27 Å / Num. unique all: 3149 / CC1/2: 0.667 / Rrim(I) all: 1.16 / Rsym value: 1.096

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
Cootモデル構築
精密化解像度: 2.21→46.045 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.13 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2204 1999 4.5 %
Rwork0.1895 --
obs0.1909 44393 99.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.21→46.045 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4015 0 130 212 4357
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084285
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0915843
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.1172522
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.088612
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006788
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.21-2.26530.31811360.27382908X-RAY DIFFRACTION97
2.2653-2.32650.32741380.26362984X-RAY DIFFRACTION100
2.3265-2.3950.26911430.26013016X-RAY DIFFRACTION100
2.395-2.47230.32941370.24972960X-RAY DIFFRACTION100
2.4723-2.56070.28851440.23963018X-RAY DIFFRACTION100
2.5607-2.66320.2661450.24142998X-RAY DIFFRACTION100
2.6632-2.78440.32031400.24913022X-RAY DIFFRACTION100
2.7844-2.93110.26831400.23943018X-RAY DIFFRACTION100
2.9311-3.11470.30851390.22163018X-RAY DIFFRACTION100
3.1147-3.35520.23931460.21253022X-RAY DIFFRACTION100
3.3552-3.69270.17591440.19093033X-RAY DIFFRACTION100
3.6927-4.22670.22451460.16193069X-RAY DIFFRACTION100
4.2267-5.32390.16471440.1293092X-RAY DIFFRACTION100
5.3239-46.05490.16771570.1693236X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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